段祺瑞反对学生运动。在亲自撰写的《内感篇》一文中，他分析道，国内的一般学人在游历欧美后，都想把西方的政治思想和制度立刻移植过来，就好象是拿别人的装饰物，来美化自家厅堂一样。素不知上层建筑的东西绝非如此简单，毕竟西方人对他们的那一套早已习惯，而国人在此前的三千多年里，一直都有自己的历史和文明，如果一定要强行移植，只会带来东施效颦的结果。
段祺瑞认为中国的“立国要素”，仍是传统的孔孟之道，是“老吾老以及人之老，幼吾幼以及人之幼”。由此出发， 其治国之道可以用四个字来概括，即“纲纪为先”。可是当时的社会风潮却与他的想法完全背道而弛，各地学生运动此起彼伏，对北京政府的“纲纪”形成了极大冲击。段祺瑞慨叹：“最奇特者，人之所无，而我更有澎湃之学潮，可谓新之又新。”
章士钊是段祺瑞晚年的重量级幕僚，其政治理念与段祺瑞也如出一辙。为此，在执政府尚能维持局面时，段祺瑞便让章士钊由司法总长兼署教育总长，想通过这位名士出身的政治家来整顿学风。
章士钊兼署教育总长后，下决心从三件事抓起，即宣布大学统一考试，教育部专设考试委员会，主抓学生的入学毕业考试；教育部设编译馆，督促奖励各大学教授著书、译书；合并北京八所大学。
章士钊的这些措施后来被认为皆切中时弊，但在当时遭到了教育界及青年学生的强烈反对，根本无法得到有效的贯彻实施。因阻止学生参加5月7日的“国耻纪念日”，章士钊自己的住宅也被激愤的学生捣毁，各校学生更聚会请愿，要求罢免章士钊。
章士钊整顿学风的举措归于失败，他被迫呈请辞去本兼各职，经段祺瑞挽劝，才重就司法总长职。
此后，学生参加政治运动更为积极踊跃。段祺瑞索性将司法总长委于他人，专调章士钊出任教育总长，意图整顿教育，抑制越演越烈的学潮。这时正好北京国立女子师范大学（女师大）的学生要求撤换杨荫榆，章士钊便率先拿女师大作为典型开刀。
女师大校长杨荫榆是中国第一位女大学校长，她遵循西方教育理论，主张学生应专心读书，不要参加和过问政治运动，在相应的校规校纪上也很严格苛刻，由此激起了学生和教职工的严重抗议。
女师大学生自治会派代表前往教育部，要求教育部撤换校长。章士钊对学生的这种激烈行为非常恼火，决心以强力压制的办法加以整顿。在他的公开支持下，杨荫榆宣布开除刘和珍、许广平等六名学生自治会成员。
女师大学生针锋相对，决定驱逐杨荫榆，发起“驱羊（杨）运动”，从而爆发了女师大风潮。其间，鲁迅、钱玄同等七名教育界名士联合发表宣言，表示坚决支持学生，鲁迅还因此被章士钊开除了在教育部的职务。
鲁迅早就在风坛声名远播，其杂文之杀伤力更是无人能及。他不仅在文章中将章士钊骂得狗血淋头，毫不客气地称章“是凶兽样的羊，羊样的凶兽”，而且还拿起法律武器，告倒了这位昔日上司。
最终扛不住的不是学潮中的师生，而仍是早已丧失实力的执政府。除杨荫榆被免去校长职务外，章士钊也在其住宅再度被学生捣毁后，被迫辞去教育总长一职。书生本色的章士钊在加入执政府前颇负时誉，但掌握教育部却让他背负了太多骂名，结局可谓潦倒。
