除了多位建文帝忠臣自己或全家自杀外，朱棣虐杀建文帝忠臣及其家属共一万多人。历朝历代异姓相伐相杀，从未有这样惨屠对方官吏臣下的举动。
朱棣入京后，立即揭榜(悬赏捉拿)黄子澄、齐秦、方孝孺、铁铉等建文帝臣子数十人，并清宫三日，诛杀宫人、女官以及内官无数，只留下一帮曾向他通过风报过信的没老二太监。他又迁建文帝母亲于懿文陵幽禁，杀掉建文帝三个兄弟。建文帝七岁太子朱文奎于乱中“不知所终”，肯定是被朱棣杀掉。另外的小儿子朱文圭当时才两岁，还在怀抱之中，朱棣先把这个小孩幽闭于广安宫，后来不知所终，想必也是被朱棣派人弄死以绝后患。也有记载说朱文圭一直幽禁在凤阳，至明英宗时才放出，已经五十七岁，尚不能分辨马牛，完全被禁锢成一个痴呆。
朱棣派人扑灭皇宫大火后，首先做的就是召文学博士方孝孺来起草自己的继位诏书。朱棣的谋士姚广孝曾在北平时对他讲，方孝孺是天下“读书种子”，绝不可杀。
方孝孺乃建文帝耿耿忠臣，身穿衰●白衣大哭于阙下。朱棣召其入殿，方孝孺也不施礼，依旧嚎哭不已。
朱棣劝说方孝孺：“我是效法周公辅佐成王啊。”
方孝孺止住哭声，厉声反问：“成王安在？”
“他自焚而死！”朱棣答道。
方孝孺又问：“何不立成王之子？”
朱棣回答：“国赖长君。”(意指他自己)
方孝孺咄咄逼人，“何不立成王之弟？”(意思是建文帝几个弟弟都已成年)，朱棣不得已，亲自下殿走到方孝孺面前，苦笑着说：“这些都是朕的家事啊，先生你不要为这些事费神。”
左右递过纸笔，朱棣说：“诏天下，非先生不可。”
方孝孺夺过诏纸，在上乱批数字，掷笔于地，边哭边骂道：“死即死耳，诏不可草！”
朱棣怒急，大声叫道：“怎能让你痛快一死，即死，难道你不怕我诛你九族吗？”
方孝孺大喝：“便诛十族又奈我何！”
此时，朱棣已皇位在座，顿呈残暴本性。他命卫士用大刀把方孝孺嘴唇割开，一直划裂到耳边。然后，命人逮捕其九族亲眷外加学生，凑成十族，共八百七十三人，依次碎剐杀戮于方孝孺面前。方孝孺忍泪不顾，最后被凌迟于聚宝门外，时年四十六。
孝孺临刑前做绝命诗，曰：“天降乱离兮孰知其尤，奸臣得计兮谋国用犹。忠臣发愤兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求。呜呼哀哉，庶不我尤！”
建文帝兵部尚书铁铉被逮至京。朱棣坐于御座，铁铉背立殿庭，至死不转身面对朱棣。朱棣派人割掉铁铉耳鼻，在热锅中烧熟，然后硬塞入这位忠臣口中，问：“此肉甘甜否？”铁铉厉声回答：“忠臣孝子之肉，有何不甘！”于是朱棣下令寸磔铁铉，这位忠臣至死骂不绝口。怨恨之下，朱棣又把铁铉八十多岁的老父老母投放海南做苦役，虐杀其十来岁的两个儿子，并硬逼铁铉妻子杨氏和两个女儿入教坊司充当妓女，任由兵士蹂躏。
对建文帝刑部尚书暴昭，由于陛见抗骂，朱棣先去其齿，次断手足，以刀慢割脖项而死。
对礼部尚书陈迪，由于责问不屈，朱棣命卫士绑送他及其六个儿子一起至刑场凌迟。朱棣又先派人割下陈迪儿子陈凤山的鼻子和舌头，塞进这位忠臣嘴里逼他下咽。陈迪虽为文士，至死不屈，怒骂而死。
