岳飞小朝廷把农民反抗斗争看作比金军入侵还更危险。在金兵暂时撤退、宋金形式发生急剧变化以后，高宗立即把南宋领兵抵御金军的大将韩世忠、刘光世、张俊、岳飞等从抗金前线调离，分头去镇压各地的农民起义。建炎四年（1130），江南东路信州地区农民不堪王琰溃军的劫掠骚扰，在王宗石领导下，二十万农民奋起反抗。高宗派遣以畏避金军闻名的刘光世前去镇压，结果这二十万起义群众被这支对外如绵羊、对内如虎豹的“官军”残酷屠戮殆尽。同年七月，福建建州爆发了以范汝为首的群众起义，人数迅速扩大到十万以上。绍兴元年，高宗调遣韩世忠为福建、江西、荆湖南北路宣抚使，前去镇压。起义群众坚守建州城，终于不敌拥有精良武器、训练有素的韩世忠军队猛烈进攻、最后遭到血腥镇压。岳飞归隶张俊，被调往镇压江西虔（江西赣县）、吉（江西吉安）农民起义。
建炎四年初，南侵金军穷追逃向虔州的隆佑太后时，沿路焚烧抢掠，给虔吉一带造成极大的破坏；而护送隆佑太后的卫军也沿途明抢暗夺，行同强盗，激起群众的反抗。陈辛率领数万愤怒的群众向住在景德寺的孟太后申诉。孟太后居然指使卫军杀出景德寺，"纵火肆掠”。虔州城几乎被焚烧殆尽。官逼民反，从1130年至 1136年江西农民起义的烈火一直在延烧。建炎四年十二月十五日，虔化县原虔州乡贡进士李敦仁与其弟李世雄等招集本县六乡数万人在罗源起事，攻占石城县等四县，又转攻福建汀州宁化县、清流县。南宋政府用剿抚两手予以镇压。历时一年之久，于绍兴元年十二月，为江东路安抚大使司统制官郝政、颜孝恭所“剿戮尽净 ”。吉州的彭铁大、李动天，虔州陈喁、罗闲十等领导的农民起义军拥兵十余万结寨五百余处，互相连结，互为呼应，声威扩及江西、福建、广东叁省。
绍兴叁年暮春叁月，神武副军都统制岳飞奉诏前去镇压，但军事费用尚无着落。坚持“不打掳”的岳飞不得不向朝廷请求支拨给养装备。因为是平定“内乱”，高宗立即下诏，命令诸路漕臣督办军马钱粮、户部拨给岳飞做春装的绸一万五千匹、吉州榷货务转赐行军费叁万缗。当时岳飞军将士二万四千余人。彭铁大听说承宣使岳飞带兵来征讨，宣言道：“人言岳承宣智勇为天下第一，我今破之。岳承宣且败，他人若何？”岳飞听后一笑置之，为争取避免流血，又先派了两名“辩士”到彭铁大营寨去劝降，农民领袖彭铁大回答说：“为我语岳承宣使，吾宁败不肯降！”这时岳飞已掌握了起义军的虚实情况，遂发动了进攻。起义军经过艰苦的抗击，最后失败，彭铁大在马背上被岳飞生擒；二万多老弱被俘，后被岳飞放回老家。逃散的起义军战士又聚集起来，转移到重要的据点──固石洞坚守。岳飞屯大军于瑞金县，
自己率领千余骑赶至固石洞。他又派辩士对李动天劝降说：“汝诚众且险，能保不败耶？”劝降无效，又进行胁降：“败而后降，吾不汝贳！”
