天京 陷落与败亡
1864年6月1日，洪秀全病逝，幼天王洪天贵福继位。7月19日 天 京失守，随后清军屠城。李秀成、洪仁玕护送幼天王突围。李秀成让好马给幼主，混乱中与幼主失散，于同月22日在 南 京城外方山被俘，亲书供状数万字后（《李秀成自述》），于8月7日被曾国藩处死。
1864年7月29日，突围至广德的幼天王洪天贵福被湖州太平军守将黄文金迎入，临时驻跸。8月28日黄文金、洪仁玕主动弃城突围。9月5日护送幼天王走宁国，遭敌截击，转走浙江昌化途中黄文金因伤而死。10月江西石城一役，全军覆没。幼天王洪天贵福在江西石城荒山山洞被搜俘，11月18日在南昌被凌迟处死。
余部战斗
长江以南的太平军余部，由侍王李世贤部自江西挺进福建，攻占漳州，经营闽南，1865年4月失利。谭体元部队向广东方向突围，在1866年初于广东梅县被肃清。
江北的太平军赖文光部投入捻军，继续对抗清军直至1868年。东捻军于1868年1月5日在扬州东北瓦窑铺覆灭，西捻军于同年8月16日在山东茌平徒骇河被李鸿章淮军消灭。最后一支留下太平天国年号的残余捻军袁大魁部，于1869年在陕北保安被左宗棠消灭。
1872年4月，石达开余部李文彩部在贵州大塘覆灭，这是最后一支可以查证的使用太平天国旗号的武装，理论上是最后一支太平军。不少学者认为，应以李文彩部的覆灭作为太平天国运动的结束标志。
1874年在太平天国灭亡十年后，隐匿多年的后期主要将领杨辅清在闽谋划复兴太平天国。被马融和所察，在晋江被捕，押解福州被闽浙总督李鹤年下令凌迟处死。
