但凡在朱祐简介中，都和另一个重要人物是分不开的，这个人就是东汉的第一位皇帝，光武帝刘秀。因为朱祐和刘秀、刘演兄弟自幼相识，而且还一起在长安念过书，在新朝农民军四起的年代，刘秀、刘演兄弟在舂陵起兵，朱祐便成为了刘演的护军。后刘演被更始帝杀害，朱祐孤身一人去向刘秀报信，并一直在刘秀军中效力。
更始元年，朱祐和刘秀一起征讨河北地区，他们先后击破盘踞在河北的王朗和数十支农民军，朱祐战功显赫。在扫平河北后，刘秀称帝，封朱祐为建义大将军。
同年七月，朱祐和刘植、坚镡、岑彭等人一起参与围攻洛阳的战役。这一场战役至关重要，对东汉势力定鼎中原起着决定性的意义，同时镇守洛阳的是参与杀害刘演的朱鲔。在朱祐等人的拼死力战之下，朱鲔投降。刘秀便定都在洛阳，朱祐被封为堵阳侯。
第二年，朱祐和王梁、贾复等人与五校农民军与檀乡农民军战于漳水，斩杀十余万人。之后又在羛阳之战中，迫降了五万五校军。
建武二年十一月，董訢、邓奉叛乱，朱祐奉刘秀之命前去平定，结果在和邓奉的交战中失败被俘。但邓奉没有杀朱祐，反而被朱祐劝降。
建武三年，汉军和黎王秦丰交战。汉军一路进展顺利，却在秦丰的都城黎丘城下久攻不下。刘秀十分愤怒，让朱祐在城破之后诛杀秦丰及其三族。朱祐经过两年时间的围城，终于迫使秦丰投降，但朱祐没有杀死秦丰，只将他押往洛阳听候处理。
建武九年，朱祐奉命讨伐依附匈奴的卢芳，但由于卢芳受到了匈奴的支援，因此朱祐被击退，他和王霸等人退兵常山郡的南行唐一带，组建防线，阻挡匈奴势力的南下。
建武十五年，朱祐主动刺去官职，赋闲在家，于十年后去世。
朱祐的故事
朱祐和汉光武帝刘秀是从小一起玩到大的好朋友，因此朱祐的故事，也大多和刘秀有关。
有一次，朱祐和刘秀一起在长安求学，不料刘秀得了重病，需要买蜂蜜入药。但当时的刘秀身上没钱，买不起蜂蜜。朱祐得到这个消息后，立即从自己的口袋里掏出钱，为刘秀买了蜂蜜。这件事刘秀一直记在心里，他在洛阳称帝后，就赏赐给朱祐一石白蜜，并对他说：“这些蜂蜜，和我们一起在长安时买的那些蜂蜜比起来怎么样？”由此可见，刘秀和朱祐的关系，亲密到如同兄弟一般。
还有一次，也是发生在刘秀和朱祐一起求学长安的时候。刘秀去找朱祐，等了朱祐很长时间，终于等到了他。但朱祐所做的第一件事，竟然不是去招待刘秀，而是先去经堂听课。后来刘秀成为了皇帝，去到朱祐家里。这一次，朱祐不敢怠慢，赶紧出门去迎接刘秀。刘秀看见他，笑着说“这一次，主人该不会又丢下我一个人去听课了吧？”
刘秀成为皇帝以后，和将领们的关系唯独和朱祐最好。而朱祐又直言敢谏，敢说别人不敢说的话。在刘秀刚出河北的时候，在行军的路上，朱祐大骂更始帝，劝刘秀自立。刘秀怕人多而杂，十分生气，假装拿起剑要杀朱祐。在刘秀击破王朗之后，朱祐再次劝他自立，刘秀又假装生气，要把朱祐收监。虽然每一次朱祐劝刘秀自立，都会引得刘秀对他训斥一番，但两人的关系却越来越好。从这个朱祐的故事中可以看出，刘秀把朱祐当成自己的兄弟一样看待。
朱祐的评价
自古以来，一直都将“二十五史”作为中国历史的官方资料和权威信息，因此对于朱祐的评价，我们也应该先来看看范晔在《后汉书》中怎么说。
范晔首先说，朱祐“质直，尚儒学”。这句话已经透露出两个信息，说明朱祐生性耿直，而且对儒学有一定的研究。但是朱祐并非一个迂腐的文士，他除了在文化造诣上颇有成就之外，对于带兵打仗，也很有一套。因此范晔又提到了朱祐带兵打仗的事情，他除了能打胜仗，最主要的一点，就是他宅心仁厚，所以他“将兵率众，多受降”。他打的胜仗，斩下的敌人首级很少，大多是逼降敌人。评价朱祐说宅心仁厚，也是有依据的。当刘秀和黎王秦丰交战时，汉军已经把黎王围困在黎丘。刘秀亲自去城下招降秦丰，不想被秦丰骂了一通。因此刘秀心里十分不爽，对朱祐说，攻下黎丘之后，一定要杀死秦丰，并诛灭其三族。朱祐在围城两年后，终于攻下黎丘。但是他并没有杀死秦丰，而是把他押往洛阳，让刘秀发落。有人因此弹劾朱祐，但刘秀觉得朱祐此举是大仁大义的行为，因此也没有责怪他。
《后汉书》同时对朱祐的评价说“禁制士卒不得虏掠百姓，军人乐放纵，多以此怨之”。这一点，同样和朱祐的儒雅仁厚有关。他禁止士兵抢掠百姓，但士兵们都喜欢放纵，因此经常埋怨他。由此可见，在士兵之中，朱祐的评价并不高。
《国榷》的作者谈迁对朱祐评价说，朱佑、刘隆、刘植等人，有的立有汗马功劳，有的运筹帷幄，但无论如何，他们都可以被称为名将，是东汉复兴战争中的中流砥柱。
