一直以来很多人认为会认为清朝时候满族跟蒙古人关系特别好，亲如一个民族似的。非也，其实满清一直非常提防着蒙古人的。清朝时政府对内蒙古地区实行特殊管理。一方面以联姻来笼络蒙古各部首领，以宗室女外嫁各部首领及其子、侄。另一方面在政治上实行分而治之的“扎萨克制”，亦即盟旗制度。
何为盟旗制度？
清朝为分化蒙古族，控制其上层贵族而实行的政治制度。天命九年(1624)后金统治者对归附的蒙古部众，按八旗组织原则(见八旗制度)，在其原有社会制度基础上编制旗分，后复以此办法陆续安置归附的蒙古诸部。至乾隆三十六年(1771年)，土尔扈特部蒙古返归中国后，全蒙古部众悉数被纳入盟旗体制。此制自初置至完备，历时一百四十多年。
盟为旗的会盟组织，合数旗而成。每盟设盟长一人、副盟长一人，原由盟内各旗札萨克在会盟时推举，后改由理藩院就盟内各旗札萨克中签请皇帝派人兼摄。喀尔喀蒙古各盟是在部的基础上建立的，所以部长又是盟长。
盟并非一级行政机构，盟长的主要任务是充当三年一次的会盟召集人，履行比丁、练兵、清查钱谷、审理重大刑名案件等职责，但无发兵权，不能直接干涉各旗内部事务，也无权向各旗发布命令，只是对盟内各旗札萨克实行监督，有责任随时告发札萨克的不法或叛逆行为。厄鲁特蒙古各盟则不设盟长，其盟务由该管地区将军或办事大臣直接掌管。
旗是清廷设在蒙古地区的行政、军事单位，也是清朝皇帝赐给旗内各级封建主的世袭领地。旗是经过编织佐领，安置属民，分给牧地，划定旗界，任命札萨克形成的。任命札萨克时，不但要考虑在部内的影响及地位，而且还要考虑对清廷是否忠顺有功。
自古以来蒙古人是非常彪悍的，他们的战斗力远远强于满族，如果他们一旦造起反来，可能就要来一次“蒙军入关”了。清廷当然不傻，为了防止这种事情发生，他们采取的措施就是要极大的限制蒙古族。首先就是不能让蒙古人和汉人往来。要想得汉人天下，首先得跟汉人联合，满清当年可以入关，多多少少也是靠吴三桂。明朝不是败在清军手里，而是败在自己人手里，李自成、张献忠、吴三桂……
那么要怎样隔绝蒙汉之间的往来呢？
比如满清设置了很多关卡，防止蒙古人轻易到中原来，要来的话只能从山海关、喜峰口、古北口等等这几个关口。并且还要登记，当你出关回去的时候又得盘查一到人数，如果发现少了几个人，就会怀疑这几个人是偷渡了。在自己的国家里居然还算偷渡，奇怪！
并且满清政府禁止蒙古人学习和接触汉文化，其目的就是不要让蒙古人对汉文化产生好感，以至于与汉人交流，甚至结合起来。当时清廷给蒙古人做了很多的规定，比如说绝对不能取汉人的名字，公文也绝对不能用汉字，只能用蒙古文或者满文。如果擅用汉字一旦被发现，就得治罪。
另一方面清政府还禁止汉人出关到蒙古的地盘上去经商。即使要去，必须得清政府相关部门发批文，并且限定在规定的时间必须回来。还严格规定，出去的汉人不准跟当地蒙古女子通婚，也不准起蒙古名字。总之所做一切就是要蒙汉隔绝起来，避免联系。清廷怕你们联系多了，就要联合起来对付我。
所以我们可以发现一个事实，清朝三百年，中国各地都在蓬勃向上发展，但是唯有蒙古地区一直很落后，一直处于游牧的状态，生产力还是几百年前的一个老样子，没有得到任何的发展。不让蒙古人学习和接触汉人，禁止他们学习先进的汉文化，先进的生产技术。这人为的让蒙古地区固步自封起来了。
满清统治者还在蒙古地区大力提倡修建各种喇嘛寺。喇嘛寺一多，僧人自然也很多，信教的蒙古人也就很多。大家都被宗教给麻痹了，都当了顺民，这样就有利于清朝政府的统治。而且一方面来说，一个地方太多的人信教，成天的念经诵佛，荒废生产，这样不利于当地的经济发展。
清朝政府还变相的颁布了一个计划生育的政策，一户蒙古人家庭如果有五个儿子，其中就必须要有两三个要出家当和尚。当了和尚自然不能娶妻生子了，以至蒙古地区人口逐渐减少。
一个曾经人口众多，十分强悍的蒙古族，并且一度征服过欧亚大陆的许多国家，在被清政府统治三百年之后，人口一路的下降。清朝初期蒙古地区人口1000万左右，在辛亥革命时期只有100万左右了。这个跟清朝统治者对蒙古地区实施的一系列封闭政策和变相性的节育政策是分不开的。在这点上他们是要负责的。
