“史书“说
“宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中“。
(在燕兵攻陷京师后，朱允炆)“遂阖宫自已焚燃。上望见宫中烟起，急遣中使往救，至已不及，中使出其尸于火中，还白上，上哭曰，果然，若是痴呆耶！“
朱棣登位后在给朝鲜国王的诏书上亦曰：“不期建文为权奸逼胁，阖宫自己焚燃“(《明实录·太宗实录》。
“棣遣中使出后尸于火，诡云帝尸，越八日壬申，用学士王景言，备礼葬之。“
“上入宫，忽火发，皇后马氏暴崩，程济奉上变僧服遁去。燕王遂入宫。因指烬中后骨以为上！“。
“出家为僧“说
(一)湖南新田大观堡说
湖南永州新田县发现明代遗址大观堡，该古城堡工程规模宏大，建筑面积7000平方米，石头垒成的堡垒周长346米，城墙残高4米左右，疑为建文帝避难行宫。后经部分文物和史学专家多方求证，认为建文帝极有可能避难新田，中国明史学会会长商传认为“建文帝踪迹永州(新田)说出来最晚，但材料最硬”，““在全国多处出现的建文帝‘下落说’中，有的是传说，有的只有族谱，而只有新田县有相关碑刻”，“使建文帝研究向前推进了一大步”，“成为关于建文下落的一种很重要的说法”.
该说主要的证据有(不完全统计)：
1、龙池寺遗址碑刻记载“夫山曰安昙寺曰龙池”、“自大明皇朝先师铁峯悟真流亡”、“剃本靖为僧‘燕师’”等;梅木塘碑刻记载“圣帝之寿诞，为同人之嘉节，首士齐集虔诚致祭……誓词惟皇上御极之年岁次月日等谨以……二帝神位前曰，惟二帝职司阴鉴”等。
2、大观堡遗址
3、其他文物：象牙朝笏;道教神仙人物长卷画;
4、《史氏族谱》记载
(二)东明寺说
万历《钱塘县志·纪制》记载：“东明寺在安溪大遮山前，建文君为僧至此，有遗像“。(《杭县志稿》卷八)“相传朱允炆遁迹至此，时旭日始旦，题曰东明。自归国后，方知为帝。今范其遗像。有手植牡丹，色白如银“。明代嘉靖年间《留青日札摘抄》、清代康熙年间《湖堧杂记》中也都有记载。
据2010年12月7日，余杭县史志办张炳林先生从上海图书馆发现《东明寺志》，翻开第一页，上面写着“东明寺志叙“五个大字。《东明寺志》(三卷)清释湛潜篡，清康熙十二年(1674年)版本。寺志中是如此记载：“迨壬午金川变作，启箧得杨应能度牒及披剃具，佛知运数巳定，乃僧服出逊，由吴兴至钱塘遁栖东明山，亲灸旵祖座下，凡六载，迹渐彰乃辞去。“由此可见，朱允炆到东明寺出家为僧不是空穴来风，是确有其人其事。
当年众僧们皆尊称朱允炆为“应能问道老佛“，寺志中还特地将“应能问道老佛“排列在祖师堂的第二位置，仅次于东明禅寺的开法祖师慧旵，明白无疑确定了东明禅寺与朱允炆之间的密切。其中还披露了二个重要信息：所谓“静室“一是当年东明寺开法禅师慧旵禅师的闭关之处，二是朱允炆在东明禅寺出家为僧的居所，这是初闻。
东明寺大雄宝殿内右侧有朱允炆塑像，殿柱上刻有如下对联：僧为帝，帝亦为僧，一再传，衣钵相授，留偈而化;叔负侄，侄不负叔，三百载，江山依旧，到老皆空。
朱允炆亲手植之桂花，经过日寇焚烧，仅剩树干。但大难不死，第二年又绽新枝，现枝高叶茂，秋季花开，香溢四野，且金银双色各半，传为奇谈佳话。
孟将殿，原有座小庙现已毁，不知是否属实？民间称之“骂将殿“。相传明成祖派一位朱允炆当朝时的武状元出身将军追杀朱允炆。追至东明山，朱允炆痛斥其助纣为虐。他进退两难：逊帝有恩，今上难违。回京又无颜复命，终而自杀。因该将军姓孟，后人建孟将军庙以资纪念。
