光武“以征伐济大业”，故建武元年(25年)六月初即位时，非但不“退功臣”，反而任之以显职。据万斯同《东汉将相大臣年表》，其时除太傅卓茂外，大司马吴汉、大司徒邓禹、大司空王梁、骠骑大将军景丹、建威大将军耿弇、虎牙大将军盖延、建义大将军朱祜(大将军杜茂与以上四大将军官次相当，亦应入表)、前将军耿纯、右将军万修均为开国功臣。
建武二年正月又以“功次轻重”为标准分封，功臣自然是主要的受益者。《光武帝纪》：“封功臣皆为列侯，大国四县，余各有差。”博士丁恭引古制以谏，光武竟宣称：“古之亡国，皆以无道，未尝闻功臣地多而灭亡者。”遂遣谒者而授印绶。相形之下，文吏尚未能获得与功臣同等的优待。《后汉书•侯霸传》：霸以“明习故事”，累迁至大司徒，建武十三年(37年)卒于官，光武下诏吊曰：“惟霸积善清洁，视事九年。汉家旧制，丞相拜曰，封为列侯。朕以军师暴露，功臣未封，缘忠臣之义，不欲相逾，未及爵命，奄然而终。呜呼哀哉！”文吏爵赏不得超越功臣，直到11年后仍为一项通行的原则。功臣在东汉新政权中的地位远远高于文吏，由此略见一斑。
建武功臣拥戴光武称帝，同时对皇帝权力又有所干预，他们最初在国家事务中拥有极大的发言权，有时甚至有压倒光武的趋势。《后汉书•王梁传》记载，建武二年，光武遣大司空王梁与大司马吴汉俱击檀乡，军事指挥大权归大司马吴汉，而王梁为了取得战争主动权，既不禀大司马，也不向朝廷请命，多次征发野王境内的军队参战。光武以梁“前后违命”，派尚书持节往军中斩梁，但最终又将其赦免。
尽管功臣并非都像王梁那样肆意妄为，然而他们无疑要比文吏难于控制。范晔论光武“退功臣进文吏”事，着眼于他从武功到文治的转变，固然不错，但其中还有另外一层背景：光武为了确立绝对权威，需要对功臣有效地加以制约，以文吏为施政的爪牙。但是，功臣毕竟已在政治上尤其是在军事上取得了举足轻重的地位，光武开始只能通过南北功臣相互制衡以达到强化皇权的目的。
