在崇祯时代担任政府高级官员，尤其是那种独当一面的高级官员，并不是一件愉快的事情。崇祯朝非正常死亡的高级官员，远远多于中国历史上的其他时代，如熊廷弼、王化贞、杨镐，他们要么死于当权者制造的冤狱，要么死于崇祯的一纸诏书，要么死于事败后的畏罪自杀。但是，与一代名将袁崇焕之死—凌迟而死相比，他们的死已经算得上非常体面、非常人性化了。
崇祯三年(1630年)八月，北京城一派肃杀，凌迟袁崇焕的消息早就不胫而走。多次遭受后金军队骚扰的北京吏民无不欢呼雀跃，在他们看来，袁崇焕这个引狼入室的汉奸终于要遭到应有的惩罚了——袁崇焕是以勾结后金、阴谋叛逆的罪名被捕的。
《明季北略》中记载了袁崇焕受凌迟的细节：袁崇焕被凌迟到“皮肉已尽”时，还没有断气，“心肺之间叫声不绝”，“百姓将银一钱，买肉一块，如手指大，啖之。食时必骂一声，须臾，崇焕肉悉卖尽”。
袁崇焕是广东东莞人，另一说广西藤县，可能因为生得黑瘦矮小，崇祯曾亲切地称他“袁蛮子”。像明朝的大多数官员一样，袁崇焕也是通过科举考试进入仕途的，他是万历四十七年进士，同年被授福建邵武知县。万历四十六年，努尔哈赤发表七大恨宣布与明朝誓不两立，它像一座城市的地标，乃晚明的标志性事件：对袁崇焕来讲，意味着这位固执自负的南方人，即便身处远离辽东数千公里外的福建做地方官，却依然在处理钱粮与诉讼之余对辽东边事无限关注。《明史》称袁崇焕“为人慷慨富胆略，好谈兵……以边才自许”。后由于御史侯恂的举荐，知县袁崇焕被破格提拔为兵部职方主事。
史书中记载了两件关于袁崇焕的轶事：其一，天启二年，刚被提拔为兵部职方主事不久，恰好遇到广宁战役中明军大败，朝廷商议派人守卫山海关。袁崇焕得知此事后，单骑前往山海关明察暗访，由于没给兵部首长请假，部里竟然不知道这位主事去了哪里，家里人当然也不知道。过了段时间，袁主事回来向首长表示：给我军马钱粮，我足以守卫此关。其二，努尔哈赤去世时，身为宁远前线最高指挥官的袁崇焕不经朝廷授权，就自作主张派人前往吊唁，虽然究其实质，乃是想借吊唁之机刺探敌情，但后金毕竟是大明多年来的强硬敌对者，没有朝廷命令而擅自与之互通往来，乃大忌。
由这两个细节可以看出，袁崇焕是一个优秀的实干家，一个行动主义者。富于理想和激情，却往往为了理想而置游戏规则于不顾;作为体制内的高级官员，他喜欢独行专断，机杼自出，凭借他的才华和一腔报国激情，他也的确干出了一番成效。但他不明白一个事实：他是个刚愎自用的人，而恰好他的主子崇祯也是一个刚愎自用的人。两个刚愎自用的人成为上下级，当外在形势紧张之时，他们或许可能有合作蜜月，但互相猜忌一定会随着时日的流逝而潜滋暗长，而这种潜滋暗长的猜忌注定有一天会酿出一场不可避免的大悲剧。
崇祯元年(1628年)四月，崇祯任命袁崇焕为兵部尚书兼右副都御史，督师蓟辽，兼督登、莱、天津军务。七月，经过几十天的长途跋涉，袁崇焕从家乡来到了熟悉的北京城，崇祯立即在平台召见。然而，此次平台召问，再次暴露了袁崇焕的性格弱点，他不假思索的豪言壮语，成为日后遭受极刑的诱因之一。崇祯礼貌地和袁崇焕略事寒暄之后，就迫不及待地问袁崇焕：“建部(后金)跳梁已有十年，封疆沦陷，辽民涂炭。卿万里赴召，忠勇可嘉，所有平辽方略，可具实奏来！”袁崇焕回答：“所有方略已另写奏本。臣受皇上知遇之恩，召臣于万里之外，倘皇上能给臣便宜行事之权，五年而辽东外患可平，全辽可复。”
