商鞅从公元前356年至前350年，大规模地推行过两次变法。商鞅第一次变法在公元前356年，而不是公元前359年，杨宽《战国史》185页有这样一段说明：“《史记秦本纪》说：秦孝公三年‘卫鞅说孝公变法修刑……孝公善之。甘龙、杜挚等弗然，相与争之，卒用鞅法，百姓苦之。居三年，百姓便之，乃拜为左庶长。’据此，秦孝公三年已‘用鞅法’，六年因‘百姓便之’，提升卫鞅为左庶长。但是《史记商君列传》说：孝公‘以卫鞅为左庶长，卒定变法之令’。据此则下令变法，应在秦孝公六年卫鞅任左庶长之后。两说相较，当以后说为是。《战国策秦策》一说：‘商君治秦，法令至行……孝公行之十八年，疾且不起，欲传商君，辞不受。’《韩非子和氏篇》又说：商君之法，‘孝公行之，主以尊安，国以富强，八年而薨，商君车裂于秦。’王先谦《集解》认为‘八’上脱‘十’字，是对的。从秦孝公六年(即公元前356年)卫鞅‘为左庶长，卒定变法之令’以后，到二十四年孝公去世，首尾19年，以整年来计，正是18年。”据此，商鞅第一次变法应在公元前356年。
公元前340年，卫鞅设计生擒魏将公子昂，大破魏军，迫使魏国交还过去夺走的西河地。魏惠王说：“寡人恨不用公叔痤之言也。”商鞅因此大功，受封于商(今陕西商县东南商洛镇)15个邑，号为商君。
公元前338年，秦孝公去世，太子即位，即秦惠王。公子虔等人告发商鞅“欲反”，秦惠王下令逮捕商鞅。商鞅逃亡至边关，欲宿客舍，客舍主人不知他是商君，见他未带凭证，告以商君之法，留宿无凭证的客人是要治罪的。商鞅想到魏国去，但魏国因他生擒公子昂，拒绝他入境。他回到自己的封邑，举兵抵抗，结果失败，被车裂而死。
公元前350年，商鞅又实行了第二次改革，改革的主要内容是：
一、废井田，开阡陌(阡陌就是田间的大路)。秦国把这些宽阔的阡陌铲平，也种上庄稼，还把以前作为划分疆界用的土堆、荒地、树林、沟地等，也开垦起来。谁开垦荒地，就归谁所有。土地可以买卖。
二、建立县的组织，把市镇和乡村合并起来，组织成县，由国家派官吏直接管理。这样，中央政权的权力更集中了。
三、迁都咸阳。为了便于向东发展，把国都从原来的雍城(今陕西凤翔县)迁移到渭河北面的咸阳(今陕西咸阳市东北)。
这样大规模的改革，当然要引起激烈的斗争。许多贵族、大臣都反对新法。有一次，秦国的太子犯了法。商鞅对秦孝公说：“国家的法令必须上下一律遵守。要是上头的人不能遵守，下面的人就不信任朝廷了。太子犯法，他的师傅应当受罚。”
结果，商鞅把太子的两个师傅公子虚和公孙贾都办了罪，一个割掉了鼻子，一个在脸上刺上字。这一来，一些贵族、大臣都不敢触犯新法了。
这样过了十年，秦国果然越来越富强，周天子打发使者送祭肉来给秦孝公，封他为“方伯”(一方诸侯的首领)，中原的诸侯国也纷纷向秦国道贺。魏国不得不割让河西土地，把国都迁到大梁(今河南开封)。
