汉武帝征和二年(公无前91年)，六十七岁的汉武帝己经到了风烛残年的生命晚期。这位曾经以雄才大略，开疆拓土，好大喜功着称的皇帝，老时便和其他君王一样，为求长生不死而迷恋方术。当疾病向他袭来的时候，他又担心自己会因病而死，甚至怀疑自己的疾病是因为有人用巫蛊之术诅咒他而引起的。
所谓“巫蛊”，就是用桐木刻成仇人模样，插铁针于其上，再恶语诅咒后埋于地下，传说能使仇人罹祸。当时，京城麋聚了许多方士巫师，大行巫蛊之术。而真正的“巫蛊之祸”始于征和元年冬至征和二年春。
“巫蛊之祸”的起因是丞相公孙贺为了替下狱的儿子赎罪，自己提出去捉拿被汉武帝下诏必捕的阳陵大侠朱世安，皇帝同意了。不久，朱世安果然被抓，为了报复公孙贺，朱世安在狱中写了一封告发公孙贺的信。信中说，公孙贺的儿子贺敬声与阳石公主私通;公孙贺在皇上经常出入的甘泉宫(今咸阳淳化甘泉山南麓)路下埋了木偶，用恶言诅咒巫蛊皇上。本性多疑的刘彻见信大怒，下令火速查究。
酷吏佞臣江充因行事很合汉武帝的心意，曾被封为权力很大的直指绣衣使者，此次受命彻查公孙贺巫蛊案。江充将公孙贺父子下狱，严刑拷打，蔓引牵连，很多人无端获罪。最终，不仅公孙贺父子惨死狱中，全家都被杀，就连卫皇后的姐姐公孙贺的夫人卫君儒也不能幸免。接着很多皇亲国戚，如诸邑公主、阳石公主、卫青的长子长平侯卫伉都受到巫蛊案的牵连而被杀。
而当时在后宫，嫔妃们为争宠，也让女巫在宫室中埋木偶，相互恶语诅咒，相互攻讦告发。武帝大怒，此事所杀后宫嫔妃并殃及大臣多达数百人。一日，刘彻午睡，梦见数千木人，手执木杖，凶神恶煞般地向他袭来。惊醒后，感到浑身酸软无力，随后，不但身体越来越差，人也越来越健忘了。
曾和太子刘据结怨，在处理公孙贺案时也与卫皇后结怨的江充，看到汉武帝年老体衰，担心皇上驾崩，太子即位后，会杀了自己。由是，便利用这次处置巫蛊的机会，开始了他陷害太子刘据的阴谋。
太子刘据，是汉武帝刘彻二十九岁时，皇后卫子夫所生。刘据小时很受父皇喜爱。长大后，因性格和顺谨慎，刘彻便觉得儿子不像自己;而此时后宫嫔妃也都生子，因此，皇后和太子感到皇帝的宠爱正在递减，故而心自不安，刘彻也感觉到了。一日，他对大将军卫青说：“汉家建国匆促，加上四夷侵扰中原，朕若不变更制度，则后世无所遵循;不出军征伐，则天下不能安定;如此一来，不得不加重百姓负担，如果后世还像朕这样做，那便是重蹈亡秦覆辙。太子稳重喜静，一定能够安定天下，不会令朕担忧。要寻找守成的君主，还有比太子更贤的吗？听说皇后与太子有不安之意，朕怎会另作他想，你可把朕的意思告诉他们。”说是这样说，太子和皇后倍受冷落己是不争的事实，特别是在卫青病逝后，太子的地位更是岌岌可危了。正是在这样的背景下，江充刚被封为直指绣衣使者，就敢没收太子宫在驰道上行走的车马，并向皇上劾奏太子，不惜与太子交恶。
江充的阴谋就是利用汉武帝对自己的信任，企图把巫蛊案引向太子，他对皇帝说，皇上的病都是巫蛊在作祟。于是，刘彻任命江充为治蛊使者，江充便派胡巫到处掘地寻找木偶，一旦发现，便严刑拷打，大开杀戒，动辄以大逆不道治罪。一时间，从京城到诸侯国以及郡县，牵连坐罪的前后数万人。
