明孝陵原是开善寺宝公塔的旧址。开善寺始建于南朝梁武帝时，系梁武帝为宝志和尚所建。传说，这个宝志，就是人们熟知的济公和尚的原型，他一生多在南京度过，七岁时出家当了和尚，成年后常常赤足行于街市，并且预言多有应验，因此深得梁武帝的赏识。
独龙阜确实是个难得的好地方，这里阳光充足，和风冉冉，生机勃勃。再者，山势平缓，地基坚实，易于施工，可长期保持建筑物的干燥，可谓“永垂千古”。明初，为了营造朱元璋的孝陵，宝公塔被迁往紫金山东麓。据传，在迁移宝公塔的时候，宝志和尚的真身竟然端坐于对合的两只缸内，“指爪绕身数匝”，士兵们无法搬动。无奈之下朱元璋只好亲往赔礼，并当场许以金棺银椁厚葬，另建灵谷寺，并赠庄园360顷供奉香火。
明孝陵建造历时长达32年，先后调用军工10万，耗费了大量的人力和物力，陵内植松10万株，养鹿千头，陵前还专设孝陵卫，派5000士兵守卫。修陵期间，和朱元璋共同开创大明王朝的一些开国元勋，如中山王徐达、开平王常遇春、岐阳王李文忠等相继逝去，朱元璋统统“赐葬”他们于“钟山之阴”，即今紫金山北麓蒋王庙一带，令他们永世拱卫自己。朱元璋本人则与马娘娘、两个贵妃以及被迫“殉葬”的宫女一百多人，独占钟山南坡，终享“阴福”。
稍加留心您就会发现，与中国许多皇陵的布局截然不同，明孝陵自大金门始，然后是四方城，转个弯才是石象路，又折弯，是文武官员石雕像，再次折弯方进入墓区，摒去历代皇陵的对称规制，究竟原因何在呢？旅游者每每到访此地，常常会听到导游向大家讲述一个美丽的故事：建陵时，主持工程的中军都督府佥事李新曾经进言，将位于孝陵南边正对孝陵大门小山(梅花山)上的孙权墓移开，可朱元璋却不准奏，他大度地说，“孙权也是一条好汉，留着给我看门吧”。
个中奥秘究竟怎样？较为普遍的说法有“风水”说、“北斗星座”说等，“北斗星座”之说一度似乎还占了上风。然而，上述论点却遭到一位地质专家的质疑。原来，这梅花山一带岩石坚硬，地质学上称之为砾岩、长石石英砂岩等，以当时的经济实力、施工工具和手段实在难以开凿，唯一选择只有绕道。
