同治十三年(1874)十月，同治出痘。阿鲁特氏焦急万分，立刻带领六宫供奉“痘花娘娘”，为皇上祈福。十一月，天花出尽，却余毒未清，由于余毒侵入经脉，没多久，同治的病情急剧转下，腰部红肿、溃烂以至流脓。
在这种情况下，阿鲁特氏冲破慈禧的阻拦，去看望病重的同治，并不顾脏臭，擦拭脓血。看到奄奄一息的皇帝，她心如刀割，不觉泪流满面，倾诉独居宫中、备受虐待之苦。同治强打精神安慰她：“你暂且忍耐，总有出头之日。”不料这话被慈禧布置在宫中的耳目听见，立即向慈禧汇报。慈禧勃然大怒，闯入暖阁，拽住阿鲁特氏的头发，一边往外拉，一边痛打，并扬言要杖责皇后。
杖责是惩罚太监和宫女的手段，慈禧此举，分明是要侮辱阿鲁特氏。病床上的同治看着这一幕，又惊又怒又急，气急攻心，竟晕了过去，宫内顿时乱成一团，慈禧才未对皇后动刑。惊吓之下，同治的病情更严重了几分。同年十二月初五，同治去世，终年19岁。14天后，两宫太后发布懿旨，封阿鲁特氏为嘉顺皇后。
光绪元年(1875)二月二十日，阿鲁特氏逝于储秀宫，年仅22岁，距同治去世不过75日。对于阿鲁特氏的死因，官方说法是皇后过于悲痛，抑郁于心，乃至抱病而死。这一说法含糊不清，有许多可疑之处，阿鲁特氏年纪轻轻，才22岁，平时身体健康，怎么会突然死去？于是阿鲁特氏自杀而死的传闻在民间传开，有人说她吞金而死，有人说她吞鸦片而死，也有人说她是服毒而死。
无论哪种死法，都是属于自杀。同治死后，阿鲁特氏在宫中的境况愈加险恶。在慈禧的授意下，同治的堂弟载被拥立为帝，即光绪。如此一来，她的地位便格外尴尬，既不是皇后又不是皇太后，教她何地自处？
据说阿鲁特氏的父亲崇绮曾试探性地请示慈禧如何安置皇后。慈禧冷酷地回答：“即可随大行皇帝去罢。”意思是让皇后殉葬。崇绮惊得目瞪口呆，但也只能照办。恰巧阿鲁特氏写来一张字条，询问父亲该怎么办。崇绮忍痛在字条上写了个“死”字。
至于慈禧为何要将阿鲁特氏逼上绝路，民间还有很多说法。有人说阿鲁特氏是郑亲王端华的外孙女，端华是慈禧的政敌，慈禧因而迁恨阿鲁特氏。也有人说，阿鲁特氏怀了孕，慈禧怕生了皇子，立为新帝，阿鲁特氏成了皇太后，自己就不能垂帘听政了。还有人说，同治临死前写了遗诏立储，慈禧为了自己能掌权，私底下烧毁了遗诏，立自己属意的载为帝，她担心阿鲁特氏把这一秘密揭发出来，故要将她治死。