这肯定是第一个在崇祯面前为平定辽东定下日期的能吏。一听说只要五年时间就能化解辽东大麻烦，被汹汹天下搞得焦头烂额的崇祯喜悦之情溢于言表，一旁陪同接见的内阁重臣们也莫不欢欣鼓舞。然而，也有人对袁崇焕的五年计划表示怀疑，此人就是兵科给事中许誉卿。他趁崇祯接见中途回后宫休息的间歇，悄悄问袁崇焕有何方案，然而袁崇焕的回答大出许誉卿的意料，“聊慰圣心耳”！许誉卿闻言大惊，提醒袁崇焕：“皇上英明至极，你岂可浪对？到时按期责功，你怎么办？”
当崇祯再次回到平台时，袁崇焕立即对五年计划提出了相当的条件：第一要户部保证钱粮;第二要兵部保证武器;第三要吏、兵二部保证给他用人上的主动权。对这些近乎苛刻的条件，崇祯一一应允，并赐给他先斩后奏的尚方宝剑，而正是这把令人望而生畏的尚方宝剑，后来断送了袁崇焕的性命，也在某种意义上断送了大明的江山。
曾亲历过甲申之变的明季文人张岱对这次平台召问和袁崇焕本人的悲剧性格作了深入的剖析：“袁崇焕短小精干，形如小猱，而性格躁暴，攘臂谈天下事，多大言不惭，而终日梦梦，堕幕士云雾中，而不知其着魅着魇也。五年灭寇，寇不能灭，而自灭之矣。”张岱的评价略显刻薄，却基本符合历史事实。知识分子出身的袁崇焕尽管久在沙场，过着铁马甲衣的行伍生活，但仍然有着知识分子特有的夸夸其谈、好为大言的特性。这样的知识分子，对国家和君主的忠诚无可置疑，对所负责任也竭尽全力，但却无法掩盖一个铁定的事实：他们往往有志大才疏的嫌疑。他们过于相信自己的忠心与赤诚能够挽狂澜于既倒，却不知道大厦将倾时已是独木难支。更何况，手捧尚方宝剑，在崇祯热切的期望里远赴辽东的袁崇焕面对的是一个极其麻烦的烂摊子。
首先是钱粮。尽管衮衮诸公都清楚要想马儿跑就得让马儿吃草的浅显道理，但守卫辽东的将士却长年领不到军饷。因此，几乎横贯了晚明军史的主线就是缺饷的士兵不断哗变、逃亡。就在袁崇焕赶往辽东之时，辽东最高行政首长毕自肃和总兵朱梅等人被缺饷四个月的士兵抓住后打得血流满面，毕自肃获释后，愤而上吊自杀。袁崇焕到任后，朝廷的确给辽东拨发了部分军饷，但与巨大的开支相比，仍属杯水车薪。袁崇焕不得已向崇祯上书，要求崇祯能把内帑用于辽事，否则兵变还会不断发生。而崇祯最恨大臣们提议动用他的私房钱，哪怕这私房钱是用来保卫他们朱家的江山和朱家的性命。
所以，可以想象，袁崇焕的提议根本不可能被崇祯采纳，反而还会在崇祯心里投下第一道不满的阴影。
其次是坐大于皮岛的毛文龙已成尾大不掉之势。处理毛文龙问题的轻率与专断，在很大程度上促成了袁崇焕的悲剧命运。
皮岛又称椴岛、东江，是位于渤海中的一座长15里、宽10里的岛屿，与鸭绿江口的獐子岛和鹿岛遥相呼应，呈三足鼎立之势。由于皮岛地处当时的后金、朝鲜和明朝的辽东、山东登州、莱州之间，战略位置十分重要。毛文龙原是杭州的一个无业游民，30岁时经其舅父推荐给辽东巡抚王化贞，很快脱颖而出，一直升到副总兵。此后，他率军进驻皮岛，利用该岛的交通要枢条件，召集流民，通商开发，几年间就使该岛遂“称雄镇”。皮岛地处后金海上咽喉之地，当明军在辽东的几座重镇相继失守后，皮岛的战略意义更加突出。
应当说，毛文龙尽管有过杀良冒功的行径，但他治理的皮岛对后金仍是极大的牵制，朝廷包括对政事一向不感兴趣的天启都充分认识到了这一点，不仅把他提升为总兵，还多次派人前往慰问。对毛文龙的作用，翰林院编修姜曰广认为：“建州之有东江，犹人身之有蚤虱也。撮之则无处著手，听之则吮肤而不宁……使无东江，则彼得用辽人耕辽土矣。”也就是说，毛文龙像叮附在后金身上的一只跳蚤，虽然不至于使后金为此丧命，却可以不断地骚扰它，使它不得安宁。但坐镇一方的时间稍长，这只跳蚤就变得不那么容易控制了，朝廷上下开始对毛文龙由腹诽到口诛笔伐，而毛文龙也的确由于久镇一方而变得骄横不法：
