关于朱元璋疯狂屠杀功臣元勋的心理动因，后世历史学家有不同的解释，最有代表性的解释是，朱元璋看到皇太子懦弱，担心他死后强臣压主，所以事先消除隐患。
这种解释有一则宫廷秩闻可为佐证：有一天皇太子劝说父亲不要杀人太多，朱元璋把一根长满了刺的棍子丢在地上，命皇太子用手拾起来。皇太子一把抓住刺棍，结果给扎破了手掌并连声呼痛。朱元璋说：我事先为你拔除棍上的毒刺，你难道不明白我的苦心吗！就算上面的解释是真实的，也说明被杀的功臣全蒙受不白之冤，“谋反”根本是莫须有的罪名，而在屠杀功臣的同时也助长了司法制度的黑暗。
皇太子懦弱而皇太孙年幼也许是原因之一，但恐怕不是主要的原因。之所以如此，主要是朱元璋的自卑心理在作祟。朱元璋出生于一个极度贫苦的家庭，父母双双死于瘟疫，很小就成了孤儿。他放过牛，当过干粗活的小和尚，天下大乱时又被迫落草为寇，在底层社会受尽欺凌。
因为出身过于卑贱的缘故，朱元璋对上流社会既羡慕又仇恨，既想拼命挤进去又恨不得把上层人士踩在脚下报复蹂躏。他没有机会接受系统的教育，缺少做人的崇高理想和高贵情操，因此不可能把苦难身世演变为改造社会普济天下苍生的动力，相反因为自己没有学问，便对有学问有才能的人嫉妒得发狂。像胡惟庸、李善长、刘基等人，都是运筹帷幄、决胜千里的智囊策士，朱元璋的江山是他们三人智慧的结晶。
在本质上，自卑感过重的领袖跟有才干的部属不能并存，因此他们三人在朱元璋的力量不够强大时还可被委以重任，一旦朱元璋意识到自己没有他们也有足够的安全保障时，他们的生命也就完结了。宋濂也是出身贫寒，身世和朱元璋相近，按理会同病相怜，但宋濂太有学问，朱元璋最终还是容忍不了。
朱元璋对功臣实行灭种式的屠杀后，以为自此国泰民安，没想到他刚刚进入坟墓，他的第四个儿子，分封在北平的燕王朱棣便举兵反叛，开始了宗族血亲间复仇式的自相残杀。因为功臣被屠杀罄尽，中央军没有杰出的统帅，叛军轻而易举地取得了胜利，皇帝朱允炆在首都陷落之时永远失踪了，野史传说他远逃海外做了和尚。
