在马林最后一次与孙中山等人进行谈话时，孙突然用英语愤愤地说：像陈独秀那样在他的周报上批评国民党的事再也不许发生。如果他的批评里有支持一个比国民党更好的第三个党的语气，我一定开除他。
问题是，“二七”惨案发生之后，党内的激进情绪已大为软化。蔡和森和张国焘等人的主张没有能够得到与会者的积极响应。马林的理由很有说服力，既然中共几年之内很难在秘密工作的条件下成为一个群众性政党，无论如何不能等到中共有条件发展壮大之后再来进行国民革命。既然国民党有充足的政治资源，又具有国民革命的明显倾向，苏联也决定全力支持国民党，中共当然责无旁贷地应当加入国民党，利用自己的政治智慧，协助苏联帮助国民党改组并推动它走向反帝革命。总不能因为“怕加入国民党有危险，而留在党外”。更没有必要担心工人群众会因为加入国民党而被扼杀了革命精神。恰恰相反，要想推动国民党走向革命，就必须在国民党大量充实革命分子，培养强有力的国民党左派，从而克服国民党的种种错误倾向。马林最终促使中共三大作出决议：不仅正式批准中共党员加入国民党，而且没有直接提到任何旨在争取建立群众性共产党的实际目标。
马林对通过共产党来发展、推动国民党充满了热情。他为此甚至不惜写信给共产国际领导人，尖锐批评那些对他说三道四的人。他说：“我不懂，为什么共产国际执行委员会的策略是阻止国民革命的发展？”“莫斯科的意向是让党在共产主义旗帜下进行独立的政治活动吗？”实际上，中国“党是个早产儿”，“是有人过早地制造出来的”，它的“整个工作几乎都是依靠外国经费”，多数党员没有职业，所以党同在职的工人、职员、教师等几乎没有联系。在这种情况下，“我们要鼓励同志们到国民党中去，并把用这个办法支持国民革命看做是中国共产党人的主要任务”，“不应凭想象去工作”。“绝对不要为此打出共产党的旗帜，在很长一段时间内也不能在工会的宣传中利用这面旗帜”。因为第一，许多人“害怕共产主义”;第二，它会“削弱俄国同中国国民党人的合作”，“那些希望我们集中全力去建设群众性共产党的人”，恐怕“是完全忽略了事情的实际情况”。
孙中山马林的热情未能够得到孙中山的配合。1923年初，广州克复，孙中山回到广州，设立大本营，重新埋头于军政事务之中，国民党的改组工作因此逐渐停顿。这不能不让马林倍感沮丧。马林到底还是一位共产党人，在他的观念中，革命只能像法国以及俄国革命那样，在中心城市宣传和组织群众来进行。为此，自与孙中山接触以来，马林始终都在强调党的组织和宣传的意义，反对任何利用军阀夺取地盘的“革命”方式。他甚至不止一次地在中共的刊物上化名发表文章，批评国民党的这种做法只会使自己日益背离下层民众的意愿和需要。由于1922年夏天以后孙中山丢掉了广州，马林的这些批评意见确实很少引起国民党人的反感。但在1923年初孙中山重新回到广州之后，马林就无法再用过去的方式向国民党提意见了。一个最明显的例子就是，5月6日山东临城发生土匪抢劫火车，打死一名英国人，劫掠二十六名外国人。事后，孙中山委任负责外交事务的伍朝枢起草电报，以国民党中央名义致电北京外交使团，要求各国撤销对应负此事责任的北京政府的外交承认，以便给予中国人民另行建设全国公认政府的机会。马林对国民党请求列强帮助的作法极感不满。他除了写文章在中共机关刊物《向导》周报上公开批评以外，还当面向孙中山提出异议。结果，孙中山不仅无动于衷，而且对他重提加紧改组国民党工作和加强政治宣传问题，干脆也一口回绝，坚持一切必须等到军事问题基本上解决之后。