对建文帝右副御史练子宁，也因殿上怒骂，朱棣命人先割掉其舌，此后寸磔而死，其宗族被杀者一百五十一人。
对建文帝兵部尚书齐秦，也是因其不屈，送刑场凌迟;对太常卿黄子澄，也赤其三族，凌迟处死。
对建文帝监察御史高翔，因其丧服入见，朱棣命卫士杀之于殿上，没产诛族，又掘发高氏宗族墓地，焚骨抛尸，交杂狗骨马骨四散丢弃。
对建文帝监察御史王度，宗人府经历宋征、监察御史丁志、监察御史巨敬，朱棣皆施以族诛之刑。
建文帝大理寺丞刘端弃官逃去，被抓入殿。朱棣问：“练子宁、方孝孺是什么样的人？”
刘端笑答：“忠臣也！”
朱棣问：“汝逃，忠乎？”
刘端回答：“存身以图报耳！”
朱棣狼性大发，命人用刀割去刘端耳鼻，狞笑着问满头血污的刘端：“作如此面目，还成人否？”
刘端骂道：“我犹有忠臣孝子面目，九泉之下也有面目去见皇祖！”
朱棣狂怒，亲手用棍棒把刘端捶击而死。
除了多位建文帝忠臣自己或全家自杀外，朱棣虐杀建文帝忠臣及其家属共一万多人。历朝历代异姓相伐相杀，从未有这样惨屠对方官吏臣下的举动。因此，清初史家谷应泰这样叹道：
“嗟乎！暴秦之法，罪止三族;强汉之律，不过五宗……世谓天道好还，而人命至重，遂可灭绝至此乎！”
话说回来，对建文忠臣杀则杀耳，杀之可成其千秋万世之名。王朝皇族更迭，诛杀前臣也不算太过分的罪行。“古者但有刑诛，从无玷染。”而朱棣秉承朱元璋老混蛋血脉中淫暴凶残的因子，把多位忠臣孝子的大好清白妻女送入教坊司(公家妓院)做性奴，每天受二十多精壮汉子轮奸，生下男丁当家奴，生下女孩长大后接着做妓女，死后便“着抬出城门喂狗吃了”……——“此忠臣义士尤所为直发冲冠，椎胸而雪涕者也！”(谷应泰语)
直到二十二年后，朱棣儿子明仁宗朱高炽继位，才下诏称：“建文诸臣家属在教坊司、锦衣卫、浣衣局及习匠、功臣家为奴者，悉宥为民。”
建文帝忠臣惟一善终者，只有魏国公徐辉祖一人。朱棣召见，徐辉祖不出一语。由于他是功臣徐达之子，家有免死的誓书铁券，其弟徐增寿又因想投降朱棣被建文帝杀掉，朱棣才免其一死，革其禄米，把他一直软禁在家。
残暴如此，坐稳龙椅后的朱棣很想又换张脸皮以“仁德”形象留诸后世。特别可笑的是，永乐二十二年的甲辰科举考试，本来第一名状元是孙日恭。考试官员最后把录取名单呈给朱棣过目，这位流氓皇帝一反常态，细细研读，竟咬文嚼字起来：“孙日恭第一名，不行！日恭两字合起来就是‘暴’。(古文是竖版，所以两个字看上去就是“暴”字)朕一向以仁心为本，平生最恶残暴苛刑，隐暴于名的人断断不能为我大明状元。”老混蛋批来批去，从三甲之中点了一个名叫邢宽的人为状元。邢宽，乃“刑宽”的谐音，以此来显示永乐皇帝治下轻刑薄赋、仁德四海的“太平景象”。动辄诛臣下“十族”、杀人过万眼都不眨、处心积虑把忠臣妻女送入窑子每日定量供人轮奸的凶戾变态之人，临老又忽然变成似乎连只蚂蚁都不愿踩死，连一“暴”字都堵心碍眼的“仁德”之人，不得又让人佩服职业统治者的演戏才能，已臻乎炉火纯青之境。