其一，他几乎把皮岛的驻军变成了毛家军—军中担任要职的，大多是他的子侄或义子，将领全部姓毛;
其二，他虚报兵额20万，其实不到5万，其他十几万人的军饷，大多落入他的私囊;
其三，他利用皮岛地处海上要冲的优越地理位置，向来往商船征税，而这并没得到朝廷的授权。
袁崇焕对毛文龙的这些不法情况了如指掌，而且，这位有道德洁癖的忠臣在还没有正式接触毛文龙之前，就已经定下了应对之策。还在京城期间，阁臣钱龙锡问及如何处理和毛文龙的关系，袁崇焕脱口而出：“可用则用之，不可用则杀之。”不难看出，驱使他这样做的并不是个人私利，而是个人的道德好恶。他看不惯毛文龙的骄横不法，更看不惯毛文龙对朝廷诏命的阳奉阴违。但无论如何，毛文龙罪不致死，更何况，大敌当前，毛文龙也算是独当一面的方面大员，如此草率地加以杀戮，袁崇焕何其失策。
果然，袁崇焕到任后，和毛文龙关系极为紧张。他首先派官员到皮岛对毛文龙的经济进行审计，接着又宣布海禁，不许商船径直开往皮岛。这第二招颇为毒辣，其直接后果就是使毛文龙原本十分丰厚的税收从此颗粒无收。毛文龙当然不愿就此服输，他多次上书崇祯，但崇祯态度含糊，不肯表态。奏章中，毛文龙悲愤地说：“诸臣独计除臣，不计除奴，将江山而快私忿，操戈矛于同室。”以后发生的一系列变故证明，毛文龙这一介武夫的激愤之语并非虚妄之词，只是那时的变故，不仅毛文龙看不到，袁崇焕也看不到了。
袁崇焕上任伊始，首先对付的竟然是自己人毛文龙，这是很令人惊讶的事情，隐约透露出这位以忠勇自诩的高级将领，大概也信奉“攘外必先安内”的信条。毛文龙不愿服输，袁崇焕理所当然地认为这就是“不可用”，既然不可用，那么就要杀之。
对付毛文龙一事，充分体现了袁崇焕的智谋，可惜，这智谋对付的不是虎视眈眈的后金，而是同一战壕里的战友。袁崇焕一面对毛文龙动了杀机，一面为了麻痹他，主动给他送上一大批军饷。紧接着，袁崇焕以阅兵为名，于崇祯二年六月深入皮岛。对此，毛文龙全然不备。当毛文龙手下的将领前来参见袁崇焕时，袁当即煽动—我在宁远前线的官兵，军饷比你们高，都还吃不饱，你们在海上更加劳苦，军饷却更低，还要靠它养家糊口，我对此感到心酸。你们受我一拜吧。毛文龙手下将领对袁崇焕的一席话，既有几分感动，又有几分畏惧，古人所谓恩威并施，大抵如此。就是在这次会议上，袁崇焕当众宣布毛文龙有十二大罪，然而真正沾得上边的不过两三条而已，其他大多是捕风捉影的罗织之词。更何况，真正要处死一个高级将领，只要有一条坐实的大罪就行了。过多的罪名反而暴露了一个事实，那就是罗织者生怕罪名不够充足，理由不够充分。
毛文龙当天即在帐前遭斩首，死在他苦心经营了10年的皮岛上。毛的部众被袁崇焕整编，毛家军从此不复存在。
虽然此前崇祯赐予了袁崇焕可以便宜行事的尚方宝剑，但袁崇焕竟然在不作任何汇报的情况下，擅自处死一名朝廷和崇祯均认为可以独当一面的高级官员，这不仅是简单的越权，简直就是擅作威福的草菅“官”命。
然而，崇祯也有他的苦衷：他刚把辽事全盘托付给袁崇焕，把袁崇焕确定为力挽狂澜的不二人选，袁崇焕本人也立下了五年平辽的军令状，那么，追究处死毛文龙之罪，不但毛文龙已死而无济于事，反而有可能影响五年平辽大计。也就是说，当崇祯迫不得已下诏对袁崇焕的行为表示赞许时，这位君主的内心有一条基本的底线，那就是袁崇焕必须兑现五年平辽的诺言。
如此一来，袁崇焕相当于把自己推上了绝路。
