孙中山力主首都设武昌
首都，是一国的政治中心，中央政府的所在地。从中国的历史看，历朝历代关于都城的选择，多是人口密集、经济发达、位置适中、交通便捷，而且地势险要之地。统治者对都城的选择均十分慎重，主要是从有利于巩固统治和经济发展的角度去考虑。
早在1887年，孙中山就对中国首都的选择有过缜密的考虑，他曾主张“一都四京”，一都即武汉，四京即西京(重庆)、东京(江宁)、南京(广州)、北京(顺天)。①首都的第一选择，还是武昌。1902年，孙中山在与章太炎的一次谈话中强调说，“金陵犹不可宅”，并详细述及首都设置的问题。他说，武昌扬灵于大江，东趋宝山，四日而极，足以转输矣……北望襄樊以镇抚河雄，铁道既布，而行理及于长城，其斥侯至穷朔者，金陵之绌，武昌之赢也。②孙中山曾说，“谋本部则武昌，谋藩服则西安，谋大洲则伊犁……”③总的看，孙中山最嘱意的首都是武昌。
武昌起义后，各省纷纷响应，建立一个统一的临时政府已是迫在眉睫。由于武昌地处中原腹地，乃九省通衢，是辛亥革命诸次起义中第一个在省会城市取得成功的地方，况且又是孙中山的一贯主张，因此，将首都设在武昌是顺理成章的事，多数省份都主张将中华民国临时政府的首都设在武昌，只有贵州军政府提议设在广州。已独立的各省代表到武昌后，确定在临时政府成立前，由湖北军政府代行中央政府职权，很明显，这事实上是把中央政府定在了武昌。但其时清朝大军屯兵江北，虎视江南，汉阳已经失守，武昌极度吃紧，湖北军事形势极为严峻。但就在此时，传来了江浙联军于12月2 日攻克东南重镇南京的消息。于是，各省代表精神为之一振，于4日在武昌立即开会作出决定，将临时政府设在南京，同时决定各省代表会议也迁至南京召开。于是，南京就成为中华民国的第一个首都。12 月25日孙中山从国外回来时，首都设在南京已成定局。
首都设南京被参议院否决
1912 年2 月清帝退位、孙中山辞职后，首都问题再次成为南北方争论的焦点。
在特定的政治军事背景下，孙中山不再坚持首都设在武昌，而坚定地支持首都设在南京的主张。其目的在于将袁世凯调出封建专制势力强大的老巢北京，在南京可以将其控制在革命力量的监督和掌握之下。1912年2 月13日孙中山向临时参议院提出辞职咨文，但附有三个条件，第一条就是“临时政府设于南京，这是各省代表会所议定，不能更改”，并强调“新总统亲到南京受任之时，大总统及国务各员乃行辞职……”④但就在同一天，章太炎则宣布了《致南京参议院论建都书》，提出建都北京的主张。同盟会的骨干分子宋教仁等人，也附和袁世凯，与孙中山唱起了反调，也主张定都北京。临时政府的实业总长张謇则在定都问题上与袁世凯暗通声气。
但最令孙中山痛心的是，南京临时政府内部也发出了不协调的声音，甚至与孙中山的主张截然相反。除了宋教仁和章太炎等人外，江苏代理都督庄蕴宽曾应同盟会机关报《民立报》的要求，通电全国，反对定都南京。安徽都督孙毓筠以及顺直咨议局等省份、机构也纷纷通电响应。一批长期跟随孙中山的革命党人，这时也纷纷“倒戈”，如柏文蔚、朱瑞、姚雨平、洪承典等著名将领，竟联名通电要求定都北京，与袁世凯一唱一和。
但陆军总长黄兴始终是坚定地站在孙中山的一边。他在《民立报》上发表公开信，严厉驳斥了定都北京的论调。由于南京江浙联军参谋团主张定都北京，黄兴下令陆军部立即解散了参谋团。2月14 日，临时参议院召集会议，专门审议定都一事。会议用投票表决的办法，以决定首都设在何处。表决结果，竟有20 票主张定都北京，5 票主张设南京，2票主张设武昌，1票主张设天津。会上，同盟会会员李肇甫大放厥词，说当时临时政府主张首都设在南京，是由于大江以北尚在清军的统治下，现在南北已经统一，首都的地点自应设在北京为宜。还有不少议员对袁世凯不愿南下表示同情。
到会的大总统孙中山立即站了起来，对决议中“首都设北京”这一条提出了强烈的反对意见，并以临时大总统的名义，向参议院依法提出复议这一表决结果。此时，参议院议长林森发言说，由于大总统的异议，本院决定将在次日进行复议。
参议院复议 首都仍设南京
孙中山本以为，在参议院中，革命党人占了绝对多数，通过定都南京的决议不会有问题，没想到结果竟会是这样。这使孙中山极为恼火。当晚，即与黄兴等人一道把同盟会员李肇甫叫来予以痛斥，并限定必须在第二天复议时更改过来。孙中山并决定以党的名义连夜通知党人议员，必须按照党的最高领导总理的意愿进行投票。孙中山一面派人做议员的疏通工作，同时亲自出马，向各界宣传定都之说。黄兴怒道：“明日如再不按孙先生意愿行事，我立即派宪兵将议员绑了出来。”
