秦始皇建政，视天下为刍狗，荒淫暴虐，民不聊生。特别是“焚书”事件，引起了读书人的强烈不满。有两个儒生，一个姓侯，一个姓卢，《史记》称之为侯生、卢生。这两个人私下议论说：“始皇为人，天性刚戾自用，灭诸侯，并天下，意得欲从，于是便自以为自古以来的圣贤谁也比不上他。他高高在上，听不到批评之声，日益骄横;官员们为了讨好他，只能战战兢兢地说谎欺瞒。法律规定，方士之术不灵就要被处死。如今方士三百人，都是因为畏惧而献谀，谁也不敢指出始皇之过，天下之事无论大小皆取决于皇帝，他竟以秤来称量大臣们的上疏，大臣们呈上的疏奏(竹简)每天不足一百二十斤，谁也不能休息。像这样贪揽权势的人，我们不能为他求长生不死之药。”于是，二人相约而逃。
秦始皇听说侯生和卢生逃跑了，勃然大怒，说：“我对待卢生这些人不薄，赏赐甚厚，而他们居然在背后诽谤我，说我缺德。我曾派人去问这些在咸阳的儒生，有人告诉我，他们中有人妖言惑众，扰乱老百姓的思想。”于是，始皇命有关部门逮捕了一些散布“妖言”的读书人。这些人在严刑拷打之下，互相检举揭发，共“咬”出了四百六十多个诽谤过秦始皇的儒生。秦始皇一声令下，这四百六十多个儒生遂被活埋于咸阳。这就是发生于公元前212年的“坑儒”事件。侯生与卢生本是受秦始皇之命寻仙求药的方术之士，还不能算是纯粹的儒生。他们的逃跑，可能是怕自己找不到仙药被追究，而他们评论秦始皇的话，却无不中的。嬴政由他二人的逃跑，而迁怒于咸阳的读书人，竟一口气活埋了四百六十多人。
关于坑儒之事还有一说：由于秦始皇把文字统一为大篆和隶字，“国人多诽谤怨恨”，秦始皇怕天下不从，于是广召儒士书生到咸阳，共召到七百余人，全拜之为郎官。然后，秦始皇密令亲信在骊山硎谷的温暖向阳之处种瓜，等瓜成熟后，正值冬天，乃使人上奏：“骊山竟然冬天长出瓜来了！”秦始皇令诸生前去察看，诸生到谷中之后，正在辩论不已，忽然上面土石俱下，遂皆被压死。骊山硎谷后来又叫“坑儒谷”，在汉代，这里叫“愍儒乡”。有人考证，坑儒谷在今陕西省临潼西南部五里处，是一个狭长幽深的山谷，实地很符合这个记载。
也有人认为，秦始皇骊山坑儒一事，其实就是咸阳坑儒的误记。因为“骊山坑儒”说仅见于东汉初年卫宏作的《诏定古文尚书序》，而且也没有注明出处。其余古籍，均无此记载。但是，卫宏是汉光武帝时的著名学者，是治学严谨的史学家、训诂学家。他在这篇序言中披露此事，以他的治学态度，应该不是信口开河。况且，《史记》记载的秦始皇咸阳坑儒与卫宏所记骊山坑儒在地点、人数、坑埋方式上都不同。如此说来，秦始皇之坑儒，至少有两次。
至于“坑儒”一词，则出现在西汉初年的典籍中，此时距秦始皇死后已经一百多年。
西汉始元六年(前81年)，桑弘羊在著名的盐铁会议上舌战群儒，道：“诸生阘茸无行，多言而不用，情貌不相副。若穿逾之盗，自古而患之。是孔丘斥逐于鲁君，曾不用于世也。何者？以其首摄多端，迂时而不要也。故秦王燔去其术而不行，坑之渭中而不用。”在桑弘羊的眼里，儒生们只知夸夸其谈而不切实际，表里不一，就像那些鸡鸣狗盗之徒一样，自古以来就是祸害。因此鲁国国君将孔丘驱逐，弃之不用，就因为他首鼠两端，貌似圆滑其实迂腐，并没有切合实际的主张。所以秦始皇才烧掉儒生们的著作而使其言论不得传播，宁愿将他们活埋也不任用。
