刘协处理与曹操的关系面临着一个两难困境。一方面，刘协的小朝廷全赖曹操的支持，全靠曹操大军拓展疆土;但另一方面，曹操打下的江山却不再姓刘了。作为能力出众、又一心希望中兴汉室的君主，刘协为什么扮演了一个令人同情的末代皇帝的角色呢？宋元之际的史学家胡三省是这样评价汉献帝的：汉献帝并不是一个昏庸无能之辈，之所以在他手里终结东汉一朝，是因为他只不过是一空头皇帝而已，“威权去已”。
刘协对曹操有着特殊的感情。
在即位之前，刘协或许听说过曹操。年幼的他可能认为曹操只是家奴、大宦官曹腾的孙子。而这个孙子，也还是曹腾收养乞丐曹嵩为儿子后，曹嵩再生下来的。曹操这样的出身，很被世人看不起。贵为陈留王的刘协也不例外。之后，刘协莫名其妙地被大军阀董卓扶持为皇帝，开始了傀儡生涯。关中大乱之时，曹操在关东地区大展拳脚，镇压了青州三十万黄巾起义，被朝廷封为刺史、镇东将军。诏书是刘协签署的。当时的刘协对曹操的印象可能有所改观。
刘协虽说是傀儡，但并不是那种昏庸无能的君主。他不同于白痴皇帝晋惠帝，也不同于乐不思蜀的蜀汉后主刘禅。在备受压抑拘束的生活中，刘协身上不时闪耀出才干的火花。
十常侍之乱的时候，刘协和少帝刘辩逃出宫外，正仓皇间，迎面遇上董卓率领的三千陇西铁骑奔腾而来。小皇帝刘辩见到这样的情形，吓得浑身哆哆嗦嗦，双腿战栗，口不能言。小皇帝刘辨手下的内侍太监和一众文官也都没人敢出口大气，只怕稍有闪失，便惹来杀身之祸。
此时，刘协挺身而出，问董卓：“你是来劫驾，还是来救驾？”董卓见是一个小孩，不由一愣道：“当然是来救驾！”刘协高声道：“既然是来救驾，为何见了圣上不跪！”遂朝少帝刘辩指了指说：“这就是当今天子，你还不下跪！”当时的刘协才九岁。能以稚龄之年面对这么大的阵仗而毫不慌乱，实属胆识过人。
据说，董卓正是因为这次经历，对刘协印象深刻，日后扶持他为新皇帝的。
公元194年，天大旱。长安城内谷一斛值钱30万，人相食。献帝令侍御史侯汶开仓济民，饿死者如旧。献帝怀疑侯汶作弊，于是亲自检验，用米、豆各5升于殿熬粥，竟有两大盆之多，和平时大不相同，轻而易举地弄清了侯汶的假公济私。结果是侯汶被当众杖责五十，很多饥民得到了及时赈济。
显然，魏国君臣也承认刘协的聪明睿智。在《谥法》中，“献”的解释是“聪明睿智曰献”。而刘协死后的谥号就是“汉献帝”。
公元196年，刘协逃离战乱连绵的关中地区，来到已是一片废墟的旧都洛阳。在洛阳的几个月里，汉王朝的宫廷只能在城西残留的、原大太监赵忠那座勉强有四壁的、破落院子里临时办公。大臣数十人，其中尚书郎以下的大臣必须自己去城外采摘野菜充饥。他们与饥民、乱兵一样，你争我夺。体弱的人就再也没有回来。但是刘协非常喜欢这样的生活。因为只有在残破的洛阳，他才是真正的皇帝，可以独立自主地发号施令。这样的感觉是他梦寐以求的，尽管他的命令只在小小的洛阳城内部有效。
为此，刘协正式改年号为“建安”。
遗憾的是，曹操随即率军来到了洛阳。刘协正式见到曹操时，后者已经是饱经征战，占据中原腹地的大军阀了。只有几十个人、十几条枪的刘协不敢再将曹操看作是那个宦官的孙子，而是“朝中重臣”了。
当时曹操的幕僚们对曹操说，主公应该迎接困居在洛阳的皇帝，拯救形势危如累卵的朝廷。当然，也有人反对，说为什么要搭理那个只能算作是洛阳县令的倒霉小皇帝？曹操明智地决定，迎接皇帝，挟天子以令诸侯。一个“挟”字，决定了刘协后半生的命运。
刘协的朝廷跟随曹操大军迁都到了许昌。曹操集团以许昌为中心，不断扩大势力范围。作为杰出的政治家、军事家，曹操几乎再造了一个汉朝。他击垮了北方占据冀、青、并、幽四州的袁绍，取下了盘踞东南方向淮南的袁术和割据东边拥有徐州的吕布的头颅，安抚了西方割据关中的韩遂、马腾集团，招降了割据西南方向宛的张绣集团。外圈的辽东的公孙度、幽北的乌桓、河套长城沿线的匈奴都纷纷向曹操低头，向刘协称臣。
毫不夸张地说，曹操几乎是亲手梳理了一遍中原大地，手把手塑造了一个新的王朝的雏形。在晚年，曹操曾下诏明志：“天下若无孤，不知几人称王，几人称帝？”的确，如果没有曹操，不知道会有多少人在刘协生前南向称帝，又有多少人会称王一方。
在许昌的日子是刘协过得最安逸、最稳定的时期。他享受到了作为帝王的一切表面权威。随着曹操大军不断取得胜利，刘协手中的大汉王朝似乎实现了“中兴”。一个新的统一国家眼看就要从乱世的废墟中崛起了。可这不是刘协想要的生活。
刘协也尝试着挣脱“傀儡”的命运，但没有成功。与曹操的其中一次交锋就是名扬后世的“衣带诏”事件。建安四年(199年)，18岁的刘协任命岳父董承为车骑将军，秘密写下衣带诏赐给董承，授意董承联络汉室大臣诸侯，联合铲除曹操。官渡之战前夕，董承联络西凉马腾、左将军刘备，动员自己掌握的军队在许昌宣称受汉献帝“衣带诏”，发动兵变。曹操毅然回兵*董承，平定刘备在徐州叛乱，再次派遣卫觊入关，稳定韩遂、马腾集团。“除曹”行动尚未展开，与谋者董承、吴子兰、种辑等人就被灭三族了。刘协还曾授意自己的另一位岳父伏完筹划地下组织，再次遭到了失败。为此，刘协付出了许多血的代价：他的岳父董承被灭了三族，董承之女董贵妃和腹中胎儿被一并诛杀;贵为皇后的伏氏及两个皇子连同伏氏的家族也成了曹操刀下之鬼……
刘协处理与曹操的关系面临着一个两难困境。一方面，刘协的小朝廷全赖曹操的支持，全靠曹操大军拓展疆土;但另一方面，曹操打下的江山却不再姓刘了。作为能力出众、又一心希望中兴汉室的君主，刘协为什么扮演了一个令人同情的末代皇帝的角色呢？宋元之际的史学家胡三省是这样评价汉献帝的：汉献帝并不是一个昏庸无能之辈，之所以在他手里终结东汉一朝，是因为他只不过是一空头皇帝而已，“威权去已”。
隐隐约约间，一个曹姓王朝的身影开始出现。