15日清晨，总统府秘书处秘书吴玉章将孙大总统亲自拟就的复议咨文，准备加盖总统大印送往参议院。而此时孙中山已率军政要员赴南京东郊的明孝陵谒陵、举行南北统一大典去了。黄兴还没动身，正在穿军服。他厉声对吴玉章说：“我马上去东郊明孝陵，过了正午12时，参议院再不改过来，我立即调兵冲入参院强行通过。”吴玉章连说：“务请总长再延缓一下，我尽速办理”。
总统府秘书长胡汉民也知道事情紧迫，故托病未去孝陵。他想，一旦上午不能表决或再次通不过，陆军势必冲进参议院，岂不酿成大祸！当他与吴玉章见面后，立即拿来孙中山办公室抽屉的钥匙，取出了大印盖上了咨文。而此时，参议院的同盟会议员们都在焦急地等待复议咨文的到来，以付诸表决。幸好咨文及时送到，立即进行了表决。表决的结果起了根本性的变化，在出席的27名参议员中，有19 人投票定都南京，6票主张定都北京，2票主张定都武昌。最后，参议院通过决议，仍以南京为民国首都所在地，纠正了前次决议。胡汉民这才如释重负。
中午时分，孙中山、黄兴诸人谒陵后返回总统府时，参议院已来人报告，首都设南京的复议案已获通过。
孙中山让步 袁世凯得逞
袁世凯一直不愿接受首都设在南京的决议，以种种卑劣的手段加以抵制。袁系及亲袁势力则发动舆论造势，要求首都设在北京。早在2 月11日，袁世凯在致南京临时政府的电报中，就一再表示“不能南下”。2 月15日的当天，袁世凯即致电孙中山表示难以接受南下的要求，竟以“退归田园”这一以退为进的方法要挟。2 月21日，中华民国联合会、民社、国民协会、《民立报》、《神州日报》、《时报》、《时势新报》、《大共和日报》等八个社团，联名致电江苏都督庄蕴宽，并要求他转黎元洪、各省都督、咨议局，认为临时参议院通过定都南京，是“立法为行政所侵，不能保其独立，民国开此恶例，尤为寒心……”⑤同一天，临时政府派出蔡元培、汪精卫、魏宸组、宋教仁等为代表的迎袁南下就职专使团赴北京。袁世凯公开表示愿赴南京就职，并对专使团成员极其谦恭。
但就在29日晚，北京东城、前门一带突然枪声大作，火光冲天。原来是驻北京的曹锟北洋第三镇在代表们下榻的旅馆附近，以及北京各处制造了所谓的兵变。变兵甚至持枪进入专使团的驻地，吓得专使们纷纷仓皇出走。第二天，“兵变”很快又蔓延至保定、天津等地。3月1日，袁世凯和蔡元培分别致电孙中山，告知了京津保“兵变”详情。孙中山接电后，立即召开内阁会议，决定派兵北上平乱。但袁世凯又于4日致电孙中山，称“北方局势已定，无庸远劳师旅，祈即停止出发……”蔡元培也致电孙中山，“京津各处渐平靖……不宜亟亟出发……”并称“外交团不以运兵为然”⑥等等。京津保兵变后，北方各地商会、咨议局、团体、报馆纷纷上书、通电，反对袁世凯南下就职。段祺瑞等军界人士更是发通电、印传单，措辞强硬地要求“临时政府必应设于北京，大总统受任必暂难离京一步……”
而袁世凯还假惺惺地表示，拟由黎元洪代其赴南京就职。同时，英美法德日俄等国纷纷向天津派兵。此时，南京临时政府迎袁专使团的蔡元培等人致电孙中山，彻底改变了要袁世凯南下就职的初衷，反而替袁辩解。同时，为了对南京有个交待，蔡元培等人还向孙中山及临时政府提出袁世凯接管权力的具体办法，即袁世凯在北京举行就职典礼，而与南京、武昌方面商定内阁总理及总长，并由总理在南京组成统一的政府，与南京临时政府办理政权的交接等等。而在南方，临时政府内部仍有人继续发表在北京定都的论调。为此，黄兴特发出《为主张建都南京驳庄蕴宽等电》，并驳斥章太炎说，“章先生之函，与《民立报》略同，但所云谋政治之统一，经济之发展，军事之统一，多非纯粹建都问题……”章太炎则撰文《驳黄兴主张南都电》，为袁世凯辩解。孙中山从大局出发，劝说章太炎不要坚持己见，与立宪党人沆瀣一气……总统府秘书吴玉章说，章太炎为了反对孙中山先生，实际上已经站到袁世凯那边去了。
面对袁世凯的言而无信以及中外帝国主义势力的强大，孙中山为了顾全大局，只好作出让步，同意袁世凯在北京就职。3 月5日，孙中山致电蔡元培等在北京的迎袁专使，同意袁世凯不必南下就职。在这样的形势下，3 月6日，临时参议院议决六条办法，允许袁世凯在北京就第二任临时大总统职;袁世凯接电后即致电南京临时参议院进行电报宣誓;同意民国首都迁北京等等。
3 月10日，袁世凯在北京中南海宣誓就任中华民国第二任临时大总统。孙中山为了防止袁世凯的出尔反尔，特指派胡汉民将蔡元培带回的袁世凯在北京宣誓就职的誓词书，交给临时参议院保存。至此，民国初年的首都之争，以首都设在北京、袁世凯得逞而告一段落。
