耶稣会士到中国后，他们与“东林党”关系非常密切。他们的结合是道德层面的，而非信仰层面。万历二十三年(1595)顾宪成、高攀龙、钱一本的东林讲学。无锡东林书院是宋代杨龟山的讲学遗址。经十年讲学，各方官绅纷纷来此聚会，成为规模，于是重修东林书院。书院在学术上尊程朱，反陆王，用“白鹿洞学规定法程。……阐提性善之旨，以辟阳明子天道证道之失。”但其实书院的宗旨在议政不在论学。黄宗羲《明儒学案·顾宪成》说：“故会中亦多裁量人物，訾议国政。亦冀执政者闻而药之也。天下君子以清议归于东林，庙堂亦有畏忌。”参加东林议政的很多是进士翰林，在中央和地方有盘根错节的势力，他们的舆论构成一股民间政治力量。
东林的势力在江南和北京。来华耶稣会士主要也经营这两个地区，而且也正是利用儒家士大夫作传教工具。这样，东林党政治运动和天主教传教运动就很自然地联系起来了。这方面有历史记录。十七世纪巴尔托利(Bartoli，1608-1685)的一部《耶稣会历史》说：徐光启、李之藻、杨廷筠都在东林书院主讲过。神父们对东林党表现出巨大热情，大力称赞东林书院的道德标准。同时，“书院的几乎所有成员都对基督教表现出极大的友好感情。”东林党和天主教关系密切的说法可以得到中文资料的证明。邹元标为东林讲学的健将，与顾宪成、赵南星并称为“三君”。他与耶稣会士早有交往，利玛窦托郭居静携书信去见他，谈得很好，并按规矩还信给利玛窦，明确地引他们为思想盟友。其《愿学集·答西国利玛窦》曰：
得接郭仰老，已出望外，又得门下手教，真不啻之海岛而见异人也。门下二三兄弟，欲以天主学行中国，此其意良厚。仆尝窥其奥，与吾国圣人语不异。吾国圣人及诸儒发挥更详尽无余，门下肯信其无异乎？中微有不同者，则习尚之不同耳。门下取《易经》读之，干即曰统天，彼邦人未始不知天。不知门下以为然否。
天启、崇祯年间，首辅沈一贯、叶向高、韩偏向天主教，徐光启被起用负责治历和防边，许多天主教徒被重用，像王征、孙元化、李天经、张焘、瞿式耜、陈于阶等，形成一个“西学集团”。西学集团和东林党在许多方面并不相同。“东林讲学，遥执朝政”。而入教者通常都不像东林党那样富有政治激情，而是靠翻译和钻研科学立身，对西学本身更感兴趣。西学集团与东林党在精神上确实有相通之处，在利益上也是联系的，但这基本上是道义的联盟。谢和耐说：
东林党，笼统的讲是整个东林运动，和传教士接近是因为尊重同样的伦理道德。大家赞扬的勇敢精神、在不幸和苦难中的坚强性以及伦理道德严格性，这些既是东林党人所希望的善行，又是优秀基督徒们的行为。但我们还应进一步说，把东林党人与传教士联系起来的似乎是他们观点和利益的一致性。他们都与宦官、佛僧及其盟友们为敌。他们对于佛教一直向文人界发展而感到恼火，都反对与事实没有任何关系的空头哲学讨论，支持与他们有关绅士们的社会责任观相吻合的实用儒家，关心帝国的防务及其财政状况等。东林党人只会感到与传教士们意气相投。
西学集团和东林党人在道义上相投，但在政治权力的争夺方面，天主教徒并不像东林党那样热衷。天启四年，叶相高、韩先后被罢去相位，魏忠贤的附党魏广微用同年之谊来拉拢徐光启，任他为礼部右侍郎，徐光启观望事态，明智地没有就任。崇祯二年，阉党被除，徐光启为此觉得不光彩，在《再沥血诚辩明冤诬书》中说清楚这一段历史;“魏广微……秉政之日，数与人言，促臣赴任，而臣年余不至。谓臣不入牢笼。”这事说明徐光启未卷入党争，比较慎重，也说明他和他周围的西学人物与争权夺利的官场若即若离。查继佐《罪惟录·徐光启》说：“时廷臣酷水火，光启中立，不逢党。故此(指用孙元化、王征等人的方案)置之若忘之。独天子知其学主自尽，将之以诚，不任气，特手敕以原官兼东阁大学士，参与机务。”因为徐光启是基督徒，所以比较超然于党争。崇祯任用徐光启是因为他有历学、水利、农事和制炮的真才实学。他任用的其他西学人物也多半是修历、造炮、练兵的专家，凭技术和专业知识效国。