之后，刘向在《战国策序录》中明确说明秦始皇“坑杀儒士”。出现于魏晋时期的伪《古文尚书》有篇“孔安国序”，序中说：“及秦始皇，灭先代典籍，焚书坑儒，天下学士，逃难解散。”这大概是“焚书坑儒”一词的最早出处。正因为“坑儒”一说最早出现在西汉时期，所以许多人便替秦始皇翻案。如章太炎、顾颉刚等人，认为秦始皇并没有坑过儒，他坑的其实是“方士”。
司马迁在《史记·儒林列传》中的确说秦始皇“焚诗书，坑术士”，而且还透露诽谤秦始皇的侯生与卢生并非儒士，而是两个专门替秦始皇寻找长生不老药的“方士”。况且，“坑儒”是秦始皇去世一百多后才出现的说法，于是有人说“坑儒”应是西汉文人出于对秦始皇暴政的愤怒而强加给他的不实之词。但是，那些给秦始皇翻案的人忽略了《史记·儒林列传》的一个细节。秦始皇“焚书坑儒”之后，其长子扶苏谏道：“天下初定，远方黔首未集，诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安。唯上察之。”他的意思是说，如今天下初定，远方的人民未必心服。这些儒生都是学习孔子的，陛下这么严厉地惩罚他们，我怕天下百姓因此而恐惧不安。此时的秦始皇根本听不进逆耳之言，闻谏大怒，把扶苏赶出咸阳，让他到北方蒙恬的军中做监军。此举，导致了后来的沙丘之变。
司马迁在详细记载秦始皇咸阳坑儒一事时，只是笼统地说是“诸生”，并未明确说明坑的都是儒生。扶苏在进谏时，把“诸生”的意思给解释明白了：“诸生皆诵法孔子。”也就是说，“诸生”是儒家代表人物孔子的徒子徒孙，是孔门弟子，指的就是儒生。
当然，因为秦始皇喜鬼神之事，派人到处求仙药，于是有一些儒生便投其所好，摇身一变成为方术之士，借此博取荣华富贵。秦始皇坑掉的“诸生”中，很可能包括许多方士化的儒生，所以司马迁才说秦始皇“焚诗书，坑术士”。不管怎么说，当时的方术之士大多数也是些读书人，可算是准儒生。由“诸生皆诵法孔子”可知，秦始皇所坑掉的“诸生”中，固然有一部分术士，但大多数是“诵法孔子”的儒生。说秦始皇“焚书坑儒”，并没有冤枉他。
如果说秦始皇坑杀的都是些装神弄鬼、招摇撞骗的方术之士，这个事件对儒生们的打击可能不会那么沉重，所造成的社会影响恐怕也不会那么恶劣。事实是，“焚书坑儒”事件之后，儒生们纷纷站到了秦始皇的对立面，有的甚至公开参加了反秦起义军。司马迁在《史记·儒林列传》中说得很明白：“及至秦之季世，焚诗书，坑术士，六艺从此缺焉。陈涉之王也，而鲁诸儒持孔氏之礼器往归陈王。于是孔甲为陈涉博士，卒与涉俱死。陈涉起匹夫，驱瓦合適戍，旬月以王楚，不满半岁竟灭亡，其事至微浅，然而缙绅先生之徒负孔子礼器往委质为臣者，何也？以秦焚其业，积怨而发愤于陈王也。”
在司马迁看来，秦始皇焚书坑儒，对当时人们研究“六艺”是个致命打击。陈胜起义之时，山东一带的儒生毅然参加了陈胜的义军，孔子的八代孙孔鲋(字甲)就做了陈胜的博士，后来与陈胜一起遇难。陈胜虽不过是一介民工，但在这些儒生的帮助下，不出旬月便建立了自己的政权。儒生们之所以不顾君臣大义纷纷跟随陈胜造反，就是因为秦始皇的文化专制主义政策剥夺了他们进行学术研究的权利，使他们无以为生，忍无可忍，终于追随陈胜走上了武装反抗秦朝暴政的道路。秦始皇焚书坑儒，以为这样一来可以愚天下黎民，保万世江山。不料“坑灰未冷山东乱”，距秦始皇坑儒仅四年，秦始皇梦想要“传至万世”的基业便土崩瓦解了。
