肌肉功能障碍和受损
肛门的松缩和排便功能，是受神经支配内外括约肌和肛提肌来维持的，这些肌肉松弛，张力降低，或被切断，切除，或形成大面积瘢痕，都会引起肛门失禁，若直肠脱垂，痔疮，息肉脱出引起的肌肉松弛，张力降低也会引起肛门失禁。
老年人或患有某些疾病也可引起肌肉萎缩性肛门失禁，肛门直肠脓肿，肛瘘，直肠癌等手术切断或切除括约肌也可引起肛门失禁，烧伤，烫伤，化学药品腐蚀也可引起大面积瘢痕的肛门失禁，久泻和肛管直肠癌也可引起肛门失禁。
陈旧性裂伤
在检查时一指伸入肛门，嘱患者用憋住大便的方式用力向内缩，这时肛指不感到有括约肌的收缩感，并由于撕裂肌肉断端回缩，在肛门侧方可见到小凹陷，在撕裂处可找到环形的肌肉断端。
分娩时撕裂
会阴Ⅲ度裂伤发生在第二产程，在胎头着冠时，助产者可能察觉到会阴部有撕裂感，分娩后即时发现Ⅲ度裂伤而缝合，伤口愈合一般良好。
神经障碍和损伤
排便是在内脏植物神经和大脑中枢神经支配下的反射活动，这些神经发生了功能障碍或损伤，会引起排便失禁，如中风，休克，惊吓之后，都可出现暂时性大便失禁;若胸，腰，骶椎断压损伤脊髓或脊神经，可造成截瘫，而引起大便失禁;此外，直肠靠近肛门处粘膜切除后，直肠壁内感受神经缺损，智力发育不全等均可造成大便失禁。
