所谓新三板分层制度，是指在新三板数量众多的挂牌公司当中，按照一定的分层标准，将其划分为若干个层次，可降低信息搜集成本，提高投资分析效率，增强风险控制能力，引导投融资精准对接。同时，通过内部分层，可以在交易制度、发行制度、信息披露的要求等制度供给方面，进行差异化的安排，以促进新三板市场持续、健康发展。
目前，新三板暂时分为两层：基础层和创新层。新三板挂牌公司进入创新层，需满足以下条件之一：
1、最近两年连续盈利，且年平均净利润不少于2000万元（以扣除非经常性损益前后孰低者为计算依据）；最近两年加权平均净资产收益率平均不低于10%（以扣除非经常性损益前后孰低者为计算依据）。
2、最近两年营业收入连续增长，且年均复合增长率不低于50%；最近两年营业收入平均不低于4000万元；股本不少于2000万股。
3、最近有成交的60个做市转让日的平均市值不少于6亿元；最近一年年末股东权益不少于5000万元；做市商家数不少于6家；合格投资者不少于50人。
满足上述规定进入创新层的挂牌公司，还应当满足以下条件：
1、最近12个月完成过股票发行融资(包括申请挂牌同时发行股票)，且融资额累计不低于1000万元；或者最近60个可转让日实际成交天数占比不低于50%。
2、公司治理健全，股东大会、董事会和监事会制度、对外投资管理制度、对外担保管理制度、关联交易管理制度、投资者关系管理制度、利润分配管理制度和承诺管理制度完备；公司设立董事会秘书并作为公司高级管理人员，董事会秘书取得全国股转系统董事会秘书资格证书。
无论对于创新层还是基础层股票，投资新三板都有可能为投资者带来巨大财富，但也可能让投资者面临巨大风险，这也是新三板市场设置较高的投资者准入门槛的重要原因。