马林对孙中山态度的变化，十分焦虑。他终于不能不转而注视中共的作用，企图通过国民党内的共产党员，引导国民党去执行“国民革命的政策”。他提出，只有像陈独秀这样的人物，才能在国民党内部展开宣传，“促进国民党的新生”。马林据此推动中共中央通过决定，以中央委员会诸委员的名义，联名致函孙中山，要求他在华南停止军事行动，到上海去，组织工、商、学界的国民会议，把现有的各联合会组织成为自治政府。他建议，如果孙中山不能接受，“李大钊在北京和其他城市的其他同志，就要着手去把国民党的地方支部争取过来，采取党的这个新策略”。
按照马林的建议和中共中央的决定，陈独秀等五名中央执行委员起草并向孙中山提交了建议信。信中强调，由于曹锟逼走黎元洪，试图取得总统地位，遭到上海乃至整个北方民众的强烈反对，上海各马路商会已经公开要求组织国民会议解决问题。国民党应当利用这个机会，公开站出来领导民众斗争，并乘机宣传自己的主张。为此，“我党当前的主要任务是结束广州的战事，这样我们才能在国家政局危急之时去胜任我们的主要任务。我们不能囿于一方的工作而忽略全国的工作。我们要求先生离开广州，前往舆论的中心地上海，到那里去召开国民会议”，以便争取在国民会议的基础上，组成一个新的政府，进而建立一支解决全国问题的国民革命的新军队。但是，孙中山在与陈独秀等人的谈话中明白表示，他既不会与曹锟等人合作，也不会按照各方建议，将国会召来广州，同时也不会支持上海商人的行动，因为他看不出这会有什么结果。孙中山坚持，当前关键的问题，还是要争取建立一支自己的革命军队。据陈独秀报告说：当他询问孙中山，在国民党尚未成功改组并扩大自己的阵地之前，如何能够建立这样一支军队的问题时，孙的回答是：“党只有到紧急关头才能一马当先。现在我们必须发展我们的军事力量，在南方的广东可以建立根据地，然后我们必须设法在东北或西北得到一支军事力量。靠这些力量的协作将使革命取得胜利。召开国民会议是不可能的。”
在西北或东北建立一支军事力量，是孙中山久已有之的梦想。为此，他坚持与张作霖保持密切关系，同时极力劝说苏联政府的代表，支持他在中国西北地区，如新疆和蒙古边境等地建立军事基地。1923年5月，莫斯科同意提供200万金卢布援助，并愿意与孙的代表讨论西北军事计划，孙明显地对坚持广州根据地和发展自己的军事力量给予了更多的关注。这时，马林在极力协助苏联外交代表越飞，为孙中山争取到俄国的援助之后，突然发现自己犯了一个致命的错误。
注意到孙中山在军事上的进展，广州根据地的巩固和苏联的支持，马林开始失去耐心。在他看来，只要孙中山仍然身在南方，他所关心的唯一问题就是控制广东，而军事上越有利，孙就会越满足于政治谋略，“而更不乐意与我们接近”。马林在给越飞的信中承认：“现在，我对他毫无办法。”因此，他尖锐批评越飞不该为孙中山争取到财政援助，断言“拿钱支持国民党是不负责任的”，“从经济上支持孙在南方的军事计划并无益处，那些计划其实并没有革命意义”。他说：过去这200万元对孙中山也许至关重要，但对一个已在广东立足并能驾驭局势的统治者来说，就远不是那么重要了。如果莫斯科继续“让孙保持控制权，那对于整个运动将是有害的”。马林提出，与其为了帮助孙中山控制广东，把200万元塞进南方将领的腰包，真不如用2万元帮助为数不多的共产党人，从事国民党的宣传，看看他们在这方面会有什么作为。
