一去就是整整一年零四个月，待到1938年他回到中枢，重新出掌政务处长，依然我行我素。包括老好人翁文灏在内，经常会遭到蒋廷黻的责难。朋友们只能连连摇头：“廷黻的湖南脾气又发作了！”然而等待蒋廷黻的，是一次又一次的失望。
蒋廷黻发现一般人普遍抱怨征兵。经过调查，蒋认为现行的征兵制度存在极大的弊端，虽然乡村损失了100名生产者，但是平均能到前线的士兵最多只有25名，大部分人都利用机会从营房或行军途中逃亡。然而当蒋廷黻去询问负责兵役的主管时，得到的解释却是另一番粉饰太平的说法。于是回到重庆后，蒋主张把征兵的数目减少一半，将薪饷增加一倍，以加强军队战斗力。然而他的一片苦心从军政部长何应钦那里换来的答复却是：“蒋廷黻神经不正常！”
薛岳在湖南任省主席的时候，时常怂恿部下在省内大肆搜刮，挪用公款。蒋廷黻在湖南省考察报告中，曾指出省府用于公共卫生方面的钱还不到预算的百分之一。薛岳立即拍电报予以还击，谴责蒋廷黻歪曲事实。声言自己已在七月份增加了25万元的公共卫生经费，证明自己对人民福利的重视。蒋廷黻向蒋介石说明实情：自己提交的报告是根据五月份的情况编拟的，即使薛岳增拨款项，其数目对于湖南百姓的保健而言，仍是杯水车薪，无济于事的。蒋介石却出于息事宁人的打算，笑着对蒋廷黻说：“你该知道，你们的报告正在发生效果中。”
珍珠港事件后，翁文灏请求特别拨款7000万元在重庆建设一座新炼钢厂，蒋廷黻表示赞成。为了确定计划的可行性，蒋廷黻特意拜访俞大维将军，经过俞的解释，才明白由于工人和燃料所限，实无再开设新厂的必要。于是在行政院辩论此提案时，蒋廷黻主张放弃该计划。然而，财政部长孔祥熙却要充当和事佬，采用中国传统社会里那套惯用手法，先对翁文灏的忠于职守大加赞赏，接着又说明财政部的困难。然后，转过来又夸了蒋廷黻几句，如同拉架劝和一般。最后孔做出一个几乎令蒋廷黻气炸肺的决定：“因为你们一方要拨七千万，另一方认为一分钱都不能拨，我不偏袒你们任何一方。我决定拨四千万。”
蒋介石
对此决定，蒋廷黻于后来的《回忆录》中发出了这样的慨叹：
对大多数类似的事，孔先生的决定是聪明的。但对我说，我却希望他：要干就拨给翁七千万，要不干就采纳我的意见一文不拨。因为七千万还可以生产一些钢材，四千万就等于白白浪费。抗战时期中国的妥协精神往往就导致上述的结果。实际上，这都是因为中国人缺乏在一个时期内集中力量从事一件事的习性所造成的结果。虽然人们口头上叫“军事第一”，但他们心里却想从事许多与战争毫无关系的事。
我们常听说委员长喜欢那些唯唯诺诺的人。我知道：委员长左右的人，的确有些本身根本就没有定见，有些即使有，又深恐委员长对某事事先已经有了腹案，一旦自己的意见说出来不合于委员长的腹案，岂不尴尬？因此干脆就不发表意见。
这些官僚们都是在官场这个“江湖”中摸爬滚打多年的老手，而对蒋廷黻这头嫩犊子，当面打着“太极拳”，背后便露出“黑砂掌”，极力挤对他。而生性天真耿直的蒋还抱着公事公办、无愧于心的信念横冲直撞。殊不知，他所面对的官僚集团，是十个、一百个甚至一千个蒋廷黻们也无法扳倒的！
当然，蒋廷黻也有偶露峥嵘的时候。1942年的一天，政府高层在蒋介石府邸共同讨论印度问题。当时的观点分为两派，一派主张谴责英国帝国主义，声援印度，而另一派认为帮助印度的做法代价太大，得不偿失，双方互不相让，一时间搞得房间内的气氛异常紧张。蒋廷黻此时要求发言，得到蒋介石允许后，他说：“首先我请全体出席人注意一个事实：尽管大家说了很多，但没有一个人提出可行的办法。我认为我们实际能够做到的，才是真正能够帮助印度的。我们仅仅能充当一个中间人。要充当中间人，中国就不能得罪英印任何一方。任何谴责都或多或少的对于居间调停有损害。我建议宣传部应该让报界自由讨论，但要请他们注意：尽量避免趋于极端。”听过蒋的此番主张，有些人认为蒋廷黻是重庆政界最大的傻瓜。最后蒋介石综合各方议论，说：“我们照廷黻的意见做。”事后证明，国际反响尚可。不过，在更多的时候，蒋的主张往往不管对错，都成为众矢之的，遭受到众人围攻，每每胎死腹中。
十余年京官生涯，蒋廷黻究竟开罪了多少官僚政客？没有人能够知晓，因为实在是多得数不过来。1946年10月，蒋廷黻被迫辞去善后救济总署署长职务的原因即在此。应行政当局之要求，蒋提出辞呈，并于10月5日偕同新署长举行交替仪式。蒋廷黻曾致简短之别辞：
今日举行仪式之主要目的，乃在使各位有机会与新署长见面，而在新署长未致词之前，本人愿略致数言，藉表寸心。年来总署及各分署同仁均曾为行总工作之推行而尽最大之努力，并有不少牺牲，余谨此致谢。行总乃一规模宏大之服务机构，故参加行总工作者必以服务精神为本旨，深盼各位去除党派政见之偏见，而继续为人类服务，若新署长欢迎各位继续参加行总工作，则余深盼各位仍本服务精神，安心工作。李副署长曾与余共同计划行总之工作，今渠既受政府任命，自应继续行总之工作。以余个人而言，政府曾赐予以一为人类服务之机会，今日各位既有为人类服务之机，自应不断努力，新署长工作经验较余为多，对行总工作自可胜任，而其成绩定较余为良好。
