1271年，忽必烈定国号为大元，正式即位为皇帝，并开始实施南下攻打南宋的计划。此时南宋占据着临安(今天的杭州)等地，忽必烈极其需要一条通道，来把南方的粮食运到北方。
蒙古人作为骑在马背上的游牧民族，一向惯于陆地作战，他们向南方进军时，亦聪明地懂得如何利用海洋——他们不仅收纳了背叛的南宋海军，拥有规模庞大的海洋战舰，大型的海洋货船;还从另一条看起来更不可能的途径——海盗——得到了帮助，建立了从东南亚至波斯湾的海外贸易，以及一个稳定的海上粮食运输系统。
国初海运自朱张长江出海口处有几个岛屿，其中最大的一个为崇明岛。崇明岛四面环水，易守难攻，13世纪的时候已不受宋朝政府的控制，成为海盗的自由天堂。13世纪中叶，此地有两个著名海盗：朱清和张瑄，他们率众“啸众剽劫”，贩卖私盐，掳掠富商巨舶，最多时曾纠集海盗近千人，船只五百艘，活动范围南至通海，北至胶东半岛和莱州湾，后被南宋招安。
1273年，朱清和张瑄背叛南宋，成为元水军的重要力量，朱清被授予代理管军千户的武职。三年后，两个前海盗接到了一个任务：运送南宋库藏。那一年，元军攻占了临安，南宋降臣建议丞相伯颜把南宋的库藏，包括档案、图表、祭祀器具都运送到当时元朝的首都元大都来，以备修宋史时用。但当时的淮东地区仍在南宋将领的控制之下，所以，伯颜想到了海道运输，他将此任务交给朱清和张瑄，并获成功。
六年之后，通过大运河运到北京的粮食迟迟不到，而且内河粮运的运费昂贵，伯颜因而想起1276年经海道搬运宋室库藏的事。
伯颜将此法上报忽必烈后，忽必烈权衡了不同漕运方案的利弊得失，决定采纳丞相伯颜的建议，下令建造60艘海船，招募大量熟悉海上情况的船工、船员，任命朱清、张瑄为海道运粮万户，负责海上漕运。
1282年元朝政府的60艘平底船建造已毕，在朱清和张瑄的主持下，漕船在今天的江苏省太仓县浏河装粮，大船装载1000石，小船装载300石，60艘平底海船共装运漕粮4.6万石。船队离开港口以后，经扬州，过海门县以东的黄连沙咀和万里长滩，然后向西北航行，到达淮安、盐城县，再往北行，沿着漫长的海岸线一直北上，在今天的山东荣成地区折转向西航行，到达登州古港，继续西行进入今天的海河口，整个航程历时四个多月，所有粮食于1283年3月到京。数目虽不足观，却有了一个很好的开端——这次航行证明了海路运输粮食的可行性。当时张晃为有一句诗“国初海运自朱张，百万楼船渡大洋”，就是形容当时海上运粮的情景。
出航成功使得元朝统治者对海上漕运更加重视，至元二十年(1283年)，朝廷建造漕船2000艘，至元二十二年(1285年)，又增加了3000艘，全部投入漕粮运输。海运漕粮的数量逐年增加，到了至元二十七年(1290年)，漕粮年运量达到了159万石。
此时忽必烈正一心想入侵日本和占婆(今越南南部)，需要大量船只和水手，而且当时元朝的经济力量还无法建造适合大量运输大宗货物的平底船。所以他决定依赖商人和海盗来完成这危险的海上航行。
他把组织人员运粮的任务全权交给朱清和张瑄。两人有选择人员的权力，甚至不经朝廷的批准就可授予官职。13世纪80年代早期，建造一艘排水量在1000料(料为古代测舟船之载重单位)的大船的花费，大约是100锭，而1000担米的运费是170锭，利润如此之高，海路商人们当然不会错过时机。因此朱清和张瑄手下马上聚集了盐商、盐工、船主，渔民、漕运官员和水手几万人，两人也邀请东南沿海的海盗加入。
这项政策给了商人巨大的利润空间，鼓励商人多方参与，最后粮食运输取得空前成功。半个多世纪里，海路都是元大都粮食供应的主要途径，到1341年达到了最高峰，运送米的数量达360万石，在中国的历史上是空前的。
1287年朱清疏浚娄江(今浏河)，开刘家港海道通往直沽，朱张二人和他们手下的船员移居到此，这个默默无闻的小村庄，一夜之间成了一个繁忙的港口，琉球、日本、高丽商船也进港贸易，刘家港遂有“六国码头”之称。
盛极而衰当时私人出海经商受到严格限制，一经发现全部家财都会被没收。但朱清和张瑄派出的商船是个例外，因为他们的贸易得到朝廷和高官的默许。朱张二人还可以自己印刷纸币，与官方发行的纸币相比，只是纸张稍黑而已。
