同治帝亲政还不到两年，就忽然患了重病，在同治十三年十二月初五(1875年1月12日)驾崩了。死的时候年仅19岁，正是年富力强的时候，同治帝的突然死亡也成为了大清朝无数的谜案之一，为我们后世留下了无数的猜测和疑问。在晚清的皇帝中，同治皇帝的死因一直是史界和一般老百姓津津乐道的话题。根据正史记载是死于天花。但在民间流传甚广的是，同治帝是因微服逛妓院，染上梅毒而死的。
同治死于梅毒的说法通过野史、小说、电影等通俗载体流传于世，似乎是家喻户晓，成为老百姓茶余饭后的谈资。在历史研究者当中，也有人持同治死于梅毒说法的，但更多的研究者认为应根据可靠的档案史料来解开这个疑案。他们通过对清宫档案史料的分析，认定同治确系死于天花而不是梅毒。双方各执一词，同治的死因也就成为中国近代史上解不开的谜。民间传说同治帝是死于了梅毒，而又有传说是死于天花，那同治帝的病情和死因究竟是什么呢？
老百姓之所以怀疑同治帝死于梅毒，也是有原因的。据野史《清宫遗闻》的记载，同治到私娼处，致染梅毒。翁同龢日记云：十一月二十三日，“晤太医李竹轩、庄某于内务府坐处，据云：脉息皆弱而无力，腰间肿处，两孔皆流脓，亦流腥水，而根盘甚大，渐流向背，外溃则口甚大，内溃则不可言，意甚为难。”
二十八日又记：太医云：“腰间溃如椀，其口在边上，揭膏药则汁如箭激，丑刻如此，卯刻复揭，又流半盅。”二十九日再记：见“御医为他揭膏药挤脓，脓已半盅，色白而气腥，漫肿一片，腰以下皆平，色微紫，看上去病已深。”李慈铭日记也记载：“上旋患痈，项腹皆一，皆脓溃。”但他又说：“宫廷隔绝，其事莫能详也。"
但是后来发生了一个变故，直接造成了同治帝的猝死：“十二月初四日午后，皇后阿鲁特氏来东暖阁视疾，当时载淳神志清醒，看见皇后愁眉锁目，泪痕满面，乃细问缘由。这时早有监视太监走报西太后，说皇帝和皇后阁内私语。慈禧急来东暖阁，脱去花盆底高跟鞋，悄悄立在帷幔之后窃听，并示意左右禁声，切勿声张。此时皇后毫无察觉，哭诉备受母后刁难之苦。
皇帝亦亲有感受，劝她暂且忍耐，待病好之后，总会有出头的日子。不料慈禧听到此处正刺所忌，竟勃然大怒，立刻推幔闯入帏内，一把揪住皇后的头发用力猛拖，一大撮头发连同头皮都被拉了下来，又劈面猛击一掌，顿时皇后血流满面，惨不忍睹。慈禧又叫太监传杖，棒打皇后。同治大惊，顿时昏厥，从床上跌落在地，病势加剧，从此昏迷不醒。急传先曾祖入阁请脉，但已牙关紧闭，滴药不进，于次日夜晚死去。”
