蒋经国上台之后，面临的就是台湾情报系统已经存在的两股势力：其一是台湾原先最大的情报单位——保安处，它是沿袭日占时期驻军司令部“特务机关”和抗战时期的“战区第二处”的编制而设立的;其二是以大陆过来的“中统”和“军统”系统为班底的保密局，这两股势力的头子分别为：彭孟缉和毛人凤。
蒋介石和蒋经国都明白，要整合台湾的情报系统，必须先搬掉这两块石头，为了能让蒋经国尽快上位，蒋介石首先亲自出手劝退了中统的陈立夫，其后授意蒋经国多次在公开场合宣称：“军统、中统两大特工组织合为一家，严加整肃，统一运筹。”
看到蒋经国亲自出马，彭孟缉不敢托大了，一方面，彭孟缉只是一个“台湾省保安中将司令”，当时台湾岛“将星如云”，上将、中将一抓一大把，所以毫不起眼;另一方面，彭孟缉一直供职于军队，在情报系统没有什么家底，当初，蒋介石也是希望对毛人凤有所制约才将他安插进情报系统的，现在有个更大的官压阵，他当然就要把位子让出来，所以，彭孟缉是完全按“太子”眼色行事，不敢有半点出轨。
但是毛人凤却沉不住气了，谁愿意在春夏辛苦耕耘后，到秋天任他人摘取自己的劳动果实？也许是到了一定年纪，自诩也算是“功臣”了，毛人凤一反常态，自恃有蒋介石做靠山，居然在国民党的中常委会上声称：“情报工作是很专业的东西，不能让外行来领导内行，戴老板生前就说过，军统是10万人的大家庭，要管理好可不容易啊！”这些话当然传到了蒋经国的耳中。
但是蒋经国并不急于反攻，此时他信心满满，正在编织自己的大好前程，在他看来，毛人凤再闹腾，也只是一只秋后的蚂蚱，得意不了几天，有老爸蒋介石撑腰，将来保密局总归是自己的囊中之物，可是很快他就发现，毛人凤对他不仅只是口头的不满，更是处心积虑地在挖陷阱，想要让他身败名裂。
毛人凤暗中收集了蒋经国的亲信毛邦初在美国受贿贪污的消息，报到蒋介石的案头上，蒋介石虽然没有如毛人凤所期待的那样真的查办，但还是把蒋经国给结结实实地教训了一通，弄得蒋经国好长一段时间抬不起头来。
这件事激起了蒋经国的斗志，他决心要给毛人凤点厉害看看，这时，毛人凤的宿敌，国民党情报老手郑介民向蒋经国献了一计：开办训练班，召训新生及复训保密、内调两局现有干部;在此基础上，将两局人员混编，以打破两局长期以来的半敌对状态，建立现代谍报体制，结束私人割据的局面。
这是对谍报系统的根本改革，也是对毛氏的“独立王国”的根本动摇，非同小可，蒋经国不敢擅自拍板，必须蒋介石点头，而要蒋介石点头，并不是一件容易的事。
蒋经国还是不露声色，采取挖墙脚的办法，来了个釜底抽薪，他将保密局二处处长叶翔之拉拢过来，委以重任，这样一来，保密局内的众骨干也纷纷“跳槽”，众叛亲离后，毛人凤就只剩个光杆局长，但毛人凤也不是省油的灯，他得知蒋经国的行动后，一不做二不休，以蒋介石提倡的“整肃纪律”为由，将叶翔之收受贿赂170根金条的罪证搜齐后，准备亲自呈报给蒋介石。
叶翔之慌了神，哭哭啼啼地找到蒋经国，蒋经国一惊，忙安慰道：“叶处长不用担心，总统那里我去说，这样吧，你来我这里，担任大陆工作处处长。”旋即，他亲自赶往蒋介石处，称：“保密局有个高级特工叶翔之，由于家庭生活困难，收了一点礼，毛人凤便要严办他，我觉得此人是个人才，过去在大陆完成了许多重要任务，又是初犯，且已经退了贿礼，能不能网开一面，让他戴罪立功？”
蒋介石本来就想栽培儿子，今见蒋经国亲自说项，更认定叶翔之可以重用，当即便同意蒋经国的请求，不曾料到，蒋经国手握尚方宝剑前脚刚走，毛人凤随后便把叶翔之的材料送来了。
不料蒋介石看完材料后却大为生气：“你们到底怎么搞的？叶翔之明明是一个好官员，为什么非要整他？”
毛人凤哪敢置辩，灰溜溜地走了，他再一次领教了蒋经国的厉害，终于明白他自己是斗不过蒋经国的，他有点绝望了。
心灰意冷的毛人凤突然想到了宋美龄，自从“打虎”事件后，宋美龄和蒋经国因为权力之争，已渐生龃龉，她知道蒋经国上台，对宋家人十分不利，而毛人凤的特务系统好歹是一个独立存在的势力，有他存在，多少可以牵制蒋经国的行动，所以宋美龄答应了毛人凤的请求，替他在蒋介石面前说了好话，经过宋美龄的调解，蒋经国总算收回了要搞垮保密局的打算，然而，他和毛人凤之间的关系却一直十分紧张。
1954年，蒋介石再次改革情报系统，一方面设立以郑介民为局长的“国家安全局”，撤掉“总统府机要室资料组”，该局直属于蒋经国任副秘书长的“国防安全会议”，由于主席和秘书长都是兼职，蒋经国成为“国家安全局”的实际领导者;另一方面以原保密局为班底分别设立仿照美国“中央情报局”(CIA)模式的“国防部情报局”和仿照美国“联邦调查局”(FBI)模式的“司法行政部调查局”。
此外，像宪兵部队、大陆工作会、海外工作会、驻外武官处等情报机构均定期向“总政治部”及“国家安全会议”报告，接受督导，至此，蒋经国成为全岛超过5万特工人员的“共主”，蒋经国掌握的情报系统，严格执行蒋介石“保密防谍”的旨意，延续了1949年5月以来的“非常戒严”气氛，甚至有过之而无不及。
