明朝虽亡，可是朱氏子孙一直没有放弃恢复的努力。明朝的残余在江南又建立了南明政权，在帝国依然有着巨大的号召力。可惜这个小朝廷还是改不了窝里斗的老毛病，成天忙于争权夺利，结果被清军追得整日东逃西窜。最后，被追得走投无路，逃入了蛮荒炎热的缅甸，才算保住了一条命。
看来永历皇帝只能在缅甸无声无息地死去了，满洲人终于放下了那颗悬着的心。可吴三桂却有不同的想法。他认为只有擒杀永历，才能彻底证明自己的忠心无贰。于是，吴三桂上书，要求入缅扫灭南明残余。顺治皇帝认为没有必要，南明窜入荒夷，不可能东山再起，就放他一马吧。可吴三桂却反复恳求，提出所谓不灭永历有“三患二难”，最后终于说得顺治皇帝动了心。于是，吴三桂又率大军踏上了为清廷效命的征程。
缅人在清军的压力之下，不得不献出永历。四个月之后，他不顾别人的反对，没有把永历押赴北京，而是在昆明城外的篦子坡把他缢杀了。
吴三桂不想再叛变了。他在云南的日子过得挺不错，他真的别无所求了。他喜欢云南这地方。这里四季如春，天蓝得一尘不染，和北方简直是两个世界。吴三桂现在所得到的，已经超过了他最奢侈的想望。现在，他是天下最富有、最有权力的人之一，云南的几千里土地上的所有金帛子女都为他所有，在这里，他可以为所欲为。人生一世，他还能有何求呢？
虽然他殚精竭虑地效忠，可是那些满洲人似乎总是和他若有若无地保持着距离，热情的外表下总似乎隐藏着深深的寒意……这种闪烁的目光，像是一把沉重而锋利的剑悬在头顶，让他时刻不安。
毕竟，他是个叛臣啊！满洲人对吴三桂失去信任，应该是从吴三桂亲身入缅擒杀永历的那一时刻起的。
顺治皇帝可以理解吴三桂在命运的压迫下屈辱地投靠，也可以用混合着欣赏与蔑视的眼光看着他拼尽心力在大江南北为他卖命。但是，当吴三桂为了进一步讨好他而再一次扑向故主时，福临不寒而栗了。吴三桂做得太过分了，过分得连被效忠的对象都有些难以接受。一条噬咬旧主来取悦新主人的狗，能让人放心吗？一个没有任何道德原则的人，可以为功，更可以为祸。
当吴三桂从缅甸回来，马不停蹄地投入镇压云南当地叛乱之时，顺治十八年（1661年），康熙皇帝即位了。
康熙皇帝基本上是在和平环境长大的，与从白山黑水走来的祖先不同，他接受的是正规而系统的汉文化教育。到了康熙这一代，爱新觉罗家族才真正弄明白了儒臣所说的天理人欲和世道人心的关系。出于内心的道德信条，他不能对吴三桂当初的投奔抱理解态度；对于吴三桂为大清天下立下的汗马功劳，他也不存欣赏之意。对这位王爷的卖主求荣，他更是觉得无法接受。对这位功高权重的汉人王爷，他心底只有鄙薄、厌恶，还有深深的猜疑和不安。
亲政不久的康熙皇帝在宫里柱子上悬起了一张字条，上面写着“三藩”的名字。那是困扰他的首要问题。为了帝国的长治久安，他必须用伦理纲常来整合人心。而任用叛臣作为帝国藩篱实在是不可接受的现实。“三藩”中，他最不放心的就是吴三桂。这个手握重兵的人是帝国内最大的危险因素。为了大清的江山万无一失，必须解决这个人，而要解决这个人，首先必须解除他的兵权。要解除他的兵权，就得撤藩。在康熙看来：“‘三藩’等蓄谋久，不早除之，将养痈成患。今日撤亦反，不撤亦反，不若先发！”
刚刚二十岁的康熙说干就干，康熙十二年（1673年），撤藩的诏书送到了云南。
对吴三桂来讲，这确实是当头一棒。云南是他苦心经营准备留给子孙后代的。他为满洲人打下了大半个中国，云南这块封地并非过厚的报酬。对此，吴三桂和顺治之间有着某种心照不宣的默契。可是现在，刚刚即位的康熙皇帝却要剥夺他用半生的出生入死肝脑涂地换来的这点报酬，未免太让他吴三桂难以接受。
兵权就是吴三桂的命根子。像吴三桂这样的叛臣，在这个世界上，已经失去了道义的保障。他的所作所为，使正人君子愤懑已久。而且，在军政上层生存了这么多年，他结交了许多朋友，也不可避免地树了许多敌手。一旦失去兵权，吴三桂的身家性命就会受到严重威胁。朝里多少人对他虎视眈眈！他之所以到处横行无碍，处处迎来满面春风，还不是因为兵权在握！朝廷催促撤藩的诏令一道接一道，面对年轻气盛的康熙皇帝一步步杀机毕现的举动，他好像别无选择了。吴三桂没想到康熙会这样薄情寡义，爱新觉罗家族会这样过河拆桥。“飞鸟尽，良弓藏。狡兔死，走狗烹。”看来竟是千古通义，历朝历代，概莫能外。可是，吴三桂实在不想再叛变了，叛变并不是他的专利。他原想在满洲人的庇护下，安安稳稳地终此一生。
