在中国的版图上，新疆是面积最大的一个省，自从张骞通西域开始，西域就一直都是被纳入中国版图之中。从清朝末年开始，边疆危机，各国列强入侵，新疆并不稳定。
谈到清末那段风雨飘摇的历史，无论如何都绕不过左宗棠这个名字。他是中兴四臣之一，说到他做出的最大的功绩，那无疑就是从沙俄的手里收复了祖国的失地。他被朝廷任命为钦差大臣后，收复失地的重担就落在了他的身上，于是他就马上根据当地实际的地理条件和对敌人手中兵力的估计，制定出了适宜在当地作战的战略方针。
两年多的时间里，这位朝廷的得力干将四处筹集军饷，整顿军队。自内而外将军队大改造，完成了战前的准备。
光绪四年（1876年）春，他将自己的大本营从兰州迁到了肃州准备发起进攻。当时清军的一部分兵力已经部署在了哈密、古城等战略要地，和敌军抗衡。到了四月底的时候，湘军统领刘锦棠率二十五支部队分批次进入新疆，从哈密前往巴里坤方向进军。到了这个时候，清朝出关的军队已经有六七万人了。接下来清军就把眼光放在了乌鲁木齐这个交通要冲。
敌人得知清军西进的消息之后也不敢有丝毫懈怠，马上开始布置自己的防御。将一部分兵力布控在了乌鲁木齐，阻止清军南下。敌军首领阿古柏本人和主力在后方督战，他们出动的兵力也在四万人左右。七月，刘带领军队进驻古城，谋攻古牧地。一直到八月十七日，清军最终得以攻占，歼灭敌军六千余人。
清军通过密报得知乌鲁木齐“那块肥肉”的守备空虚，所以决定只留两营兵力守在刚刚占领的古牧地，其余兵力迅速向敌人的软肋挺进。八月十八日黎明，清军就立刻出兵，守卫在乌鲁木齐的敌军更是没想到清军的行动竟然如此神速，所以压根来不及反应就被大炮轰开了城门，他们即刻弃城而逃。
接下来呼图壁、昌吉等地的守军也闻风而逃，清军得以迅速占领，只有玛纳斯南城还在负隅顽抗。九月初开始清军开始不断集结，一直到十一月初，发动猛攻之后终于将这座城池占领。至此，北疆地区除伊犁之外的所有敌占据点都被收复。然而冬天已经来临，大学封山，不利于大规模的军事行动，清军决定暂时修整，等到春天再向南疆出兵。
收复南疆的部署，左宗棠也早已拟定妥当。刘锦棠，张曜，徐占彪各领一队兵马进攻达坂，吐鲁番，托克逊三城，先将南疆的整个门户打开，然后再西进。
一八七七年四月，清军经过几个月的修整，开始向南疆进军。刘率主力一万余人装备着大炮从乌鲁木齐南下，一路杀到达坂城下。将整座城池围得水泄不通，清军打退敌人的增援之敌后在城外垒筑了炮台，使用开花大炮进攻城中，而且还击中了敌人的弹药库，敌军死伤大半。残余的敌军最后只能在清军的强大攻势下投降献城，这一战共歼灭敌人两千有余，俘虏一千多人。
与此同时张曜和徐占彪所率部队也进攻迅速，逐步向吐鲁番逼近。四月二十六日，刘率军攻克托克逊。随后张、徐二人也收复了吐鲁番。至此，三路军队正式集结到了一起，当地人民也纷纷起义，响应清军。阿古柏见自己大势已去，在逃亡路上自杀身亡。其子在喀什噶尔称王，负隅顽抗。
一八七七年九月，清军继续收复南疆八城。清军以破竹之势收复库车、拜城、阿克苏等地。清军在一个月之内驱驰一千公里，连续攻克南疆许多据点。十二月，刘锦棠又收复了英吉沙尔，叶尔羌等地。一八七八年一月，清军又收复了和阗。至此，新疆全境除伊犁地区外，全部被清军收复。一八八一年，中俄通过谈判，收复了这最后一块领土。
这场战争之所以能够取得胜利，不仅仅是战争本身的正义性，作为总指挥的左宗棠这位大将在军事上的正确引导也有很大的作用。他根据西北战场拟定的总方针准确无误，而且保证了粮饷，武器弹药的供应不出大问题，不打无准备之战。
其次是作战指挥机动灵活，左宗棠坐镇后方，掌握大局。将前方的战局交给了刘锦棠，让他可以在前方抓住有利战局，及时攻克失地。敌人一时之间也难以组建起真正坚固的防卫。加上他们对对手的战斗力估计不足，没有事先在战略要地部署足够的兵力，所以一直处在被动的地位。这就难以避免最终被打败的惨剧。
左宗棠收复新疆意义重大，这场战争彻底粉碎了英俄企图利用阿古柏肢解和侵吞中国西北领土的阴谋。沙俄迫于阿古柏侵略势力已彻底失败、左宗棠正积极部署进军伊犁的形势，同意与清政府举行谈判。之后在经过长期反复的交涉后，于一八八一年签订《中俄伊犁条约》。
至此，中国收回了伊犁和特克斯河上游两岸领土（霍尔果斯河以西地区和北面的斋桑湖以东地区却被沙俄强行割去，康熙年间，新疆面积是现在166万平方公里的前提上加120平方公里，也就是接近300万平方公里，清朝末年割地150万平方公里），从而使新疆各族人民免遭殖民统治，重回祖国怀抱。
现在的新疆面积占全国面积的六分之一，也是我国面积最大的一个省区。
