许多人认为万历长年“不朝”，是万历怠政的一个重要表现，也是国事艰难的原因。事实上，不上朝和不理政是完全不同的两个概念，“万历三大征”的胜利就是在不上朝的时期取得的。
万历中期后虽然不上朝，但是不上朝之后并没有宦官干政，也没有外戚干政，也没有严嵩这样的奸臣，朝内党争也有所控制，日本入侵朝鲜、女真入侵和梃击案万历都有反应，表示奏章还是有在看，并透过一定的方式控制朝局。
《明史·神宗本纪》指出，“明之亡，实亡于神宗”。
黄仁宇在《万历十五年》曾提到“当一个人口众多的国家，各人行动全凭儒家简单粗浅而又无法固定的原则所限制，而法律又缺乏创造性，则其社会发展的程度，必然受到限制。即便是宗旨善良，也不能补助技术之不及。”