天主教徒掌握了“西学”。东林党人对天主教“西学”中的科学技术不感兴趣，但对其道德伦理和热衷。这是一个有趣的现象。冯应京被视为东林运动的先驱，通过利玛窦《交友论》、《二十五言》等西方式的道德哲学，坚定了他政治态度，并差最后一步而没有加入教会，成为教徒。相似的情景发生在后来的叶向高、邹元标、张问达、冯琦等东林人物身上。党派斗争需要对敌勇气和内部忠诚，在赠给利玛窦等人的诗文中，东林人物对耶稣会士身上表现出的忠诚、严谨、热心、牺牲给了最多的称赞。这些都是东林党人急需的。东林党人都是忙得没空治学的人，但他们需要建立自己的政治哲学来主导全国，基督教神学一度成了他们的参照。
通常，中国的皇帝通过学校、科举、翰林制度，用儒学(在明代是宋明理学)来建立意识形态，教导民众。“君”与“师”，“政”与“教”合一。明中叶以后，政事荒废，王学解放人心，政治上和道德上都失去了往日的权威。人们必须重建权威。东林党在民间争取政治权威，他们还必须确立一种道德权威。整个明末，儒道佛三家的知识分子都在提倡自己的学说。有主张“气节”、“师谊”，有主张“性情”、“赤子之情”，也有主张“实学实干”的，总之这是一个学在民间，诸说并起的时代。具有丰富道德内容的天主教神学受到东林党的注视是很自然的。在叶相高《首善书院记》中就表示书院宗旨在民间砥砺道德精神，而不在学问。他所“讲学者必有素常学问之人，高不知学，何以为辞？……余乃言曰：古之所谓教学，则庠序学校尽之矣。当其时里党之所肄习，师儒之所修明，舍三德六行五伦之外，无他物也。自邹鲁兴，龈龈于洙泗凫绎之区，始言心言性，言道德仁义，而其指归不出于孝弟。”东林书院、首善书院，他们想把学校改造成古代的道德场所。
在《三山论学记》中，艾儒略和叶向高等谈及西方政教体系，讲教会和国家分权：“我欧罗巴人国主之外，盖有教化主(教皇)，其职专以诱。国主传子，教化主传贤。国主为君，教化主为师。若然，则二柄难于兼合。即泰西亦虑之矣。”讨论国家政治体制改革，是当时东林党人最感兴趣的热门话题，他们就基督教本质向耶稣会士广泛咨询，以期对西方经验有所借鉴。“(叶)文忠所疑难十数端，多吾辈意中喀喀欲吐之语，泰西氏亦迎机解之”。文艺复兴以后，西欧还没有完成彻底的“政教分离”，但“政教两立”、“信仰自由”的雏形已具，意大利、法国、德国都已出现民间文化的趋势。东林党人对此现象感兴趣，说明他们的意识中复活了像古代儒家那样担当民间道德权威的野心。“国主传子，教化主传贤”、“君”与“师”分，“传子”与“传贤”的说法很符合明儒“道统”与“政统”相分的理论。东林时代把西方学说理想化，盖有其由。
东林党中的许多重要人物都与天主教有关系。《先拨志始》录有“东林同志录”、“东林点将录”，是一份由阉党拟定的黑名单，其中就有“天魁星及时雨叶向高”、“天罡星玉麒麟赵南星”、“天微星九纹龙韩”、“天伤星武行者邹元标”、“地强星锦毛虎冯从吾”、“天巧星浪子钱谦益”、“地然星混世魔王熊明遇”等，他们都有与天主教交往的明确记录。