征和二年七月，正在甘泉宫避暑养病的刘彻闻讯更加疑惑，甚至怀疑左右都在用巫蛊诅咒他，是有是无，没人敢于分辩。江充知道皇帝的心思，就让胡巫檀何对皇帝说：“宫中有蛊气，不除，皇上的身体始终不会好。”刘彻命江充带人搜查皇宫，还派按道侯韩说、御史章赣、黄门苏文帮助江充。江充带领人马，先从后宫嫔妃处开始搜查，依次延及太子宫、皇后宫，纵横掘地，搞得太子、皇后安床之处都没有了。挖完后，江充对手下说：“在太子宫挖出的木人最多，还有很多帛书，都是大逆不道的咒语。我马上要奏报皇上。”
刘据得知江充准备诬陷自己，加之皇上对江充的信任，这让他感到非常恐惧。万般无奈之下，太子只得问计于太子少傅石德，石德说：“公孙贺丞相父子、两公主以及卫氏皆因此致祸，如今巫师和江充掘地得到证据，不知是他们预先放置的，还是真的就有，现己无以自明。如今之计，只有先假传皇帝诏令，收捕江充等入狱，再严加审问，查出其奸计。况且，陛下现在甘泉宫养病，皇后和家吏请安问候都无法奏报，陛下生死存亡亦未可知，奸臣如此嚣张，难道太子忘了秦朝扶苏的教训了吗？”
刘据本想去甘泉宫找父皇申诉，但因江充要抓捕他的情况很紧急，太子只好采用了石德的办法。派门客佯称皇帝使者，一举处死了江充、韩说、胡巫。太子连夜派心腹到未央宫长秋门，把万分危急的情况告诉母亲卫皇后，并调用皇后御厩车马射士，打开宫中武器仓库，将武器发给长乐宫的卫士，大肆搜捕江充党羽，一时长安大乱。
黄门苏文趁乱逃到甘泉宫，向武帝禀报了长安混乱的情况。刘彻说：“一定是太子害怕了，又恨江充无状，才会有此变故。”于是，派使者召太子来甘泉宫。使者不敢进长安，回甘泉宫谎称：“太子己经造反，还想斩臣下，我是逃回来的。”刘彻大怒，命令严厉镇压太子军，自己也火速赶回长安，居城西建章宫，并调集附近郡县兵马进军长安。太子军与政府军在长安城内大战五日，死者数万。太子刘据最终战败，率残兵逃出长安城。事后，众多太子门客、少傅石德以及太子家小几乎杀尽。当武帝派人去收卫皇后的皇后玺绶时，皇后自杀而亡。是年八月，太子行踪被发现，自思不得脱，亦自杀而亡。
太子阖家死亡殆尽，武帝也想不通，便派人调查此次“巫蛊之乱”。一年后，终于真相大白。太子无辜，皇后冤死，完全是佞臣江充为了谋害太子策划的一场宫庭巫蛊冤案。汉武帝遂诛灭了江充家族，并将江充同党苏文烧死在黄门外的横桥柱上。哀怜太子无辜的汉武帝，在太子殉难处，修筑了“思子宫”和“归来望思台”。“思子台”建好后，刘彻站在台上老泪纵横，不得不品尝因巫蛊冤案，由自己酿成老年丧子的苦果。
“巫蛊之乱”后，国家每况愈下，汉武帝经常处于深深的自责与忏悔之中。征和四年(公元前89斥)三月，刘彻再次登泰山封禅时，在禅石阁召见群臣说：“朕自即位以来，所作所为甚狂悖，使天下愁苦，今追悔莫及。从现在起，凡有伤害百姓，糜费天下财物的事情，一律停止。”并听从大臣劝谏，罢斥了所有方士、巫师。
汉武帝后元二年(公元前87年)二月十四日，刘彻驾崩于五柞宫，享年七十一岁，葬于茂陵。功过是非，历史自有评说。
