毛文龙在战争所立赫赫战功的确值得人称赞，但是毛文龙此人其实是一个典型的刺头。要是有一个能完全驾驭他的人在，那么他就能发挥出极为强大的力量，但是一旦无人可驾驭他了，那么他骄横跋扈的性子绝对是展露无遗。
毛文龙后来在辽东的主帅是登抚袁可立，袁可立在毛文龙崭露头角之时就一直接济毛文龙。无论是军饷还是请功方面都给予毛文龙极大的优待，可见他对毛文龙的期待。而毛文龙在他的领导之下，屡立战功，当时朝廷还嘉奖道：“巡抚佥都御史袁可立厥治行劳哉，赐汝朱提文蟒。汝嘉而毛帅骄愎不协，蛊于兵，满蒲昌城袭报用敢献功。”
后来袁可立请求辞官后，毛文龙欺瞒跋扈，与继任的登莱巡抚们关系配合得极为不好，这座烈马再无人可以驾驭。
另外毛文龙性格中还存在着一个极大的缺点，那就是恩将仇报，眦睚必报。毛文龙之所以能屡建战功，绝对离不开其上司袁可立的支持，后来袁可立辞官，毛文龙再没有立过像样的战功。就是这样一个处处为毛文龙着想的上司，在后来却因为清查军饷一事，被毛文龙记恨，唆使诸多官员参奏袁可立，致使其辞官。而袁可立得罪毛文龙的原因，完全是毛文龙本身的错误。毛文龙此人贪饷甚多，以致于袁可立每次为其请增军饷的时候，都得到文 官的反对质疑。
袁可立后来请查毛文龙本意是想让文官看见毛文龙的每一份钱粮都用在了实处，哪知道毛文龙此人是真贪了军饷。所以袁可立这么一请旨，立刻就得罪了毛文龙。
袁可立一走，毛文龙与好几人继任者都不和。后来袁崇焕作了毛文龙的顶头上司，对于这么一个刺头，袁崇焕直接找了个原因就将其斩杀了。后世对于袁崇焕该不该斩杀毛文龙存在异议，有人说袁崇焕斩杀毛文龙是对的，毕竟新官上任三把火。也有人说，毛文龙立了那么多战功，而在斩杀他之后，袁可立辛苦经营多年的海上防线荡然不存，致满人敢倾国中之力大举犯明，所以斩杀毛文龙是不对的。
