慈禧和慈安都是咸丰的妃子，而慈安是皇后，慈禧是太子的母亲。咸丰死后，她们俩都被尊为皇太后。慈禧为西太后，慈安为东太后，她们俩是咸丰的正室与侧室的关系。
一段清末史，留下了“两宫太后”之间诸多的疑案。由于最终清末政坛“女主”慈禧当权，西太后慈禧和正宫太后慈安的关系，便被前者捣成了一潭浑水，使后人难于从中看出真相。在这段其实清晰而被捣成的“浑水”中，后人至少可以得出两个结论：一，忘记这段两宫太后关系史，不论过程是非，只论结果成败，是捣成“浑水”者慈禧的主旨;二，是慈禧，才在这段历史的浑水中摸到了鱼。尤其是，在时人笔记对慈安“长厚”、“温和”的赞美词中，另一拨人透过这种赞美看到了人性的劣根，便是对“摸鱼”者的妒忌。这更使得这段“水”愈发浑浊而“深如海”了。
史笔关于慈禧与正宫慈安的第一次矛盾冲突记载，是“兰贵人”(后来慈禧)入宫得宠之际。有一段时间，咸丰皇帝表现得像《长恨歌》所谓那样：春宵苦短日高起，从此君王不早朝。皇宫“祖宗之法”规定，但凡皇帝每夜“临幸”某妃，都由太监将名册一式二份，一式由内监“敬事房”收录，一式交于正宫皇后。皇帝也难。皇帝不上朝的消息经由太监传到了正宫慈安耳中，慈安便手持“祖训”前往干预。待咸丰皇帝前脚走，慈安便把“兰贵人”唤至皇后行使权力的坤宁宫，命令哭哭啼啼的“兰贵人”下跪，宣示她不守“妇道”。正欲家法从事，人走心在的咸丰皇帝匆匆走了进来，大呼“请皇后免责，兰儿已有娠矣”。慈安听到此言，连忙下座说：“帝胡不早言，吾之杖伊，遵祖制也，受杖堕娠，失祖训矣。皇上春秋虽盛，储宫未备，吾安可守一训，而失列祖列宗之遗意哉？”(引自许指严《十叶野闻》)皇上造人计划，关乎国运千秋大业，朝政此时彼时，何足道哉？
史笔明确记载的“两宫”第二次冲突，发生在光绪六年(1880年)的咸丰皇帝东陵祭祀仪式上。中国人都知道，祭祀仪式都有一定的规矩。在那个时代，尤其对于皇家来说，它几乎超越了“国法”。咸丰皇帝死前，西宫太后慈禧不过是“懿贵妃”，咸丰死后才升为“西太后”。就是说，如果此时咸丰皇帝九泉下有知，他还不认识这个“西太后”呢。祭祀开始，慈安坚持按咸丰帝生前规矩，慈安居前，旁边空位留给先于咸丰帝死去的那位“正后”，而慈禧稍居下位。对此，慈禧据理力争，两宫太后并坐“垂帘”已久，还提这种陈芝麻烂谷子的所谓规矩，是对现实西太后的侮辱，叫她何能“母仪天下”？最终仪式依就了慈禧意愿。史笔记载，这次在皇家祭祀公开场合中的争执，使得西后对正宫东太后尤为“衔恨”。
两宫的第三次争执，要算因刚得宠的李莲英而引起。史述清末李莲英小心谨慎、低调做人、左右逢源，但早期的他并非如此。某日慈安坐轿经过宫中某殿，李莲英正与某小太监玩掼跤比赛。深知“两宫”权力高低的李莲英对东宫慈安的轿子视而不见，仍然挡于道中玩兴正浓。在慈安的呼斥下，李莲英才退于路边跪下，一脸满不在乎的样子。史笔说，慈安欲对李莲英行使“杖责”，竟有后宫中人为其“缓颊”说情。看来，西宫慈禧能力和权力大于正宫慈安，已是后宫之中为人所共知的事实，不是慈安遗留的正宫地位所能决定的。史笔甚至评论，就连恭亲王，也由于知道慈禧与慈安有矛盾，不敢效忠于慈安，而是恭顺于慈禧。可见慈禧当时的霸权人气。气呼呼的慈安改道去见慈禧，说：尽管李莲英有一点才能，也不过是一太监，应受祖训限制，对两宫太后一律敬畏，你怎么可以放任他，让他只知有西宫、不知有东宫？慈禧反诘说：李莲英不过是一个奴才罢了，太后要杖他杀他，就像对待一只猪一只羊，我怎么可以庇护？对他要怎么样就怎么样，何必来责备我？慈禧很会说理。
史笔所载的两宫太后第四次冲突，更具诡秘性，与它连在一起的，是慈安“暴卒”。由于它涉及数千年中国主流文化发展成为的“道德”大是大非问题，历来道仕们宁愿披之以“衣冠”而成为道貌岸然，而掩之以道祖所言“食色性也”，它掩盖了真本人性而成为“伪道”。处于主流道德说教下的慈禧，也不能不对她27岁开始寡居的人性欲望讳莫如深。这种讳莫如深，只在语言上而非在具体行动上——这是分裂式的行为按本性而语言按“道德”的历史现象。
史册记载清楚，慈安暴死那年1881年，慈禧正生了一场持续很长一段时日的大病。当“暴死”这个消息刚传出，清廷军机处和总理衙门的那些官宦们还以为慈禧死了呢。原来，慈禧在生病之际，“垂帘听政”便由慈安一人独当。慈安见识自在慈禧之下，凡对主政的恭亲王有不放心的疑难问题，慈安便“就商”于病榻之上的慈禧。某日清早，慈安又带着这种疑难问题去请教慈禧。由于时间尚早，外间太监未及通报，慈安进入，摇手示意宫女不要声张。及至慈安踏入正殿，便闻到一股血腥味，步入寝室，只见慈禧横卧榻上，边上有一男子正为她抚背捶腰。
关于这次慈禧生病，由于“正史”无确切记载，史述有很多争议，有说正常生病，有说小产。至于“小产”的作俑者，史述也有争议，有说戏子伶人，有说清末重臣荣禄。这些各自言之凿凿的“公婆说理”，使这种本来符合真性情、薄如窗纸的史实，成为了“浑水”，成为了“深如海”。不过，那位八国联军后进入皇宫、受过西式教育而思想比较开明、深得慈禧太后宠爱的“德龄公主”，从晚年慈禧对荣禄的情感不经意表露中，得出了一个结论：她比较倾信于那个男子是荣禄(有近代史学者从荣禄的升迁中寻找蛛丝马迹)。当然，有感情和实际行为可能不在同一人，也难说。
史传就在这次慈安发现之际，慈禧向正宫娘娘大谈数十年姊妹情，大谈两人做女人难、做寡居女人更难、做寡居皇太后难上加难的苦难历程，说得慈安眼泪稀里哗啦，把咸丰帝临终那份处置“懿贵妃”的手书出示给了“知错能改”的慈禧。
慈禧一生善于制造悬念与悬案，她自己病重而别人“暴卒”的相似一幕还出现在她临终。1908年11月，清廷官宦只知太后患重病，忽然传出光绪帝死亡，使人疑窦丛生。“先传太后危笃，初未闻帝病加剧，乃帝先崩，疑传纷起”(金梁《光宣小传》)。现代科技手段揭示，光绪死于砒霜中毒。
