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对于婚姻大事，达尔文也有着科学家的谨慎。他拿了一张纸，中间划条线，线的一边写结婚的好处，另一边写单身的好处。达尔文感叹不结婚太孤单，然后连写三个“结婚”——证明完毕，必须结婚。
达尔文显然是个性格温和的人，喜欢和女人闲聊，他就是要找传统的贤妻良母。他并不是没有别的选择。朋友家的三位女儿，个个博学聪明，能跟他辩论哲学和科学，更能容纳他的。他找上了从小认识的表姐爱玛·韦奇伍德。爱玛比达尔文大一岁，她的父亲是达尔文母亲的弟弟。
爱玛一口答应达尔文的求婚——这个爱听女人唠叨的男人，女孩子似乎都当他理想丈夫材料。虽然爱玛担心死后会和丈夫永远分手，她将上天堂，不拜上帝的丈夫则不知去何方，她也只是要求达尔文对信仰保持开放心态。两个半月后，他们就结婚了。
女儿安妮的去世未能摧毁达尔文的婚姻。在爱玛的时代，女儿安妮的病故很容易被认作是对自己“不道德”行为的惩罚，比如说，嫁了一个不信上帝的男人。但爱玛从未如此认为。两人都深爱安妮。眼见安妮停止呼吸，达尔文自己也病倒在床。他对爱玛说：我们更要互相珍重。爱玛答道：你要记住，你永远是我最珍贵的宝藏。
每到周日，他陪着爱玛和孩子走到教堂。妻子带孩子进去做礼拜，达尔文却孤身在镇中散步。爱玛未必同意《物种起源》中自然选择的观点(而不是上帝创造)，或许她都未必感兴趣。但也正因为如此，爱玛可以代表当时的未受过科学教育的信教大众，对《物种起源》手稿作出第一反应。爱玛仔细阅读了手稿，改正拼写，改正标点，并建议达尔文将一些容易刺激信徒和教会的段落写得语气温和一些，论据更清楚一些。
如果当初不结婚的那一栏里理由再多一些，如果达尔文保持单身，继续生活在伦敦的知识分子中间，如果不是和爱玛结婚，他很可能写出一本较为激烈的书。由于爱玛的参与，对书中观点的争论，多少能摆脱感情的羁绊，而集中于事实和逻辑。《物种起源》初版于1859年。
十二年后，达尔文又出版了《人类的由来》一书。不管人猿同源如何有争议，《人类的由来》一书，显然对达尔文夫妻的感情毫无影响。这本书出版后不久，他们存活下来的最大的女孩子埃蒂嫁人了。达尔文告诉她：我有一个幸福的人生，这要完全归功于你的母亲——你应以母亲为榜样，你的丈夫将会爱你有如我爱你的母亲。
达尔文早于爱玛十四年去世。有一个传说，说他在去世前皈依了信仰。或许，是为了安慰爱玛的天堂不得相见的悲伤?没有这回事。在爱玛的日记里，未曾发现此类记录。达尔文至死是一个坚持自己立场的科学家。
达尔文和爱玛的故事十分感人，他们虽然信仰不同，却依旧可以坦诚得相处，这是十分难得的。
