宁夏，是我国回族最早人居的地区之一。元朝，西域各地的穆斯林大批进入中国，宁夏回族的先辈也就是在此时开始落居于这块土地上的。一批批信仰伊斯兰教的中亚各族人民以及阿拉伯人、波斯人不断地被签发或自动迁徒到中国来。当时，战争和农耕占很重要的地位。因此东来的穆斯林主要以驻军屯牧的形式，编成“探马赤军”。同时，也以工匠、商人、学者、掌教、官吏等不同身份散居到我国各地，其中有相当一部分人就留住在宁夏，他们一概被叫作“回回人”。据《元史》记载，至元八年(1271年)九月，元世祖忽必烈“签西夏回回军”，至元十年(1273年)，元世祖又下令“探马赤军，随地入社，与编民等”。按照规定，他们“上马则备战斗，下马则屯聚牧养”。元朝驻宁夏一带的蒙古军队中，有相当多的人信奉了伊斯兰教，成为宁夏回族的族源之一。
元代，宁夏一带是重要的屯垦区，行政区划归属陕西行中书省管辖。元代著名回回政治家赛典赤·赡思丁的儿子纳速拉丁，曾担任陕西平章政事，他“子孙众多，分为纳、速、拉、丁四姓，居留各省，故宁夏有纳家户，长安有拉家村，今宁夏纳氏最盛”(《陕西通志》)。在《银川小志》一书中还记载，“纳速耳丁，先世回纥，仕元廉访使”。据《蒙兀儿史记》“色目氏族表”中“回回氏”介绍，“凡名末有丁字者，皆摩诃末(穆罕默德)教徒男子之美称”。此纳速耳丁在元时已被列为当地“乡贤”。在13世纪初及以后的一百三四十年中，回回人已在全国许多地区取得了经济上的生存条件，并逐渐形成“大分散、小集中”的地域特点。在宁夏，回族人居住的村落和街坊的人口逐渐繁盛起来，成为宁夏主要民族之一。陕西诸道行御史台设回回椽史(《甘宁青史略》)，专管回族事务。
明朝初年，不断有大批回回人以归附土达的身份被安插到灵州及固原各州县，形成了许多回族聚居点。清朝初年，宁夏回族人口更加繁盛，故乾隆四十六年(1781年)陕西巡抚毕沅在奏折中称，“宁夏至平凉千余里，尽系回庄”。由于回族在宁夏一带居住得十分密集，故当年在甘肃等地有“回七汉三”的说法。
清朝同治年间，陕西掀起了“灭回”浪潮，汉族团练首领张芾甚至派人散发“秦不留回”的传帖，引起民族仇杀。宁夏以马化龙为首的回民起义军，和清军及当地汉族团练进行了多年的激烈战斗，最后遭到清政府的血腥屠杀。一部分陕西、甘肃回民被逼“安置”迁徙到贫瘠地区，置身在“三边一梢”(河边、滩边、湖边、渠梢)生活，尤其是南部西海固干旱山区的回民，生活更加困苦，连日常饮水都得之不易。在城镇，多数回民居住在城关，摆摊做小商贩。因此，宁夏南部西海固地区回民大多操陕西口音，因为他们祖籍大多在陕西和甘肃一带。
