虽然野史小说都说慈禧太后厌恶珍妃，实际上在进宫之初，慈禧是很喜欢珍妃的。珍妃漂亮聪明，慈禧在她身上看到了自己年轻时的影子。慈禧知道她喜欢画画，便令宫廷女画师缪嘉蕙教之，有进贡的稀罕之物，也必赏赐给她一份。但是经过一系列的事情后，慈禧对珍妃逐渐产生了反感，这主要是珍妃叛逆的性格所致。慈禧个性守旧古板，在她看来，珍妃的行为简直是不守妇道。
清朝末年，照相术已经传入中国，却被因循守旧的顽固人物视为“西洋淫巧之物”，甚至有人认为照相能摄去人的魂魄。珍妃对外界事物接触比较多，好奇心强，便托人买来照相机。不仅在景仁宫，还在皇帝居住的养心殿以及其他地方，穿上各式各样的时装、不拘姿势地照相。她穿的服装在当时来说算是比较失体面的，这让慈禧很看不惯，而且那时的慈禧还没有认识到照相机的作用，因此反对在宫中使用。珍妃不顾她的反对，公然在宫中照相，于是惹怒了慈禧。据说珍妃不仅给自己和别人照相，还暗中让一个姓戴的太监在东华门外开设了一个照相馆。此事被慈禧得知后，照相馆被查封，戴姓太监也被杖毙。
此外，珍妃还喜爱女扮男装，穿戴男子的冠服与光绪嬉戏，甚至还穿上皇帝的龙袍。慈禧听闻后大怒，以为不成体统，教训了她一顿，但此时尚无杀她之心。
珍妃真正触怒慈禧的是她的干政。她通过光绪提拔兄长志锐为礼部侍郎，并破格提拔自己的老师文廷式为翰林院侍读学士。清朝晚期，卖官鬻爵已成了公开的秘密，珍妃手头紧张，见慈禧巧立名目、大肆卖官，心中羡慕，也欲效仿之。光绪宠爱她，对她的话唯命是从，结果事情败露。慈禧得知后，厌恶之感顿生，不料珍妃非但不低头认错并且顶撞慈禧，使慈禧更为恼火。再加上备受冷落的皇后在旁哭诉独守空闺之苦，于是慈禧决定严惩珍妃。于是有了珍妃被杖责的事情发生。不仅如此，慈禧还援宫中成例，犯事儿的嫔妃均交皇后严加管束，珍妃被幽闭于宫西二长街百子门内牢院，命太监总管专门严加看守，暂时与光绪隔绝。不过第二年，珍妃就被释放出来，又开始在光绪身边为他排忧解难，对他嘘寒问暖。
光绪二十年(1894)十月二十九日，慈禧太后下发了一道懿旨，以“近来习尚浮华，屡有乞请之事”的罪名将瑾妃、珍妃降为贵人。此后，还连降两道懿旨，一道命皇后严加管理后宫，另一道让瑾妃、珍妃谨言慎行，改过自新。慈禧特地下令将这两道懿旨制作成禁牌，挂在内廷，以儆效尤。慈禧主要打击的是珍妃，瑾妃因为受了妹妹的连累，也被降级。光绪再三求情也无济于事。直到光绪二十一年(1895)十月，慈禧才恢复了珍妃、瑾妃的封号。
珍妃虽然屡遭打击，但是在朝政上，她仍然坚决站在光绪一边，支持光绪变法，她的胞兄志锐和老师文廷式，也是帝党的一员。慈禧于是将珍妃归入怂恿光绪叛逆的人中，对其恶感更甚。
光绪二十四年(1898年)，甲午中日战争，中国惨败。中国在甲午战败之后，民族危机日益严重。光绪帝也想励精图治，振兴国家，并希冀在变法中从慈禧手中夺回实权，做一个名副其实的皇帝。光绪二十四年六月，光绪帝在康有为、梁启超等人的辅佐下推行变法。珍妃对光绪帝的变法活动，给予了一定的支持和帮助。珍妃在政见上是支持光绪帝变法维新的。她在康党和光绪帝之间居中协调，代呈奏议，起到了旁人难以企及的作用。她自幼在广州长大，因而对康有为这个广东人的映像也很好。康有为没有专折奏事之权，他的很多奏章都是珍妃代为传递的。而且，作为光绪所宠爱的一名妃子，珍妃在光绪变法期间在精神上和生活上给予了许多支持和帮助，对光绪的变法活动在客观上也起了推动作用。
但是，这次变法活动遭到了以慈禧为首的顽固势力的竭力反对，帝后两党的斗争异常激烈。后来由于袁世凯的告密，慈禧太后发动政变，幽禁光绪帝，捕杀维新党人，变法运动遭到了顽固派的血腥镇压。珍妃在政变发生后，也被慈禧抓了去遭受廷杖并贬入冷宫。
