水巨蜥分布相当广泛。从印度到印度尼西亚，通过孟加拉，缅甸，喜马拉雅山山脚，中国的南部地区，越南，老挝国，柬埔寨，菲律宾，泰国和马来西亚都有被发现分布。有些证据说明水巨和红树巨蜥(紫檀)共存于哈马后拉岛和殴壁的印度尼西亚岛屿，它们主要分别代表了东西地区的分布(deRooij1915)。有关澳大利亚东部的水巨蜥的记载是不正确的(也就是deRooij1915)，这一错误导致了与红树巨蜥的混淆。
水巨蜥是世界上最大的蜥蜴之一，全长可达到2米以上。体型最大的水巨蜥亚种分布于马来西亚，主要在卡马攘高地附近。曾有一只全长9尺的水巨蜥于1958年(利米1958)在吉隆坡被展出，最大的水巨可以超过25公斤重(赭斯弥1958)，但这样大的水巨蜥比较罕见。多数水巨蜥并不会达到如此长的尺寸;在弗劳瑞斯，比如说它们总共身长很少超过150厘米(奥芬博格1981)。在多数地区雄巨蜥在全长约130厘米的时候性成熟，雌巨蜥在120厘米。在多数群体中公蜥蜴比母蜥蜴成长得快，而且体长和体重也增加的快。在人工饲养的良好环境下，水巨蜥在2年后达到性成熟(安德鲁斯1995)。
迄今为止只有一种水巨蜥的雄性数量超过雌性，比例至少达二比一。这种区别被认为与雄性卤莽的行为有关,与雌性的谨慎性格相比，水巨蜥更易于被捕捉到.但这种解释可能被海尔斯顿和博尔赤费尔德的观点所更改,他们人工孵化的记录显示出孵化概率有雄性居多的明显倾向(几乎是7：1)。
就象水巨蜥的名字一样，水巨蜥在热带和亚热带水域及盐湖之外很难被找到。水巨蜥普遍生活在红树林和面积较大的河岸上，但是也居住在农场，草原，森林，河流三角洲，沼泽和沙滩上。在马来西亚我曾经看到过它们活动在古老的热带森林和大城市中心的小湖畔里。这种巨蜥无论生存在哪里都需要有永久或暂时的水域，要有充足的食物和不被人类消灭。尽管它们倾向于居住在低海拔地区，它们也曾在海拔1100米的地区被发现。它们在水中的适应能力使它们扩散到很多岛屿中，所以水巨蜥可能是扩散至1883年火山毁灭后的克拉卡透俄岛最大的脊椎动物，现已形成了克拉卡透俄岛屿的种群。水巨蜥很快形成了庞大的繁殖种群，19世纪20年代的时候人们去这个岛屿游玩纯粹为了涉猎巨蜥(弱林森1900)。无论如何，在许多地区，近几百年中水巨蜥的数量大幅度的下降。它们被从印度大陆来的人们大量捕杀而灭绝，如今种群数量较大的水巨蜥只限于奥立沙和阿萨姆(达斯1989)。同样的，眼下在孟加拉它们的数量也已经大幅度的下降(可汗1988)。栖息地的破坏(特别是红树林的清除)和大宗肉和皮的收购是导致种群灭亡的主要原因。
水巨蜥并不是区域性分布的，在一些地区它们仍然能够达到很高的密集度。孟克(1987)曾经在个斯里兰卡看到一处河岸边有7只成年蜥蜴层叠在彼此身上。奥芬博格(1981)报告说在西部佛劳瑞斯一处千米河岸上有15只巨蜥被发现，在红树林丛林中每8平方公里就有一群。尔利登(1991)发现在苏门答腊南部的红树林的生物量变动，巨蜥群可以达到高达每平方公里119公斤，这可能是迄今为止水巨蜥最高的生物群密集度记录。沿海它们的密度倾向于最高(特别是在红树林)，在内陆的山中密度最低。
