孝陵如此恢弘的建筑，对于朱元璋这种将死后看得重如生前的人，地宫一定是非常可观的。但是，限于目前的科技手段和法律，孝陵是不能发掘的，那么孝陵的地宫情况能否知道呢？最近，传来一个令人兴奋的消息——孝陵的地宫状况和结构基本探察清楚了。江苏省地震工程研究院精密磁测(GpM)研究室主任、物探专家叫张治天，他率领一个工作组，采用精密磁测技术对明孝陵陵区2万平方米的区域进行了大规模的探测，终于揭开了一个隐藏达600余年的谜团—一—明孝陵确系明开国皇帝朱元璋的陵寝，并弄清了地宫的形制、地下埋藏物的基本分布情况等。
张治天等人依据的理论是地磁理论。这个理论认为空间的一切物质都有各自的磁场，金属带有磁性，就是非金属如砖瓦等其实也会带有磁性。况且，自然界中不同年代的土壤、砖石等，都有各自固定的磁场，因此，“精密磁测技术”就是利用物体磁场发布这种原理，来寻找地下分布物的一种探测方法。这种方法不仅可以探测到50 、 60米以下地下分布物，甚至可以用这种方法探测出经人为扰动的不同时期埋土的磁场异常。就是在信号极弱、强干扰的情况下探测也有效。后来，我才知道，这次对明孝陵的探测就有一定的难度，其一、探测的范围与规模大，且史料上对朱元璋墓地的记载不确;其二、墓地周边区域具有强大磁场的干扰。但他们依然获得令人信服的探测结果。据了解，江苏省地震工程研究院的物探专家们采用精密磁测技术曾经先后在寻找苏州吴王墓、南京宁河王邓愈墓、镇江地下城、丹阳景陵梁武帝墓以及对陕西咸阳沙河西汉木桥年代的确认上，都做出了贡献。
相传明太祖朱元璋死后，为了防止后人盗墓，曾于同一天从南京十三个城门同时出殡，而且车马仪仗完全相同，使人难辨真伪。所以，有传说孝陵的地宫中是空的，朱元璋并没有真的在这里安葬。民间还有朱元璋真身葬于南京朝天宫或北京万岁山的说法。他们的成果融合进了南京大学与中山陵园“世界遗产明孝陵综合研究科研合作协议”之中，得出的成果是：
排除地宫被盗之说
据有关文献记载，位于独龙阜下的明孝陵玄宫内埋葬着朱元璋本人及马皇后和成穆贵妃孙氏。关于朱元璋的地下宫殿建筑，由于史书失载，又缺乏必要的工程档案资料，加之在民间还有朱元璋葬于南京朝天宫或北京万岁山以及下葬时13个城门出殡等历史记载和传说，所以，几百年来，一直成为人们心目中的一个谜。长久以来，民间还流传着一个说法，明孝陵的地下玄宫被盗了。一时间，各种猜测纷纭。探测工作是从1998年12月开始的，采用的就是无破坏性的精密磁测技术，并配合地面调查研究，查明了明孝陵地下玄宫的位置，确认朱元璋就葬在独龙阜下数十米处，而且这座地下宫殿保存完好，排除了过去流传的地宫被盗之说。
神宫监可能有两个
古代帝王生前居住的地方叫皇宫，而死后安息的地方叫陵宫，也叫神宫。神宫监，明朝管理神宫的中央专设机构，规定必须靠近神宫但又不能在神宫内。600多年的风雨飘摇，神宫监早已被尘土湮没。在洪武皇帝的玄宫昭然于世以后，探寻神宫监的具体方位成了又一重头戏。据透露，在近几年对神宫监的钻探研究中，文物工作者们发现了两处疑似神宫监的遗址。
1999年，研究人员在神宫前金水桥内神道东侧钻探时，发现了砖结构和石构件遗址，附近还有一口砖头砌成的水井，水井四周有大型柱础暴露于地表。通过跟已经确定的孝陵别处的砖、石进行对比和比较，研究人员确定该处遗迹与孝陵属于同时期的建筑。由于该处遗迹是当时发现的靠近神宫的惟一建筑，所以文物工作者猜测该建筑很有可能就是神宫监的所在。然而，到了2000年春，研究人员又在神宫的西南角发现一片建筑遗迹，边宽一米左右的石柱础和少量的绿琉璃构件，这些绿琉璃跟孝陵里发现的一样。距这片遗迹20米左右处，他们也发现了一口明代的水井。都有生活设施水井，而且靠近神宫，两处神宫监，到底谁是谁非？由于没有文献对神宫监的具体方位和数量作过记载，所以只有经过钻探、清理发掘以后才能对此作出正确判断。