这次珍妃被囚禁在景祺阁北头一个单独的小院里，名东北三所。东北三所和南三所，都是明朝奶母养老的地方。奶母有了功，老了，不忍打发出去，就在这些地方住，并不荒凉。珍妃被囚禁之前，这个小院原是侍从下人居留的地方，珍妃入住后，正门被牢牢关上，打上内务府的十字封条，人进出走西边的腰子门。这里就是所谓的冷宫。珍妃住在北房三间最西头的一间，屋门从外面倒锁着，吃饭、洗脸等均由下人从一扇活窗中端进递出。
庚子年(1900)7月20日，八国联军即将兵临城下，北京城里一片风声鹤唳。慈禧决定携带光绪等一行人出走西安。慈禧一行离宫出走的日子为7月21日，慈禧沉珍妃在头一天的下午。领班太监崔玉贵、王德环奉慈禧之命提前将珍妃带到乐寿堂的颐和轩。据崔玉贵回忆，珍妃被带到时，身穿淡青色绸子旗袍，头冠则被摘去两边的垂络。慈禧端坐殿中，说洋人马上要打进城来了，外面乱糟糟的，谁也保不定会发生什么事儿，万一落到洋人手上受到侮辱，那就丢尽了皇家的脸，对不起列祖列宗，即明确暗示珍妃自尽。珍妃愣了一下，说：“我明白，不会给祖宗丢人的。”慈禧见珍妃不松口，又说：“你年轻，容易惹事！我们要避一避，带你走不方便。”珍妃据理不让：“您可以避一避，可以留下皇上坐镇京师维持大局。”这话戳到了慈禧挟持天子的痛处，当即恼羞成怒，大声呵斥：“你死到临头，还敢乱说！”珍妃顶撞：“我没有应死的罪！”慈禧说：“不管你有罪没罪，都得给我死。”珍妃说：“我要见皇上一面，皇上没让我死！”言下之意你慈禧说了不算，得皇上下令才行。慈禧嚷道：“皇上救不了你！来人，把她扔到井里去！”崔玉贵、王德环一起连揪带推，将珍妃丢进了贞顺门的井里，珍妃一路挣扎呼叫皇上，最后大声喊道：“皇上，来世再报恩啦！”
她深爱的皇上没能在她最危急的时刻来救她，甚至连最后一面也没能见到。珍妃所以在冷宫里忍辱等了三年，无非是盼望光绪好起来，自己也跟着好起来，“但愿天家千万岁，此身何必恨长门”，只求光绪能好，在冷宫里忍几年也算不了什么！当双方困难时期，彼此隔离，“身无彩凤双飞翼，心有灵犀一点通”。她和光绪的心情，是很容易理解的。但在老太后那样的凶狠压迫下，光绪又怎能好起来呢？
1901年春和议成，八国联军将退，慈禧命崔玉贵回京探听消息，并查看宫内事宜，见珍妃所投之井依然如故，便命内务府将珍妃从井中捞起，装殓入棺，7月24日葬于阜成门外恩济庄内务府太监公墓南面的宫女墓地。1901年11月28日，慈禧、光绪还宫，11月30日即下懿旨：“上年京师之变，仓促之中，珍妃扈从不及，即于宫闱殉难，洵属节烈可嘉，加恩着追赠贵妃，以示褒恤。”慈禧假惺惺地以贞烈殉节掩世人耳口。而且为避舆论，借故将崔玉贵谪贬，弄得好像都是手下太监闯的祸。民国二年(1913)，45岁的隆裕皇后逝世，与光绪合葬景陵。瑾妃此时已升为皇贵妃，因上面已无皇后管着，成了宣统必须尊敬的皇太贵妃，对宫中事务有了相当的决定权，于是趁机将妹妹从宫女墓地迁葬光绪景陵妃嫔园寝。皇家规定，皇帝皇后的墓地称陵寝，嫔妃的墓地称园寝。瑾妃还为珍妃立碑称“恪顺珍贵妃之墓”，总算为妹妹争到了她应有的名分。也许，在今人看来迁葬这种名分毫无意义，人已早死，再要这种名号有啥意思？然而，在当时人的眼里，那可是马虎不得的大事。尤其对宫中嫔妃来说，一辈子争的要的，还不就是一个称谓名分？瑾妃还在珍妃遇害的井旁立了一小小灵堂，供着珍妃的牌位，灵堂上悬挂一额纸匾，上书“精卫通诚”，颂扬珍妃对光绪的一片真情。
珍妃是光绪帝真正倾心爱恋的女人。她的一生，短暂而又凄美，她与光绪帝患难与共的感情，至今仍让人唏嘘不已！
