在中国古代历朝皇帝中，用千古一帝来冠名秦始皇嬴政，想必是最没有争议的事情。论及秦始皇的功绩，统一六国，结束割据战争；建立中央集权王朝，设立郡县制；车同文、书同轨；北筑长城，南征百越等等。不过，功过也是相对的，焚书坑儒成为儒生和史学家攻击秦始皇的焦点。那么，秦始皇统治时期的焚书坑儒，到底是怎么回事呢？
首先，针对“焚书坑儒”这个说法，也被称呼“焚诗书，坑术士”。在西汉之后，通常被固定为“焚书坑儒”。根据史料记载，该事件发生公元前213年和公元前212年，不仅焚毁了大量书籍，而且坑杀“犯禁者四百六十馀人”。西汉刘向《〈战国策〉序》曾记载道：“任刑罚以为治，信小术以为道。遂燔烧诗书，坑杀儒士”。
那么，焚书坑儒的起因是什么呢？在笔者看来，主要原因分为两个方面：一方面是战国时齐国的博士，当时秦朝的仆射淳于越反对秦始皇的郡县制。在淳于越看来，秦朝在管理地方应当遵循周朝的分封制，而淳于越的看法遭到好兄弟李斯的责难。不仅如此，李斯还向秦始皇建议禁止百姓以古非今，尤其是避免文人们以私学诽谤朝政。由此，不少人认为主张焚书的是丞相李斯，而非秦始皇嬴政，主张坑儒的也不是嬴政，所以，问题应是，秦始皇为何支持焚书坑儒。
另一方面，术士侯生和卢生利用嬴政急于长生不老的念头，打着为秦始皇求取仙丹的幌子，骗取朝廷的丰厚赏赐。尤其是东渡日本的徐福，更是张罗着为秦始皇到东边的仙岛上寻找仙药，结果到了日本就没有回来过。更让秦始皇无法忍受的是，这些方士术士竟然背地里诽谤疾风秦始皇，被始皇察觉后亡命而去。而以上两件事，前者引起了焚书，后者也就导致了坑儒（包括术士方士），也即焚书坑儒。
不过，说到焚书坑儒的原因，可以追溯到秦孝公时期的商鞅变法。虽然商鞅车裂而死，但是商鞅所立之法却被完整地保留了下来。所以，在这样的环境和氛围里，秦始皇对法家思想，态度上肯定是欣赏的，行动上肯定是践行的。尤其是商鞅令人诟病的法家思想，更是被韩非子和李斯发扬光大。丞相李斯主张“以法为教、以吏为师”，这也被秦始皇所接受。与此同时，之前在分裂时期散漫闹腾惯了的六国儒生妄图左右秦朝统治阶层的舆论风向。察觉到统治根基受到威胁的秦始皇、李斯，明白从思想上教化儒生已经是不可能了，唯有从肉体上消灭他们了，在这里，笔者认为坑儒，除了坑杀儒生和术士外，还包括法家之外的其他学派人士。同时为了防止后世出现千千万万的后来者，那就让思想的载体——书本灰飞烟灭好了。
值得注意的是，在短暂的秦朝灭亡后，西汉的汉武帝听从董仲舒的建议，实行了“罢黜百家，独尊儒术”的统治策略。由此，在秦朝被严重打压的儒生，如雨后春笋般生长壮大。更为关键的是，儒家在中国古代朝廷的地位，就此一路走高。由于史家也算是儒学的一个分支，太史公在《史记》中，不免对秦始皇时期的“焚书坑儒”事件增加主观性的描述，而这无疑加重了后世对焚书坑儒的误解。
最后，总而言之，焚书坑儒在目的上和独尊儒是具有一致性，都是为了加强思想文化的控制，从而稳定秦王朝的统治基础。不过，因为实施过程明显残暴、激进，一定程度上破坏了我国传统文化的传承。甚至可以说，焚书坑儒背离了秦始皇和李斯的原本政治意愿，加快了秦王朝的灭亡速度。