但劝诱、威胁都不能使起义军屈服。岳飞对起义军奈何不得，遂率大军列阵山下，缺乏阵地战经验的农民起义军，又被岳飞用计打败了。许多起义者宁死不屈，纷纷投崖壮烈牺牲。官军攻上山后岳飞传令军中：“毋杀一人！”岳飞没有伤害被包围的起义群众。如果是别的将帅，对这些宁死不屈的农民起义军战士必会勃然大怒，毫不犹豫地下令诛杀。而岳飞毕竟是农民出身，知道农民的痛苦。毅然地说：“此辈虽凶顽，然本愚民耳，杀之何益？”岳飞挑选了其中一部分勇锐精壮的起义军战士，编入军中，其余统放归田里，并令地方官吏“使各安业耕种”。
棘手的事还在后头。高宗传下密旨给岳飞，要他血洗虔城，为隆佑太后在虔城受“震惊”泄愤。岳飞接到密旨，认为无辜之民又有何罪？他拒不执行，上书高宗：“请诛首恶，而赦胁从。”高宗恶狠狠地批复：“不许！”岳飞再次上书，高宗置之不理。岳飞继续上书，坚持己见，高宗不得已让岳飞自己裁决。岳飞把彭铁大、李动天等农民起义领袖杀害了，但保住了虔城居民不受屠戮。赣州人民为感念岳飞拒旨屠城的恩德，绘岳飞像挂在家中以作纪念。八年后，岳飞被害，每逢他的忌日，当地人民则为他施舍钱、饭给寺庙，请和尚为岳飞超度。
七月中旬，平定了吉、虔的农民起义后和，岳飞被高宗催促“赴行在”。岳飞同长子岳云从九江出发，九月九日到达杭州，十叁日岳飞第一次觐见皇帝。高宗赐给岳飞金线战袍、金带手刀、银缠枪，一匹战马外配海皮鞍，还有衣甲、弓箭、马铠各一副。还特赐岳飞一面绣着高宗手书“精忠岳飞”四字的旗子，令岳飞在行军时务必树起。这既是对岳飞数年来所立战功的嘉奖，也是对岳飞尚有抗旨行为，未能完全尽忠于高宗的鞭策。岳飞的官衔转为镇南军承宣使、江西沿江制置使。不久迁为江南西路舒蕲州制置使，在江州置司，独立建置帅府。划归岳飞军事防守的范围扩大了，跨越长江北岸，自舒州至蕲州，直联中原腹地，方圆数百里。而地位升高、职权扩大的岳飞从杭州返回九江的路上却闷闷不乐。对他来说，安定为了攘外，他所念念不忘的是收复失地、灭金虏。途径新淦时，岳飞于萧寺壁奋笔提诗道：
雄气堂堂贯斗牛，誓将直节报君仇。
斩除顽恶还车驾，不问登坛万户侯。
这才是岳飞内心的底蕴。
即使对待洞庭湖杨么领导的农民起义军，岳飞也是采取尽量招安、少流血原则的策略。当时参政席益就对岳飞的做法产生了严重怀疑，并对张浚说：“岳侯得无有他意，故玩此寇？”张浚了解岳飞的用心，故而笑答说：“岳侯忠孝人也，足下何独不知用兵有深机，胡可易测？”这次被俘的农民起义军近二十万人。鲁莽的牛皋主张“略行洗荡，使后人知所怕惧”。岳飞坚决不同意，他说：杨么之徒，本是村民，先被钟相以妖怪诳惑，次又缘程吏部（昌宇）怀鼎江劫虏之辱，不复存恤，须要杀尽，以雪前耻，致养得贼势张大。其实只是苟全性命，聚众逃生。今既诸寨出降，又渠魁杨么已被显诛，其余徒党，并是国家赤子，杀之岂不伤恩，有何利益？况不战屈人之兵，而全军为上，自是兵家所贵。若屠戮斩馘，不是好事。但得大事已了，仰副朝廷好生之意，上宽圣君贤相之忧，则自家门不负重责，于职事亦自无惭也！岳飞说罢，连声喊道：“不得杀！不得杀！” 牛皋心悦诚服。
岳飞挑选了好几万精壮的起义军战士编入军队中，大大增强了部队的战斗力，加强了抗金的力量。十几万老弱，按照他们自己的意愿，“给米粮”，归田就业。
