维护统一
朱佑樘重视军事，极力维护国家统一。他在位时期，明军先后三次收复哈密，其中第三次也是规模最大的一次武力收复。羽奴思统治国吐鲁番地区后，开始与明朝争夺对哈密地区的控制权。1488年，朱佑樘令罕慎袭封哈密忠顺王，“给金印，冠服”，对新疆的实际控制。同年，羽奴思之子阿黑麻躬至哈密城下，诱罕慎盟，执杀之，复据其城，而遣使到明朝入贡。明朝识破其诡计，只得献还哈密金印。1493年，阿黑麻再次攻占哈密，令其尊长牙兰守护哈密，并不时抢掠沙州等地威胁各卫归顺，为患不已。1497年，明马文升前往平抚，汇同河西诸卫及诸部落族数千人，袭哈密城，牙兰等人逃跑，哈密收复。当时朝廷中有人主张放弃哈密，但朱佑樘主张坚决出兵收复哈密，并立即委派马文升为元帅，大败吐鲁番军，收复了哈密。
爱护武将
他爱护武将，如马文升在兵部尚书任上，一次就罢免了三十多名不合格的军将，得罪了许多人，朱佑樘坚定地支持马文升整军，甚至还特地派一些大内侍卫保护马文升。他下令命任何人不得役使团营军士。对鞑靼小王子、火筛的反复多次入侵，均进行有效打击，使其败走。最着名的战役有：1488年都指挥廖冰击败小王子于兰州。
497年甘肃总兵官刘宁败小王子于凉州、1500年甘肃参将杨翥败小王子于黑山、1503年朱晖袭小王子于河套。
和平政策
朱佑樘奉行和平政策，采取积极防御抗战的战略。特别是鞑靼小王子，时战时和，不时侵扰明境。朱佑樘统治期间，对鞑靼小王子、火筛等的多次入侵只是采取抗战驱赶之策，没有劳师远征，没有深入沙漠主动出攻击小王子、火筛老巢，更没有主动对邻国发动大规模征战。
对此，史家褒贬不一。但其他邻邦或属国如安南、暹罗、乌斯藏、琉球、占城、撒马儿罕、火剌札、爪哇、日本等，则不定期来明朝入贡。