两个前海盗做得“尽职尽责”，因此也分享到不少与日本、朝鲜和东南亚国家贸易的利润。据《元史•食货二》记载：“具船给本，选人入番贸易诸货，其所获之息，以十分为率，官取其七，所易人得其三”，可见70%的利润返回朝廷，商人得到另外的30%。
朱张二人的权力很快就从海上扩展到陆地，成了中国东南部最富有、最有权势的人，13世纪80年代，太仓出了100多位高官，12个人官至万户侯，64个千户，还有40个百户，其中大多数是朱张二人的子侄和亲戚。
而朱清本人更是权倾一时，元大德四年(1300年)，他被擢升为江南行省左丞，执掌元朝的漕运大权。《续资治通鉴•元纪》上说两家“宗戚皆累大官，田园馆舍遍天下，巨艘大舶交诸番中，车马填塞门巷”。
月盈则亏，常常有官员向上递折子，对他们提出指控。但因着他们纵横大海的能力，元朝统治者不仅没有惩罚朱张二人的飞扬跋扈，还发布公告，宣称朝廷对他们完全信任。当时忽必烈就对丞相完泽说：“朱张有大勋劳，朕寄股肱，卿其卒保护之。”
1303年，忽必烈之子铁木耳病重，皇后摄政，有人抓住这个机会控告朱张二人谋逆。谋逆在当时是不可恕的重罪，皇后下诏将朱清、张瑄及其家人押解到北京，朱清一怒之下自杀，张瑄和他的儿子文虎被处死。
此后，朱张二人的财产，包括海上的船舰、陆上的土地和家中珠宝都被充公。为处理两人的财产，朝廷特意设置了钦差大臣，两人生前富甲一方，光核对和追查隐藏的财产就花费了6年功夫。
虽然朱清和张瑄被处死了，他们的财产也被没收，但是元朝统治者并没有按照传统对谋逆罪的处置，进行“株连九族”，更没有处理跟着他们进行贸易活动的其他人。这在朝廷是有着复杂考量的——对于元朝来说，海路不能完全禁绝，放过朱张二人的家人和属下，可以靠这批熟手小范围地继续保持海上贸易活动，海路粮食运输也不会受到太严重的损伤。
但不管如何，朝廷不会让个人再如此大权在握，中饱私囊了。二人死后，朝廷将海运收归官有，在朱清和张瑄的时代，监管海上贸易的官员至少有4个万户侯，24个千户，他们死去一年之后，平江路(今苏州附近)的长官接管了海上运输的任务，大大简化了行政程序，只设达鲁花赤一员，万户二员，副万户三员。千户所按地区划分，改为11处，只设达鲁花赤、千户和副千户。
朝廷的经营困境机构设置虽有改善，但在运营海上贸易方面，政府远远赶不上朱清和张瑄，为了保持运输量，政府不得不雇佣(很多时候是霸占)私人的船舰，1309年5月北京发生饥荒，政府急需20万石米来挽救饥馑的灾民，结果运输过程中困难重重。
浙江地区的长官递交的报告中记载了这些困境，他写到，在以前，朱清和张瑄控制海上粮食运输的时候，每年的运输量从四五十万担慢慢增长到每年一百万担，运输的船只总是绰绰有余，运费也很公平，而到了1309年，税收和苛捐繁重，私人船主陷入困境，为了逃避重税纷纷躲了起来，结果，运输粮食的船只远远不足。为了凑足船数，官员们不得不远到福建等地来“征用”船只……
这位官员同时提到，澉浦的杨氏家族拥有船只，并且熟悉水路，他请求朝廷，任命澉浦杨氏为掌管海上运输的万户，利用他们海上运输的经验，使得海上运输顺利进行。
这些情况，让蒙古统治者开始重新思考：把海上粮食运输收归官办到底对不对？
1310年，或许是因为张瑄孙子的请求，或许是因为北方的饥荒迫切要求朝廷重新启用张瑄家族。总而言之，这一年，皇帝对朱清和张瑄给予平反，令张瑄的长子掌管对日本的贸易。尽管如此，要马上运粮挽救饥馑已经为时较晚了。
1310年，粮食安全运到天津港之后，皇帝专门派了一名钦差赶到天津，祭祀海神娘娘，感谢海神对船队的保佑。第二年，朱清一个精明强干的手下成功组建了八百只船的舰队，并且押送了2773266石米到北京，此次运粮数量之多，今天来看也是一个奇迹。
经过这些事之后，元朝统治者意识到海上运输的复杂性，再次提升了海上运输官员的职位。从名臣柳贯的一段记载中可以看出朝廷有多依重他们：这些官员可以佩戴虎头金牌，出行的时候可以乘坐三匹马拉的马车，每个城市的地方官员对他们毕恭毕敬……
澉浦杨氏家族朱清和张瑄之后，另一个著名的被招安海盗家族，是澉浦杨氏家族。
杨氏家族在宋朝就从事海上贸易。其中心人物杨发和朱清、张瑄一样受到南宋招安，后又投靠元朝。
