免疫因素
女性母体出现免疫系统失调情况时，怀孕后体内那些帮助母体抵抗病毒的抗生素就可能传导给胚胎，并且排斥其生长，从而引发其流产。有研究表明，不到5%的习惯性流产是由于免疫系统问题导致的。
怎么办：
很多专家都认为，患有APLS的免疫系统综合征的女性会阻碍怀孕，这种情况可通过服用儿童剂量的阿司匹林或是注射血液稀释剂加以治疗。
子宫病症
女性子宫内部组织有问题也可能导致习惯性流产，常见的子宫问题有子宫肌瘤、宫颈无力等。
怎么办：
这类女性在流产后可做子宫检查，当子宫解剖检查结果异常时，医师会做子宫镜检查，检查子宫内膜是否长了息肉，或有双子宫、单角子宫、子宫中隔等因素而导致容易流产。另外还可利用子宫输卵管造影，确认是否已经长了一些肌瘤形成压迫。此外也可检测出有无纵隔等子宫腔(胎儿住的房子)形态异常。
激素分泌失调
正常排卵依赖于各种激素的正常分泌，每种激素都在其中发挥着重要作用。15%的习惯性流产患者存在月经期激素分泌失调的症状，即某一种或几种激素分泌过多或过少，最常见的情况是黄体酮和雄性激素出现问题。以黄体酮为例，如果这种激素分泌量不足将导致受精的卵子无法正确地在子宫内着床。卵子发育异常有可能导致黄体酮分泌不足。
怎么办：
这种习惯性流产女性可通过子宫内膜活组织切片检查较为精确地诊断出激素分泌失调的病症，确诊病因后再次怀孕时，可通过服用药物，改善卵子发育的状况，进而改善激素的分泌，从而保住胎儿。
