有人认为是起义军进入北京后军心涣散，军纪败坏，导致了他们的溃败。但是，李自成起义军能够迅速扩大，并且能得到百姓拥护的根本原因是其军纪严明，早在起义之初，他就提出了“剿兵安民”的口号。并且提出“杀一人者如杀我父，淫一女者如淫我母”，严肃军纪，并且下令“三年不征，一民不杀”。
大顺军在入京之初，便迅速地稳定了局势，恢复了北京居民的正常生活秩序。赵士锦在大顺军进城时是明工部官员，他根据亲眼目睹记载说，大顺军进城之后，鉴于官军停止了抵抗，立即就“不杀人了”。义军战士“俱白帽青衣，御甲负箭，衔枚贯走。”百姓“有行走者，避于道旁，亦不相诘”，丝毫不加侵犯。为了防止敌对活动，义军“添设门兵，禁人出入;放马兵入城，街坊衚衕无不至者，但不抄掠。”在数以万计的入城大军中，个别违反纪律的现象自所难免，但一当发现违纪事件时，能秉公执法，迅速处理。
赵士锦就记载说：“贼初入城，有兵二人抢前门铺中绸缎，即磔杀之，以手足钉于前门左栅栏上，予目击之。”当时在北京充当明给事中涂必泓记室的徐应芬(署名聋道人)，在其着作中虽然提到个别义军战士有贪图便宜暗中窃取银钱的现象，但他仍然不得不承认：“至淫、夺、斩、杀之事，则犹未见也。
由于大顺军在加强对京师的控制的同时，又注意约束军纪，因此，当时北京的社会秩序是良好的。当然，李自成起义军的高层的确存在着腐化堕落的现象，但部队的战斗力大多由普通士兵决定，我们也很难说是高层的腐化导致全军的溃败。是因为李自成起义军的军饷得不到保障，而军心不稳吗？李自成大军在北京通过肃贪追赃搞到了七千万两银子，相当于明朝的十年税收，这笔军饷足可支撑他庞大的军队。
既然不是军纪涣散导致的溃败，那么是什么原因导致了号称百万雄兵，又有着雄厚财力保障的起义军在进京40天后突然间失去了战斗力―在清军的攻击下一触即溃，兵败如山倒，而且从此一蹶不振？仔细的研究历史，或许我们能得出一个惊人的结论，原来李自成并非败于满清和吴三桂，而是败于当时肆虐横行的鼠疫！鼠疫是鼠疫杆菌借鼠蚤传播为主的烈性传染病系广泛流行于野生啮齿动物间的一种自然疫源性疾病，也叫做黑死病。临床上表现为发热、严重毒血症症状淋巴结肿大、肺炎、出血倾向等。本病远在2000年前即有记载。世界上曾发生三次大流行，第一次发生在公元6世纪，从地中海地区传入欧洲，死亡近1亿人;第二次发生在14世纪，波及欧、亚、非;第三次是18世纪，传播32个国家。14世纪大流行时波及我国。
按照北京周边的大兴县志记载，李自成进京前，北京出现了大量死耗子，随后军民发病，高烧、四肢无力、脖子肿大，而且患病者十死七八。这是什么病？按现代医学对照病症一看，这原来是可怕的鼠疫，大头瘟或疙疽所描述的其实就是腺鼠疫的典型特征———淋巴肿大。鼠疫于崇祯16年秋出现，17年(公元1644年)春天，天气转暖，跳蚤、老鼠开始趋向活跃，大规模的鼠疫自然爆发，鼠疫先“消灭”了崇祯的御林军，让李自成轻松进京。然后，鼠疫又感染了进入北京城的李自成大军，起义军自然战斗力大减，当然打不过清兵。最可怕的是，败兵因此成了鼠疫传染源，据文献记载“贼过处皆大疫”。
因此李自成虽然此时财雄天下，可以大规模招兵买马，但新兵入伍即染鼠疫失去战斗力，兵力再多也没用，始终无法抵挡满清的虎狼之师。由于军人是集体生活，所以鼠疫流行对古代军人的打击是毁灭性的。鼠疫蔓延军营，且长时间无法摆脱，李自成的精神遭受毁灭性打击，因此痛失江山并一蹶不振，“无可奈何花落去”。以当时的科技水平，无论是崇祯或是李自成都不可能了解这种可怕传染病，都不知道自己的精锐部队已经在短时间内失去了战斗力。他们的失败不可避免。
也许有人会问，清军就不会被鼠疫传染吗？科学研究发现，鼠疫传播过程有一个必不可少的传播中介—跳蚤。由跳蚤吸咬病鼠或病人的血后，跳蚤被鼠疫杆菌感染而发病。发病的跳蚤吸血困难而十分饥饿。病跳蚤因而不断叮咬人、鼠并反吐被鼠疫杆菌污染的血。导致更多人、鼠被感染鼠疫。但是，奇怪的是，跳蚤有一个奇怪的习性———它讨厌马的味道。我们在现代传染病研究的文献中可以发现鼠蚤的寄生对象没有马。所以骑兵很少会被传染。而清军八旗兵几乎全是骑兵。所以清兵能够在鼠疫流行中幸存，以饱满精神攻击对手。翻看历史，精明能干的努尔哈赤不能战胜不大过问政事的万历皇帝灭掉明朝，而明显才干不高的顺治却能取代励精图治的崇祯与豪情万丈的李自成入主中原，仅仅因满蒙骑兵遭跳蚤讨厌！真正令人拍案惊奇！