1277年，忽必烈仿效宋朝，在现在的宁波、上海和澉浦设立了三个市舶司，全部归杨发管辖，杨家很快搬到海盐县澉浦镇地区居住。4年之后，这里就变成了东南亚的重要商品集散地。意大利人马可•波罗曾至澉浦，在其游记中写道：“这里是一个优良的港湾，所以从印度来的货船，经常都在这里停泊”。
朱清和张瑄倒台之后，1311年，因“澉浦杨家等有舟，且深知漕事”，杨发被封为海道运粮都漕万户，得到了更多的海上远行和贸易机会。
杨发死后，他的儿子杨梓继续他的事业。杨梓早年主要从事与日本和高丽等国的海上贸易，1293年曾随元兵南征爪哇(今属印度尼西亚)，杨梓因为熟悉海路和东南亚风土民情，被任命为宣慰司官，随大臣伊克穆苏负责军事导航，前往招谕，胜利归来后，以功受封为安抚总司，后又任杭州路总管。
杨梓的儿子杨枢是中国著名的航海家，曾到达波斯湾附近的忽鲁模斯(霍尔木兹)，这是郑和下西洋的主要目的地，郑和在第三次下西洋时方才到达。
杨枢下西洋，比起郑和来早了111年。1301年，19岁的杨枢被委任为官本船的代理人，远赴印度洋经营海外贸易，归来时在波斯湾忽鲁模斯港停泊时，曾遇波斯合赞王派出的使者那怀等人。那怀于1303年到达中国，在大都觐见元成宗后，又请求再乘杨枢的海船返回波斯，元朝特封杨枢为忠显校尉、海运副千户，授予佩带金符，让他以官员身份护送那怀一行回国。
1304年初冬，杨枢护送那怀一行出发，旅途历经艰险，风暴一再阻碍他们的行程，直到1307年船队才安全抵达忽鲁模斯港，完成使命。
朝廷对海洋贸易的垄断被打破之后，海洋贸易进一步发展，从事此行的商人可以享受奢华的生活，杨氏家族更以铺张排场著称，同时他们还布施寺院，印刷佛经，杨家修建的寺庙遍布浙江和江苏。
虽然元朝统治者允许商人们扩展海上贸易，但是尽可能多地任命蒙古人来进行此项事业，朱清和张瑄的下属都被朝廷严密监控，杨家在海上的空间越来越小。杨梓则开始醉心戏曲创作，他在家中收养了100多个戏子，随时可以排演他的新剧本。这在当时闻名一方，元代姚桐寿的《乐郊私语》记载：“杨氏家僮千指，无有不善南北歌调者”，“海盐少年，多善歌乐府，皆出于澉川杨氏”，即可见一斑。
他所创作的戏曲里，暗暗反映了杨氏家族的不满。流传至今的《下高丽敬德不伏老》写唐代名将尉迟恭遭黜后重新任用;《承明殿霍光鬼谏》写西汉时大司马霍光忠于皇室，生前竭力辅佐，死后“为国家呵一灵儿不散”，还以鬼魂进谏。虽然这些戏剧遵循中国正统戏剧的套路宣扬忠君，还是隐隐流露出不平之声。
从某种意义上说，杨氏家族取代了朱清和张瑄的地位，但元朝统治者对他们的管理更加严格。杨家的唯一权力就是征召进行海上贸易的商人，他们没有得到朱张那样的高官显爵，直到朱清和张瑄倒台之后才有机会得到重用。但是与朱张家族不同的是，杨氏家族的奢华生活一直延续到元朝结束，明朝的开国皇帝朱元璋才将他们铲除。
被遗忘的良法元朝统治者鼓励商人从事海上运输，事先付给高额运费，这种运输体系，可以让普通百姓免服运输粮食的徭役，政府也不必增加负担增设官僚结构来管理，号称“一代之良法”。《元史》上说“民无挽输之劳，国有储蓄之富”。
因此，除了朱清和张瑄倒台后那段时间，元朝一直实行这种政策——利用海盗和商人来运输粮食。元朝统治者征募海上商人的做法大大刺激了造船业。在1294年，可造出的最大的船也不过装载1000担米，随着海上运输的增多，船的承载量越来越大。到了1314年，最大的船可以装载8000到9000担米，最小的船也可装载一两千担，可见船只及其载重量的进步。
在鼓励海运的同时，元朝统治者也没有忘记陆运，为了航运顺利，1289年，元世祖下令开凿会通河，起自东平路须城县(今山东东平)，至临清抵达御河，全长250多里，建闸门31道。两年后，在郭守敬建议下，忽必烈又用二百八十多万劳工，开凿了通惠河。元政府对入河船只的载重做出限制。初开会通河时，只允许150料的船只通过，商人们建造的船慢慢增长到300-400料甚至500料，这是朝廷付给商人高额运费，刺激商人建造船只的结果。但却造成了不良结果——因为航行船只过多，大运河上船舶的运输速度则减慢了。
但可惜的是元朝的海运政策没有被明朝继承，到了明代，刘家港和澉浦两个繁荣的海外贸易港口很快沉寂下来，被人遗忘。
