1864年，太平天国失败后，遵王赖文光和梁王张宗禹等重组捻军。赖文光正式授予捻部各将太平天国新王号；新捻军采用灵活机动的战术，逐渐变为一支约十万余人的骑兵部队。1865年，5月18日，捻军在山东曹州埋伏，全歼穷追不舍的僧格林沁所部骑兵，杀僧格林沁，清军主力沦丧。
华北震动，燕京戒严。京师令曾国藩剿捻。曾改追击为四镇堵剿，于河南周家口、山东济宁、江苏徐州、安徽临淮关分置四镇，驻淮军和湘军八万，将捻包围在苏、豫、皖边区。又在淮北捻军的根据地修筑墟寨，清查户口，实行保甲连坐法。但捻军突破湘军、淮军的包围，进入湖北。又突破开封、朱仙镇间的贾鲁河防线，东走山东。曾国藩被朝廷撤钦差大臣，诏李鸿章继任。1866年10月，捻军分为东西两部，东由赖文光率领，西由张宗禹率领入秦。1867年，东捻被李鸿章淮军围困，突围失败，11月任柱与刘铭传战斗中遭叛遇害，主力覆没，西捻军东下救援。1868年1月，东捻在山东胶莱河寿光战斗全军覆没，赖文光遭俘虏后被杀；西捻进入陕西，配合回民军作战，后为援救东捻军，一度逼近保定、天津。8月，在山东为淮军围困于鲁西北，恰逢连日大雨，捻骑不能奔驰，西捻溃败，张宗禹也在逃离中失踪。至此捻军全部失败。
1864年天京被清军攻陷，清军随后对天京进行了灭绝人性的屠城，无数太平军被俘女兵遭受了骑木驴游街然后凌迟处死的酷刑。
1860年6月13日《华北先驱报》上目睹清兵凌迟太平军俘虏的信件：
“太仓被占领的次日，上午十一时光景，有一大批俘虏被押送到卫康新附近清军营地。这批太平军，有男有女，有老有少，从刚出世的婴孩，到80岁蹒跚而行的老翁，从怀孕的妇人，到10至18岁的姑娘，无所不有。清军把这些妇女和姑娘，交给一批流氓强奸，再拖回来把他们处死。有些少女，刽子手将她们翻转来面朝天，撕去衣服，然后用刀直剖到胸口。这些刽子手做剖腹工作，能不伤五脏，并且伸手进胸膛，把一棵冒热气的心掏出来。被害的人，直瞪着眼，看他们干这样惨无人道的事。还有很多吃奶的婴儿，也从母亲怀里夺去剖腹。很多太平军俘虏，不但被剖腹，而且还受凌迟酷刑，他们的衣服被剥光，每个人被绑在一根木桩上面，受到了最精细的残忍酷刑。他们身体的各部分全被刺入了箭族，血流如注。这种酷刑还不能满足那些刑卒的魔鬼般的恶念，于是又换了别种方法。
刽子手们割下他们一块一块的肉，有时塞到他们的嘴里，有时则抛向喧哗的观众之中。令人不忍卒睹......这些可怜的人们在数小时内都一直痛苦地扭动着。大约在日落时分，他们被一个兽性的清军刽子手押到刑场上，这家伙手里拿着刀，急欲把自己的双手染满鲜血，简直像个魔鬼的化身。他抓住这些不幸的牺牲者，威风凛凛地把他们拖到前面，嘲笑他们，侮辱他们，然后把他们乱剁乱砍，用刀来回锯着，最后才把他们的头砍断一大部分，总算结束了他们的痛苦。”
太平军余众和后裔出走香港和海外，绝大多数人已销磨了斗志，由此默默无闻。