但到这个时候再来鼓励共产党进一步展开对国民党的批评与竞争，已经太晚了，它反而会让正在期待苏联援助的孙中山怀疑共产党人蓄意拆台。随着陈独秀、蔡和森等人在中共中央机关刊物《向导》杂志上一再发表文章，批评国民党幻想占据广州一隅之地，利用军阀实行北伐来成就中国革命的作法不切实际，孙中山很激烈地表示了他的不满。7月18日，在马林最后一次与孙中山等人进行谈话时，孙突然用英语愤愤地说：
像陈独秀那样在他的周报上批评国民党的事再也不许发生。如果他的批评里有支持一个比国民党更好的第三个党的语气，我一定开除他。如果我能自由地把共产党开除出国民党，我就可以不接受财政援助。
据马林后来报告说，孙中山说到这个问题时，情绪非常激动，以致廖仲恺和胡汉民等人一个个噤若寒蝉，都悄悄地溜走。只有马林还留在那里，努力为陈独秀做些辩护。但无论如何，孙中山坚决维护国民党，不允许身为国民党员的中共领导人公开批评国民党的态度，是再清楚不过了。为此，中共中央在第二天就紧急召开会议讨论。根据各方汇集的情况可知，不仅孙中山对中共的批评强烈反感，而且上海和广州的国民党人都表现出同样的情绪。他们甚至怀疑陈独秀等人只是想利用国民党，孙中山委任他为大本营宣传委员长，他却在利用这一职务做同国民党决裂的事情。身为国民党员的中共领导人面对这种情况，深感为难。按照共产国际的决议和共产党自身的观点，他们无法对国民党在政治上的问题和不足视而不见，否则就不足以显示其组织上的独立性;但基于共产国际必须留在国民党内的决议，他们又不能轻易破裂与国民党的关系。讨论来讨论去，最后的决定是，继续过去的路线，在批评上避免激烈词句，同时加强有利于国民党的宣传。这样一种方针，显然不可能解决问题。
其实，国共关系中的麻烦，也并不仅仅是国民党人的感受问题，中共自身也困惑不已。仅以中共中央驻地问题为例，马林千方百计把中共中央弄到广州来，经过几个月的时间，连马林自己都发现这是一个馊主意。在孙中山身边，任何与孙中山意见分歧的言论都难免会引起纠纷，孙中山严厉批评陈独秀，就是因为得知香港英文报纸不满国民党在广州不能管束陈独秀等人言论的消息所致。而与此同时，把中央搬到广州来，原本是马林想要更有效地通过中共中央来推动国民党改组工作的进行。事实上几个月来，中共领导人在这方面几乎无事可做。相反，北方政治出现危机，中共反而没有力量去领导和组织强有力的政治宣传。
到1923年7月，马林不仅自己灰心丧气，而且也失去了共产国际的信任。眼见在马林的影响下，中共中央以国民革命为中心任务，自身的发展宣传工作受到影响，共产国际东方部对这位荷兰人有理由强烈不满。一位在北京的共产国际工作人员的报告尤其能反映出这种不满情绪。报告称：由于党员全部加入了国民党，“党的工作这里进行得很少。本来它的规模就不大，而近来由于这个倒霉的国民党奸党，工作几乎完全停止了。大家都被套在孙逸仙的马车上，对其他的一切都不屑一顾”。这样，马林成了东方部官员嘴里的“右派”的代名词，自然不足为奇。当得知马林终于要被调离中国之后，一位东方部工作人员愤愤不平地表达了这些人的心情：
但愿任何贯彻越飞的观点或外交人民委员部其他代表的观点的马林们，不要使党陷入一会儿向这位将军点头，一会儿向另一位将军点头的变化不定的窘境。外交人民委员部需要这样，但不要把党牵连到这种事情里去。即使国民党目前确实是所有党派中最优秀的，更接近于国民革命运动，但也决不意味着我们应当做它的尾巴，同它一起经受种种冒险、病痛、阴谋、欺诈等等。