几乎所有的史学家都把“三藩”叛乱的罪责归于吴三桂，我却愿意为他开脱。如果不是康熙帝对吴三桂个人品质的深刻反感，不是其人的年轻气盛以及超越祖业的雄心所驱动，叛乱本可以避免。如果康熙皇帝再老成一些，再等待几年，等已经六十二岁的吴三桂寿终正寝之后再采取措施，本可用和平手段解决“三藩”问题，对中国历史造成的震动会小得多。
事实是，在康熙十二年（1673年）九月撤藩诏下达之后，吴三桂经历了长达两个多月的犹豫彷徨。毕竟已经六十多岁了，吴三桂不再有当年“冲冠一怒为红颜”的锐气。明明大势已去，一向头脑清楚的他还在幻想皇帝能收回成命。可是，身边的幕僚们却比他清醒，他们日夜撺掇他起兵。智囊方光琛的进言一针见血：“王欲不失富家翁乎？一居笼中，烹饪由人矣！”
起兵势不可免了。只是，难道反叛竟是他的宿命？
六十二岁那年冬天的一个早晨，吴三桂又一次全身披挂。在练兵教场的鼓角齐鸣中，他纵马疾驰，连发三箭皆中靶心。虽然已是花发满巅，延陵将军风采依然，还是那么英武绝人！
吴三桂率领二十万人马又一次踏上了征程。一路上，风动尘生，杀气袭人。
起兵之初，形势对吴三桂颇为有利。吴三桂手下的官兵都是百战之锐，能征惯战，在吴三桂的指挥下，他们很快就拿下了贵阳、长沙、岳州、成都、常德、衡州，一路克捷。所到之处，清军望风披靡。
吴三桂又一次饮到了长江之水。他亲临常德指挥，陈重兵于长江南岸，摆出一副汹汹之势。这时，吴军士气高涨，将领中有人主张立明朝后裔以收揽人心，有人主张疾行渡江全师北上，有人主张沿江东下，控扼江淮以绝南北粮道。可是吴三桂拒不表态。时间一天天过去，开始时势如破竹的吴军仍在长江南岸按兵不动。
吴三桂自有他的打算。他想通过这个举动，向朝廷表明他并不是想真的反叛，他只是要保住自己应得的那份利益。他认为大军的一路摧枯拉朽，足以吓倒未经世事的小皇帝。他派人给朝廷送去奏章，请求停战。同时，又转托西藏的达赖喇嘛为他向朝廷“说情”，示以“裂土罢兵”之意。
他觉得自己的要求合情合理，康熙皇帝没有理由不妥协。
这个举动暴露了吴三桂的目光短浅。这正是他这个精明的投机者和真正的历史伟人之间的差别，也是注定他不能成大器的证明。他这样的人，在历史脉络的缝隙间可以游刃有余，却缺乏引导历史、创造历史的眼光和识度。武力有时可以决定一切，却不是无懈可击的论据。当他的努力和更多的人的利益针锋相对时，他的英勇、精明、识略都成了礁石上苍白的泡沫。
康熙皇帝比吴三桂想象的坚强许多。他身上有着吴三桂所最缺乏的东西：原则性。他并不认同吴三桂的逻辑。就在吴三桂按兵不动的同时，他正在紧张地调动军队，动员种种力量。当他初步站稳脚跟，调整好整个帝国应对危机的姿态后，他对吴三桂做出了回答：将吴三桂留质在京的长子吴应熊、长孙吴世霖处死，其余在京子孙免死，入宫为奴。
史书记载，当吴三桂听到这个消息时，正在吃饭，“闻报，惊曰：‘上少年乃能是耶！事决矣！’推食而起”。
至此，吴三桂的梦想才彻底破灭。他渐渐明白了自己的处境，一种不祥的预感笼罩了他的心头，自己的一生有可能以彻彻底底的悲剧收场。在历史大情节中摸爬滚打了一生的吴三桂，在晚年发觉自己一生奋斗的荒唐可笑。天下之大，竟然没有一条留给他的路。自以为聪明一世，英雄一世，谁料竟是一直走在绝境的边缘。家庭观念极重的他在自己的爱子幼孙身上倾注了许多情感，垂暮之年的这一新的打击，使他有些承受不了，“在人前不肯显出，暗地里哭，云吃这一伙（指撺掇自己起兵的幕僚）亏了”。
退路已断，吴军只好再次发动攻势。可是此时时机已失，清军已做好了充分准备。形势的力量毕竟大于人，吴三桂的大军开始步履艰难了。在清兵以举国之力奋力反扑之后，骁勇善战的吴军终于开始不断品尝失败。战局急转直下，吴三桂一生中的最后一次赌博很快就失去了任何一丝成功的希望。
康熙十七年（1678年），起兵五年之后，六十七岁的吴三桂在绝境中痛苦死去。
三年之后，叛军余部被肃清。吴三桂的子孙后代被彻底杀光，包括襁褓中的婴儿。
