细菌可经由水草体表的自然开口及伤口进入体内，但由于经自然开口进入体内受抵抗力较大 ，进入比较困难，所以伤口是许多细菌入侵水草的必要途径。伤口的形成有人为的修剪，也有生物的作用。
细菌在水中的传播方式与真菌不全然相同。细菌不能产生孢子，故细菌主要靠自己的能力使水草感染。另外水生动物的携带也是传染的途径，例如水蜗牛可将病菌由一株病株传染到另一植株。多数细菌在未找到寄主之前，如果环境中的养分、温度、PH等主要因子都适宜细菌生存时，即使寄主水草并不存在，细菌也可以在水中自由生存。
细菌侵入水草后，是否能使水草染病，以及发病速率等，要受到环境及寄主水草本身条件的影响。就环境因子而言，温度、水质及养分是控制水草代谢作用与病菌在寄主组织中繁殖速率的重要因子。当水质良好，养分充足，温度在24℃~30℃之间时，既利于寄主水草的生长，也利于病菌在入侵细胞内的繁殖。但是如果水草生长旺盛，病菌的繁殖会被抑制，或被水草所分泌的杀菌成分杀死。如果病菌生长占优势，它会利用各种方式破坏水草，如有的细菌能利用酶溶解水草组织的细胞壁，而使细胞内容物流入细胞间隙，使受害组织呈现软腐病症。如有的细菌能产生毒素使水草细胞崩解，造成感染部位组织快速死亡，表现的外部症状主要有黄化、叶斑、腐烂、凋萎等。
尽管病菌容易被药剂杀死，但它们导致的病害却难以防治。即使将病株剔除，水中依然可能存在大量的病菌。用对水草安全剂量的含氯药剂或紫外线杀菌灯可能将水中病菌杀死。
