清太医院初设在北京正阳门内东江米巷，今东交民巷西口路北附近。太医院大门悬挂“太医院”匾。大门前左为“土地祠”，右为“听差处”。太医院有大堂五间，悬挂康熙帝御赐名医黄运的诗文：“神圣岂能再，调方最近情。存诚慎药性，仁术尽平生。”医生讲求“诚慎仁术”四字。大堂左侧南厅，是御医办公厅堂，右侧为北厅。后为先医庙，供奉伏羲、神农、黄帝的塑像，有康熙帝御书“永济群生”匾。先医庙里有铜人像，庙外有药王庙，庙连接大堂的是二堂、三堂。
光绪二十七年(1901年)《辛丑条约》后，东交民巷被划为外国驻华使领馆区。翌年，太医院迁到新建衙署，在今地安门东大街113号院，大堂东西3间，进深3间，现基本保存。东院为药房。今前院有28户居民，后院为五中分校使用。太医院在宫内上驷院北设有待诊、休息的处所，旧称“他坦”，又作“塌潭”，为满语音译，汉意是“住屋、住所”。岁月流逝，现已无存。
康熙吃西药——给皇帝看病的不一定是御医
明清的太医院，兼具卫生部、总医院、医学院和保健局四种功能。康熙三十二年(1693年)五月，康熙帝因患疟疾，服用法国传教士洪若翰等进的金鸡纳霜(奎宁)而病愈。光绪二十四年(1898年)九月初四，法国驻华公使馆多德福医生曾为光绪帝诊病开药。不过，太医院始终是以中医中药为主。
御医职责主要有八项：侍直、进御、扈从、奉差、储药、祭先医、诊视狱囚、施药等。其侍直，各以专科，分班轮值，在宫中称宫直，在外廷称六直。宫直在御药房及各宫外班房值班，六直在外直房(如畅春园、圆明园)值班。扈从，皇帝出巡，御医或奉旨点用，或按班轮值，都给夫马、车辆装载药材，还给账房需用等物。此外，王府、公主府、文武大臣等，太医也奉旨前往诊病。太医还给监狱囚犯、瘟疫患者等治病。所以，御医不一定都能给皇帝看病，给皇帝看病的也不一定都是御医。
御医怎么当——想晋升，等六年
考选迁转太医院的御医，来自全国各地，从民间医生以及举人、贡生等有职衔的人中，挑选精通医理、情愿为宫中效力的人，量才录用。如康熙年间，北京同仁堂创始人乐显扬曾任太医院吏目一职，其子凤鸣承袭父业。雍正年间，同仁堂供奉御药房的宫廷药材，前后八代，一百八十八年。太医院还设有教习厅，培养医务人才。经历六个寒暑，考试合格，才能录用为医士或医生(光绪《大清会典事例》卷一千一百五)。他们的晋升规则是，六年考试一次，成绩合格，没有差错，一次升补。考试受八股文影响，如一次考题为“知者乐水，仁者乐山”，还看重书法。太医开药方，要字迹端好。这项人事录用和晋升制度的优长是：第一，将考选、迁转限制在院内，调出、调入均少，利于人才队伍稳定;第二，御医、吏目、医士等采取考试方式选拔，择优录用，利于业务水平提升。
薪资待遇低——医士月薪不如太监
薪资待遇方面，太医院的院使月银三两，左右院判、七品御医均月银二两二钱，吏目、医士月银一两五钱(光绪《大清会典事例》卷二百五十)。雍正元年(1723年)规定：医士月给公费饭银一两五钱、米九斗。而一个普通太监月银二两，可见御医的俸银是偏低的。
会诊、尝药、备案——皇帝看病步骤多
御医治病方面，据《明史·职官志》记载，给皇帝看病有“六要”：一要组成班子，院使、御医和内臣三方共责，相互监督。二要会诊，共同诊断。三要共同选药，联名封记药剂。四要共同监视煎药。五要共同尝药，就是每二剂合为一，煎熟，分作二器，一份御医、内臣先尝，一份进御。清朝比明朝尝药更为严格：一器由御医、院判、内监依次尝药;另一器进御。六要将脉案方剂存档备查。
药房设药库储存药材。药材按定例给价，由药商采办。内药房医生切造炮制。清宫药房名目繁多，如御药房、寿药房、东药房、西药房、内药房、外药房、乾清宫药房、武英殿露房、长春宫药房、永和宫药房等，有储药、煎药、配制药品等职能。
名医多非御医，御医也多非名医。清代医学，重于考据，没有解剖学。康熙帝的人体解剖学著作，尚不能出版，遑论他人？名医王清任夜间解剖死刑者尸体，参证兽畜，著《医林改错》，为中国人体解剖学开山之作。后唐宗海推广发挥，著《中西汇通医经精义》。“两人之开悟，皆足以启后者。”
