在荡平倭寇的最后几年中，戚继光因为战功卓越，升任为都指挥使。与此同时，倭寇变得更加的狡猾而且行踪飘忽，针对这些情况戚继光用他的智慧创造了对付倭寇的独特战术和阵法，他率领他的戚家军在福建境内一次次挫败试图反扑的倭患，直至完全荡平东南沿海的倭寇。这其中更让我们再一次领略到戚继光文武兼备的风采，尤其是那些变幻莫测的计谋。真不愧“一代儒将”的美名。公元1562年戚继光被调往福建平倭。这一年的农历7月，他率领6000戚家军，从温州的平阳披荆斩棘，穿越300里的偏僻小路，进入福建。侵扰福建的倭寇，主要集中在横屿、牛田和林墩三个据点。横屿是倭寇的大本营，而倭寇的头目则在林墩扎营。
8月，戚继光决计先破横屿，再乘胜破牛田，最后捣毁林墩的寇巢。横屿是宁德县城东北的一个小岛，离岸十里，四面皆水路险隘，岛上建有木城，周围还构筑许多坚固的防御工事，1000多名倭寇结营于此，凭险据守。附近的宁德、福清还有1万多名倭寇，他们互相应援，很难对付。戚继光先命张谏、张岳在横屿西、北陆上布阵，防止倭寇上岸；又命张汉水师在横屿东部海面游弋，防止倭寇从海上逃窜；同时，戚继光采用“硝枝弱干”的办法，先发兵进攻横屿对岸的张湾，并张贴告示实行招抚，迫使1000多名倭寇的胁从分子缴械投降。接着戚继光挥师东进，直攻横屿。从海岸到横屿，中间连着一处浅滩，涨潮时滩没水中，一片汪洋，落潮时水退滩出，又是一片泥泞，极难通过。但这些对于勤于动脑、善于创造的戚继光来说是不算什么的。经过研究戚继光想出了一个好办法来克服这种特殊的环境。
一个清晨，戚继光命令士卒每人背一捆草，把草铺在淤泥上匍匐前进，每个士兵都带上草束，乘着落潮，铺在泥滩上，匍匐前进，这样他们就顺利的渡过了这片泥泞的浅滩。戚家军奋勇冲上小岛后，有的施放鸟铳，有的挽弓射箭，有的投掷标枪，有的挥舞狼筅（狼筅，用长竹竿做柄的武器，前部留有密枝，梢部装有利刃、腰刀，同倭寇展开了肉搏战，不到半天工夫，横屿倭寇被歼无遗。中秋过后，戚继光又率领军队南下福清，直指牛田。牛田在福清县城东南30里，靠近海边。它与周围的杞店、上薛、西林、木岭、新塘等据点连成一气，络绎30多里，势若长蛇。面对这种局面，为了麻痹敌人，戚继光又游刃有余的运用起了兵法战术。
他有意当众声言：“我军远道而来，需要先休整一些日子，养精蓄锐，再待机而动，不是朝夕之间就能出师击敌的。”倭寇打听到这个消息，果然毫不戒备。可是就在第二天晚上，乘着天黑没有月亮，戚家军悄悄地从锦屏山开拔，快速奔袭杞店，将熟睡的倭寇斩杀殆尽。接着，他们回师锦屏山，见有一队倭寇前来袭营，又设下埋伏，把敌人全部消灭了。然后，戚家军乘胜出击牛田、上薛等地的倭巢，戚家军喊声如雷、气势如洪。斩杀、俘虏了大批倭寇，残余倭寇纷纷向兴化逃窜。戚家军在福清稍适休整，九月中旬又开始了新一论的进攻，向兴化府城（今福建莆田县）挺进，准备攻取城东20里的林墩。戚继光是一个极具智慧且善于用兵的将领。入城后，戚继光表面上闭口不谈战事，从容的拜客、赴宴，暗地里却布置士兵抓紧时间休息，准备随时出击。
到了半夜，他发出命令，摇响铜铃，把军队迅速集合起来，悄悄地开出城外，准备对林墩进行一次夜袭。不料，向导是个通敌分子，把他们引到一条溪水纵横，泥泞遍地的小道上。等他们逼近林墩，东方已经发白，他们的行动就被倭寇察觉了。倭寇马上进入防御工事，布置防守，并出动部分人马绕到戚家军的背后，两面夹攻。戚家军腹背受敌，处境险恶，一时阵脚大乱，士兵纷纷往后退缩。
在这千钧一发之际，戚继光站在路口，镇定自若地发出进攻号令，并手刃退缩的14名部下，以严肃军纪。将士又鼓起百倍的勇气，奋力往前冲杀。倭寇渐渐支持不住，四散溃逃。戚家军连克敌人60余营，斩杀倭寇960人，活捉倭寇大小头目13人，还有1000多名倭寇在溃逃时落水淹死。天明，兴化府城的居民扶老携幼，杀牛备酒，出城十多里，夹道欢迎凯旋而归的戚家军。
