早期经历
侯君集，豳州三水人，早年人比较浮夸，学弓箭学不会，还号称自己有勇武。后来加入秦王府，跟随李世民南征北战，立下军功，逐渐被李世民赏识，得以参与各项事务的谋划。被封为左虞侯、车骑将军，封全椒县子。
唐武德九年(626年)，李世民与李建成的矛盾激化，李建成拉拢尉迟恭不成，于是派人刺杀，失败后尉迟恭与侯君集劝谏李世民早点下决心与李建成了断，于是李世民发动玄武门事变，率领侯君集等人诛杀李建成及李元吉。李世民即帝位后，封侯君集为左卫将军、潞国公，赐邑千户，后又封为右卫大将军。
贞观四年(630年)，侯君集被迁为兵部尚书，开始参与朝政。李世民打算讨伐吐谷浑伏允，任命李靖为西海道行军大总管，命侯君集与李道宗为李靖的副手。
讨吐谷浑
贞观九年(635年)三月，李靖攻灭东突厥后，率领侯君集开始讨伐吐谷浑，大军行至鄯州，李靖在侯君集的建议下，挑选精锐，长驱直入。伏允在库山被击败后，轻军奔走沙漠。李靖与薛万钧、李大亮从北，侯君集与李道宗从南分两路长途奔袭，追击伏允。当时夏天却有霜降，山里有很多积雪，但侯君集等克服自然困难追击二千多里地，先后于逻真谷、汉哭山、星宿川、柏海等大破伏允军，斩获颇丰。侯君集一路追击到积玉山，见到河水的源头，才回师与李靖在大非川会合，班师回朝。(详见唐击吐谷浑之战)
贞观十一年(637年)，侯君集获封陈州刺史、陈国公。十二年(638年)官拜吏部尚书、光禄大夫。侯君集出身行伍，没有读过什么书，获得高官厚禄以后开始读书学习，参与官员的选拔，定制考核题目。侯君集出为武将征伐，入为大夫参与朝政，一时间享有美誉。
攻灭高昌
贞观十三年(639年)，高昌王麹文泰断绝西域与中原的商业往来，于是李世民征召麹文泰入朝，麹文泰称病不去，李世民任命侯君集为交河道行军大总管，契苾何力为葱山道副大总管。率领大军前往讨伐。麹文泰听到这个消息后对国人说：“唐国距离高昌有七千余里，有沙漠两千里，冬冷夏热，没有水草，大军难以前行。若唐军强行军至高昌二十天内粮草必然吃完，那时候与唐军接战一定打败他们，所以没有什么好担心的。”然而侯君集率领大军行至碛口，麹文泰却已经病死，其子麹智盛继承王位。
贞
《贞观之治》的侯君集观十四年(640年)，侯君集等率兵行至柳谷，探马禀报说麹文泰将要安葬，高昌国人到时候聚集一处，可趁机袭击。但侯君集却认为趁其墓葬时偷袭不是问罪之师，而拒绝这么做。侯君集于是领大军前进攻略高昌城土。侯君集劝降未成后，侯君集调集攻城器械开始攻城。用推车撞击女墙，用抛车往城中砸石头，城墙上和城里的人被砸的溃烂，很快便将城池打破，掳获男女七千余人。侯君集乘胜进兵，包围高昌国都城。
高昌新王麹智盛穷途末路，于是致书给侯君集说是先王对唐天子无礼，而自己刚刚继位没有什么过错，希望侯君集能手下留情。侯君集回书给麹智盛说如果是真心悔过，就在军门束手投降。但麹智盛却指望西突厥能派兵来援，而西突厥欲谷因为害怕唐军不敢来。此时侯君集又调集工程器械开始攻打，抛车砸出的石头让城内人无处躲避，麹智盛无计可施，开城投降。侯君集于是分兵平定高昌各地，高昌国灭亡。
侯君集灭高昌后，在未奏请李世民的情况将一些没有罪的人发配，又私自将高昌国宝物据为己有。手下将士们知道后也开始盗取金银珠宝，侯君集害怕自己做的丑事被揭发，于是不敢治将士们的罪。班师回朝后司法官将侯君集下狱，但中书郎岑文本以为侯君集是功臣大将，不能轻加屈辱，于是上书李世民请求将侯君集释放。而侯君集自以为立下大功却因为贪财而被囚禁，感到非常不快。
