光绪二十四年(1898)，戊戌变法失败，光绪被幽禁于西苑瀛台。珍妃也因干政被拘禁于紫禁城中的北三所，两名宫女日夜轮流看守，门从外面锁上，饮食从门下送入。珍妃原来所居的景仁宫被封，她位下的太监也受到牵连，不是被处死，便是被罚做苦役或驱逐。慈禧还谕令所有太监，不准为珍妃传递信息，如果查出，就地正法，绝不姑息。从此，这一对彼此相爱的眷侣遥遥相望，不得相见。珍妃直到死，也未能再见光绪一面。
光绪二十六年(1900)七月，八国联军侵入北京，慈禧太后携光绪、皇后、瑾妃等逃往西安，珍妃却没有在随行之列，在出逃之前，她坠井而死。关于珍妃的死，民间有种种说法。
有人说珍妃是自己跳井而死的，慈禧西逃前，因为不能带太多人，所以让珍妃回娘家避祸。可珍妃不识大体，死活要跟随。慈禧一怒之下便让她去死。没想到珍妃倔犟，说死马上就跳井死了，旁人拦也拦不住。这是慈禧的后人说的，但是这一说法难免有为长者讳的意味，既然不能带太多人，命珍妃回家避祸，那么让珍妃的姐姐瑾妃随行又是何道理呢？
慈禧出逃前夕，已经有了将珍妃置于死地的念头。有人说珍妃进言请光绪留在北京，主持议和。慈禧一怒之下命崔玉贵将其推入乐寿堂后的井中。也有人说珍妃并未说过让光绪留京的话，是慈禧以不能任洋人侮辱为由将其害死。珍妃不愿意死，慈禧便命令崔玉贵将她强行推下井，这口井后来被称为“珍妃井”。
光绪二十七年(1901)春，议和成功，远在西安的慈禧派崔玉贵回京探听消息，并命内务府打捞珍妃的遗体。珍妃的遗体在井中泡了一年多，已经膨胀变形了，再加上井口又小，打捞了很久才被打捞上来，内务府置办棺材，将其遗体装殓入棺，简单潦草地葬于阜成门外恩济庄的宫女墓地。
同年十一月二十九日，慈禧从西安回到北京。次日，发布了一道懿旨，将珍妃的死说成是“仓猝之中，扈从不及”，节烈可嘉，并追封她为贵妃。珍妃的姐姐瑾妃怀念她，在珍妃井附近设置了一个小灵堂，神龛供奉着珍妃的神位，神龛横额上亲书“精卫通诚”4个大字，以颂扬珍妃对光绪的一片真情。
民国二年(1913)，在瑾妃(时为端康皇太妃)的要求下，宣统帝溥仪将珍妃迁葬光绪景陵妃嫔园寝。1921年，溥仪以珍妃“温恭夙着”，追谥为恪顺皇贵妃。
