一般性诊断
包括病史询问(内、外、产科史、代谢病史、感染中，宫内有无异物存放，有无药物中毒，接受放射线治疗等)，体检及盆腔检查时应注意子宫大小、位置，附件情况，基础体温测定，宫内膜检查，子宫输卵管造影，必要时作宫腔镜和腹腔镜检查。实验室检查包括血常规、血沉、血型及精液常规等。
内分泌诊断
导致流产的内分泌异常包括妇科内分泌和内科内分泌异常。妇科内分泌异常包括常见的有黄体功能不全、高催乳素血症、多囊卵巢综合征等。妇科内分泌异常要经过基础体温测定(BBT)、子宫内膜活检、激素测定、血清泌乳素(PRL)测定等检查;内科内分泌异主要是糖尿病和甲状腺功能异常，相关疾病以及激素也要进行检查。
免疫检查
免疫性流产包括有同种免疫紊乱和自身免疫异常。同种免疫紊乱的排查需要做封闭抗体，夫妇HLA配对等检查，目前封闭抗体是检查最多也是最实用的，假如封闭抗体呈阴性，则表明母体不能产生对胚胎有保护性的“封闭抗体”，胚胎将会受到母体免疫细胞的攻击而容易发生停育;自身免疫异常则需要通过检查母亲体内抗体如抗磷脂抗体、抗精子抗体，抗孕激素抗体，抗雌激素抗体等，医生必须找出哪种抗体对习惯性流产的影响较大。
因此疑为免疫性习惯性流产的女性，首先应用混合淋巴细胞培养反应(MLR)及淋巴细胞毒性抗体测定，鉴别原发性与继发性流产，还需要做抗精子抗体的测定和血型及抗血型抗体测定。
遗传检查
对疑有遗传性疾病者，夫妇双方均应做染色体核型检查，或进一步做夫妇的家系遗传学调查和系谱绘制。
有些还应对于流产后妊娠物的病理解剖及细胞遗传学的研究。
