一般认为农民起义无非是官逼民反造成的，但是在明末不单单是这样(事实上，任何的动乱都有其深层的因素，而不单单是腐败和道德沦丧所能简单概括的)。长期的原因还要追述到陕西地区贸易的衰落。专制王朝腐败无能无论在什么时代总是一样的，唯一兴亡的关键是：财政制度与实际脱节。王朝无法全面改革，导致全盘失败。
陕西是一个半农半牧的地区，缺乏对外贸易物资(如丝绸，茶叶，陶瓷等等)。而农业生产也只能维持部分的基本生活需求。但是陕西在明朝前中期却拥有绝对的对外陆上贸易口岸的优势地位，贸易主要是以茶叶换取马匹(所谓的“茶马贸易”，因为茶叶是西北游牧民族的生活必须物资)。贸易流程来说：就是四川，湖广地区的茶叶经过贩运到陕西地区集中，然后在边境管理官员监控下进行互市交易，以换取牲畜(主要是马匹)和金银等贵金属;贸易必定要使得服务业跟进，也就是说很多金银等会被当地服务业(如钱庄，餐饮，住宿等等)所吸纳。这样的财政或者是民间收入又可以使得陕西买进东南中国的粮食等以补充本地生产的不足。另外的，明初推行的军屯卫所制度。军事后勤上，军队也通过这个贸易解决军马和粮食补给问题。可以说，该经济模式弥补了中国境内东南富西北贫的不均衡局面，形成一个南北循环的经济体系。
但是16世纪末到17世纪初，一方面是北半球气候周期性变冷，导致北方中国，特别是西北地区的干旱，破坏农业生产;更恶劣的情况是西北少数民族：蒙古瓦剌部以及青藏青海地区衰弱导致了茶叶贸易无法继续维持的境地(气候造成马匹，牲畜的产量降低，而且长期的贸易逆差导致西北部族缺乏能够交易的贵金属)。另外的则是产茶地区的变化，由于贸易下降，劣质茶叶生产的利润已不可取，导致茶叶庄园的劣质茶叶生产的败落，转向国内的优质茶叶生产则没有受到多大影响。各个方面的原因，导致了陕西为代表的中国西北地区经济状况急剧恶化，长期则造成百业萧条，军队战斗力下降的状况。 而奥斯曼帝国的崛起和新航路的开辟也开始作用于传统的贸易路线，打击了西北贸易。
而对中国不幸的是：东北地区满族也在这个时代崛起，明帝国和满族开始了长期的战争。这个战争继续耗费着明政府的庞大但是分散的资源，从而使得政府不但不能对灾害做出应对，更是把原有的经济财政制度的基础压垮台了。增加战争税捐的临时措施，是征收平行税而非累进性税收(穷人和富人一样的负担)和附加人头税(将帝国政府的财政来源强加于庞大的贫困人口，而富人则所受影响不大，这样的办法，可以想像因为税收增加的额度也是低的，太高了平民无法承担，所以增加的收入不高，但是却使得穷困的民众觉得难以接受，虽然额度不大，但是种类很多，甚至有夸张到几十种之多的)。而且为了增加税收也荒废了地方政府的其他行政行为(不同种类的税收要不断的派人跑村庄，已经不可能使得基层政府有时间去做其他公共事业了)，僵化的体制和行政作风进一步加剧了灾难的扩大。另外方面，明朝以来陕西人口渐进增加，土地毕竟有限，所以很大一部分人从事所谓的贸易服务或者迁移，但是这个时期其中一大部分由于原先的从事贸易以及服务行业因为贸易衰落而放弃(但是他们早已把土地典当出售，丢弃原有的从事土地生产)而季节灾害的加剧也导致从事农业的收益破灭，为了生活，土地也一样被舍弃典当。一方面有很大部分人成为无业流民，而另外的是土地的集中兼并，也导致了很多农民失去土地。各方面的原因加起来，点燃了起义的烽火。
自然，人为，经济财政体制僵化，官员思想保守，战争会集了一场颠覆帝国的动乱。很多人认为是明朝官员腐败的原因，但是我认为是否定的，腐败无论何时都有存在。为什么后来的满清在接手后任用了庞大的明朝汉族文官集团，并没有走明朝的覆亡之路。一方面，战乱导致人口的大幅度减少，从而达到了陕西地区的土地可承载限度，另外的是战争结束后，附加税收的废除，雍正的"摊丁入亩"废除了人头税，从而使得税收更合理化，而东北地区的金银已不需要运送，使得财富南流，促进了东南地区的经济繁荣;僵化的体制和办事方式得到修正。无论怎么说，陕西以后再也没办法恢复贸易地位，取代它的山西"晋商"走上了历史舞台。
当年明朝崩溃不单是陕西一部分的原因造成的，总体来说，是帝国财政已经无法正常运转，制度僵化造成的。若茶叶贸易衰落打断了西北地区的经济脊梁，那么盐引制度(食盐贸易走私猖獗，盐引制度支撑着东南经济和北方国防的循环)的崩溃则造成了北方边疆，特别是东北地区的衰败，南方经济和北方经济脱节，南北差距加大造成了财富以及生产的南移，从而从内部使得国家走向灭亡深渊。 当然强制性的财政输出并不能拯救局势。明帝国为了辽东战争通过白银北运发放军饷，支持军事机器的运转，但是却犯了大忌。一方面，庞大的金银无法就地购买物资装备，反而导致地区性通货膨胀。因为毕竟辽东地区生产物资不可能短期内增长迅速。滥收税收也导致了南方银根从紧(特别是爆发江南抵制税收)，从而使得政府财政加速崩溃，前景更加暗淡。直到袁崇焕上台后，积极恢复辽东生产，开放民屯，军屯，才使得局势平稳。袁崇焕建筑边疆防御体系，恢复辽西经济生产似乎本笨，实际上却容易生聚人口，减少中央对东南的压力，虽然不能打击后金，但是抵挡已经足够，其留下的辽西生产军事基地也使得明朝延续了一段时间(事实上，终后金两代雄主都无法用战争摧毁辽西防御体系)。
所以明朝的灭亡，不是国家不强，也不是战将不猛，终其灭亡，国家富裕而国用不足(事实上，从戚继光平倭组建私人军队开始已经表明明朝的财政机制对付军事行动已经僵硬。而满清承继了明朝的体制，随着八旗的没落后，其军事能力就差了，特别是近代以后淮，湘军事集团都以地方崛起就不足为怪了。)宋朝的灭亡在于军事无能，但是财政能力不错，终能守住东南半壁，甚至抵抗蒙古达半世纪，而明朝则缺乏财政能力，无法组织有效抵抗，到后期郑成功利用贸易，才组织的像样的抵抗。
明朝的灭亡就是太过以宋朝灭亡为鉴，在财政上彻底改变了宋朝财政办法，反其道而行之。这样不但造成了大规模对外战争很难，连对内的水利建设和公共工程的进步也很难，所以朱元璋宣布永不对外征伐，而北方经济也没有恢复(北方现代仍然在粮食生产上占主要地位，而明时期，北方大地产下，水利投资不足，也导致人口不足，农业生产不足)。