贞观十七年(643年)，张亮被派往洛阳做都督，侯君集问张亮：“怎么会遭到排挤？”张亮说：“如果因为公务在外做官就是遭到排挤，那么谁才是最冤枉的？”侯君集又说：“我平定一个国家，回朝后惹得皇上大怒，怎么不是排挤？”侯君集说着还挽起袖子说道：“这样子活不下去，你能造反吗，要是可以，我和你一起造反。”张亮将侯君集的话告诉给了李世民，李世民对张亮说：“你和侯君集都是功臣。这些话侯君集只告诉给了你一个人，到时候他死不认账，你也拿他没办法。”于是李世民将这件暂且放下，对待侯君集还是和以前一样。而后李世民命阎立本画侯君集等二十四人的画像置于凌烟阁，侯君集位列第十七名。
谋反被杀
贞观十七年(643年)，太子李承乾担心自己被废，得知侯君集常有怨恨，而侯君集的女婿贺兰楚石又在东宫任职，于是多次派他引侯君集入东宫。侯君集觉得李承乾无能，想利用他，于是劝李承乾谋反。侯君集与李承乾谋划好之后，担心计划泄漏，心中不安，常常晚上睡不着，妻子非常奇怪，对侯君集说：“你是国家大臣，每天晚上这样，一定是有什么事。如果你做了什么对不起国家的事，应该自己到皇上面前去领罪，这样才能保全自己。”但侯君集没有听妻子的话。
而后李承乾事情败露被废，贺兰楚石又将侯君集与李承乾一起谋划的事告诉李世民。李世民觉得侯君集有安定国家的大功，不想治侯君集的死罪，但群臣进谏说侯君集的罪天地难容。李世民非常难过，将侯君集处死，临死前侯君集请求赦免自己的妻子和儿子，好为自己守丧。李世民同意后将其妻子儿子迁至岭南。
轶事典故
唐太宗曾让李靖教侯君集兵法，后来侯君集上奏唐太宗，说李靖将反，因为每到精微之处，李靖则不教授。唐太宗听后责备李靖，李靖却回答说：“这是侯君集想要谋反。如今中原安定，我所教他的兵法，足以安制四夷。如今侯君集求学尽臣的兵法，是他将有异志啊。”此时，侯君集尚未有任何反迹，唐太宗似不相信。一次，朝后回尚书省，侯君集骑马越过省门数步尚未发觉。李靖见到这种情况，便对人说：“侯君集意不在人，必将谋反。”
历史评价
魏元忠：“李靖破突厥，侯君集灭高昌，苏定方开西域，李勣平辽东，虽奉国威灵，亦其才力所致。”
刘昫：“侯君集摧凶克敌，效用居多;恃宠矜功，粗率无检，弃前功而罹后患，贪愚之将明矣。张亮听公颖之妖言，恃弓长之邪谶，义儿斯畜，恶迹遂彰，虽道裕云反状未形，而诡诈之性，于斯验矣。万彻筹深行阵，勇冠戎夷，不能保其首领，以至诛戮。夫二三子，非慎始而保终也。”赞曰：“君子立功，守以谦冲。小人得位，足为身害。侯、张凶险，望窥圣代。雄若韩、彭，难逃菹醢。”
宋祁：“侯君集位将相私谒太子，张亮养子五百人，薛万彻与狂竖谋，皆死有余责，又何咎哉？”
苏洵：“汉之卫、霍、赵充国，唐之李靖、李勣，贤将也。汉之韩信、黥布、彭越，唐之薛万彻、侯君集、盛彦师，才将也。贤将既不多有，得才者而任之可也。”
朱元璋：“侯君集有功于唐，犯法当诛，太宗欲宥之，而执法者不可，卒以见诛。非高祖、太宗忘功臣之劳也，由其恃功骄恣，自冒于法耳。”
家族成员
高祖父：侯恕(魏北地郡守)
曾祖父：侯欣(泰州刺史、奉义县公)
祖父：侯植(骠骑大将军，肥城县公)
父亲：侯定(车骑大将军、潞国公)
墓葬
据《三水县志》记载，侯君集墓在三水县东北鸡阜山巅，现已被毁。