当袁崇焕处心积虑地解决他认为尾大不掉的毛文龙时，后金抓住这一有利时机，在安抚了漠南蒙古之后，皇太极亲率10万大军，绕开袁崇焕重兵防守的宁远和锦州，从辽西经蒙古地面，由蓟门一带明军防守的薄弱地带入侵。当皇太极的大军越过喜峰口长城，兵临距北京只有二三百里的遵化城下时，袁崇焕才如梦初醒，急忙亲率主力进入山海关增援。这时的北京早已人心惶惶，崇祯二年十一月初四，也就是袁崇焕星夜驰往关内的前一天，山海关总兵赵率教为免北京被围的困境，在遵化与皇太极激战，不幸战败而全军覆没。次日，也就是袁崇焕大惊之余入关那天，遵化守军崩溃，巡抚王元雅自杀，副总兵朱来同等人弃城逃跑，总兵朱国彦与夫人一同自杀。朱国彦自杀前，把临阵脱逃将领的名字一一书写在案。
几个月前，袁崇焕在平台召问时，信誓旦旦地向崇祯表示五年平辽，刚愎而又多疑的崇祯正是看在这一点上，才对袁崇焕冒失诛杀毛文龙不加计较，而今，不但平辽成泡影，后金大军竟然兵临城下，崇祯气恼之余，还多了一种被欺骗的愤怒。崇祯一面起用孙承宗守卫京师，一面下令调外地军队勤王。事已至此，如果袁崇焕能够及时打退皇太极，估计崇祯虽然仍会对他心怀不满，但肯定不至于被撤职，更不至于被下狱。可怕的是，袁崇焕一不小心又犯了个错误—导致他犯这个错误的，不是能力，而是他的忠心。当时，京城已有谣言，说皇太极此次入侵，是袁崇焕已暗中降了后金。袁崇焕从关外星夜赶往京城，本应在京城以外的通州地面和后金军队决战，但他怕北京有所闪失，就径直率大军直抵京师门外，并要求军队入城。手握重兵的大将要求深入京城，多疑的崇祯哪里信得过？在袁崇焕而言，他以为自己是十足的忠诚，是在为君王考虑;而在崇祯和朝廷大臣而言，袁崇焕不在城外退敌，却想率军入城，谁能保证他真的和后金没有丝毫瓜葛？再者，由于不少皇亲国戚和太监都在城外修有别墅，这些别墅大多遭到后金军队的洗劫和焚毁，皇亲国戚和太监们没法找后金讨说法，于是都迁怒于袁崇焕。
这时，皇太极仅仅套用了《三国演义》中并不高明的离间之计，就使得袁崇焕从封疆大吏一落而为阶下之囚。与其说这是皇太极的高明，倒不如说是崇祯对袁崇焕的所谓信任原本就是镜花水月。
崇祯没有立即对袁崇焕动手，倒不是他相信袁崇焕，而是后金军队还在北京城外。崇祯于十一月二十三日在平台召见袁崇焕。袁崇焕此时也深知自己处境不妙，因此，他极力向崇祯和其他大臣渲染后金如何强大，如何势不可当。他甚至向其他大臣说，满洲人此来是想做皇帝，已选定在某天准备登基了。袁崇焕之所以如是说，并不是他惧怕后金军队，而是希望借强大的后金胁迫朝臣们向崇祯提出与后金议和，争取缓冲时间以备战。然而，已经对袁崇焕和后金有密约半信半疑的崇祯只是顾左右而言他。
深究君王与大臣的关系，很容易就能感受到其中难以用语言描述的微妙。他们之间也是一场博弈，只是这场博弈往往被喷上忠诚和贤明之类的油彩。尽管崇祯已对袁崇焕心生恶念，但他在平台召见时仍然做出和蔼可亲的样子，还把自己的貂皮大衣脱下来，亲自给袁崇焕披上。中国历史上，经常可以看到的一个细节就是，主子脱下自己的衣服给臣子披上，而臣子此时除了感恩戴德，就是暗暗下定决心，要为主子流尽生命中的最后一滴血。
仅仅过了几天，当崇祯安排好接替袁崇焕的人选之后，这位和蔼可亲的人君一下子变得声色俱厉：十二月初一，袁崇焕被召进宫，依然是在前两次召见的平台前，暴怒的崇祯下令将袁崇焕拿下。
接下来，崇祯下旨，将袁崇焕“依律磔之”，其妻子和袁崇焕的兄弟一起，流放两千里以外。那场“大快人心”的凌迟就这样不可阻挡地发生了。当袁崇焕在刽子手冷漠无情地数刀数的声音和周围看客们兴奋的斥骂声中承受临死前的煎熬时，注定了大明帝国只有毁灭才是最终的结局。
