经过杨靖宇领导下的全面整顿，磐石游击队走出了低谷、摆脱了混乱，开始了新的发展，但天有不测风云，就在杨靖宇巡视吉海路沿线和海龙等地之际，磐石抗日斗争出现了新的危机。
当时在磐石有一个名叫张辅卿的大地主，家藏15支长枪。杨靖宇走后，磐石中心县委指示游击队总队长孟杰民将队伍开赴张家所在地——位于磐石、伊通两县交界的长胳膊(地名)，以武装为后盾，要求张家捐献枪支、粮食、生猪等物资支援抗日。11月27日，孟杰民率队伍赶到距张家大院约二里处，然后令队伍隐蔽待命，自己和参谋长穆景山带领一名士兵先去张家大院，并约定如发生意外情况以鸣枪为号，枪声一响，队伍就包围张家大院，以武力解决张家地主武装。令人意想不到的是，张家不仅拒绝了抗日要求，还自恃手里有枪，枪杀了孟杰民，逮捕了同去的战士，穆景山虽按原定计划鸣枪示警并逃脱虎口，但当大部队赶到时，局势已无法挽救，经一昼夜激战，游击队负伤两人，耗费大量子弹，仍未攻下张家大院，只得主动撤离。45天后，1933年1月11日，游击队在磐东地区活动时，被东吉昌子(呼兰镇)高锡甲地主武装包围，遭到袭击。战斗中，游击队代理大队长王兆兰、政治委员初向臣牺牲，第三中队政治指导员和五分队队长受重伤。
连续两次重大挫折和主要负责人的牺牲，使刚刚有所振奋的军心士气再次波动起来，从战士到领导者，消极畏缩的情绪有所滋长，有人提出埋藏武器、人员分散活动，这无异于自动解散，结果，许多队员开了小差，队伍由160余人降至100余人。南满游击队的命运处于紧要关头。
为尽快解决磐石抗日斗争的新危机，中共满洲省委于1月25日致信杨靖宇并转县委及游击队同志，要求磐石县委和游击队的领导者彻底转变盲动冒险攻坚的“左”的路线，坚持发动与领导群众斗争，“把两次事变的教训深入到每个同志与游击队员中”。对于杨靖宇(化名乃超)的工作，省委指示说：“乃超同志应该部分的时间留磐石工作，以一部分时间指导海龙工作。目前不应回省委”。遵照省委指示，刚在海龙巡视完工作的杨靖宇与李红光又回到磐石。
这时，团省委派来磐石巡视工作的巡视员刘过风也由哈尔滨来到磐石。刘过风坚决反对把队伍分散开来进行活动，批评了队内错误思想，使队内情绪稍许稳定下来。尔后，在海龙巡视完工作的杨靖宇以省委特派员的身份召集磐石县委会议和队内特支扩大会议，研究面临的局势和对策。会上，杨靖宇传达了省委给磐石中心县委及游击队的指示信精神，坚决而又严厉地批评了县委和队内党的领导干部思想中存在的悲观失望、畏难情绪等不正确观念。他阐述了党中央的领导抗日武装斗争的总方针，重申了省委交付给磐石党组织的任务，以此统一同志们的思想认识。指出，只有在党中央和省委领导下，坚决地丝毫不动摇地为巩固、发展红军第三十二军南满游击队而斗争才是出路。进而使县委领导同志、队内骨干的认识归于统一，坚定了大家的一定要把游击队建设好，与日本侵略者斗争到底的决心。
根据严峻的形势和实际情况，为了打开磐石地区反日斗争的新局面，杨靖宇果断地采取了三项措施：
第一，召集全体队员会议，追悼先烈。杨靖宇在部队举行的悼念自游击队建立以来先后牺牲的孟杰民、王兆兰、初向臣等干部战士大会上指出，为革命牺牲是无上光荣的。他号召：“我们未死的同志们应脚踏着死者的血迹走上前去，完成革命伟大任务。”追悼大会的召开，激发起干部、战士继承先烈遗志，积极开展反日斗争，誓把日本侵略者赶出中国的斗志，从而恢复了部队的士气。
第二，再次整顿队伍，宣布对新任领导干部的任命。通过整顿，加强了对干部、战士的思想教育，提高了对革命艰巨性的认识，增强了与失败、挫折斗争的信心。杨靖宇为把这支党领导的游击队建设好，决定留在游击队任代理政委。为便于工作，稳定部队情绪，他考虑到因伤离队的首任磐石工农反日义勇军政委姓杨(杨君武)，人称杨政委，便也改姓为杨。所以队员把他(张贯一)也叫杨政委。特别是队内朝鲜族战士叫杨政委的音很似杨靖宇，于是，他说：“我的名字就叫杨靖宇吧！”“靖宇”含有铲除变乱，平定四方之意，表明了他矢志抗日的坚强决心。同时，这个名字与朝鲜语杨政委又近似谐音，战士们叫起来也方便(当时队内朝鲜族战士占有近半数)。从此，杨靖宇这一名字就叫开了，也就和东北抗日游击战争紧紧联系在一起。经过再次整顿的南满游击队新的领导人是：游击队总队长袁得胜、政委杨靖宇(代理)、参谋长李松波;教导队队长李明海、政委李红光;第一大队队长朴翰宗、政委严弼顺;第二大队队长韩浩、政委朴四平;第三大队队长王平山、政委王绍文。部队新的领导干部名单的宣布，特别是杨靖宇留任游击队政委，对游击队全体干部、战士是个很大鼓舞，使同志们对斗争的前途充满了信心。
第三，主动出击，开展游击活动。队伍整顿过后，于1933年1月下旬(春节期间)，杨靖宇率队主动向蛤蚂河子反动地主武装“保民会”的“会兵”及据点“会房”展开了进攻，缴获“会兵”武装长短枪10支，逮捕包括有“会兵”头目在内的5名汉奸地主，没收其猪羊、粳米、白面、衣服等物品若干，并将没收的粮食分给贫苦农民，扩大了党的政治影响。随即，杨靖宇率队(70余人)于吉海路沿线老爷岭，在铁路工人配合下，击败日本关东军独立守备队(以下简称日军守备队)一小队(40余人)，毁坏敌人铁甲车一辆，毙伤日寇30余人。之后，又率队(100余人)在庙岭与伪满军500余人展开战斗，敌死伤20余人。这两次军事行动的胜利使游击队士气为之大振，队内干部、战士欢呼雀跃，情绪高涨，一扫过去愁眉紧锁，满面阴云的景象。
队内的稳固和斗争的初步胜利，使杨靖宇很快在队伍中树立起了威信。县委和游击队全体同志一致公认，自从杨靖宇由海龙赶回磐石，再次整顿游击队并出任游击队政委后，磐石地区的反日斗争有了新面貌。游击队开始置于党的正确领导之下，队内情绪大为改观，红军在群众中树立起很高的威望，广大群众抗日斗争情绪也日趋高涨。工农群众热烈欢迎红军游击队，主动募捐，送慰劳品，许多青壮年积极要求参加南满红军游击队。
南满游击队获得新生后进行的几次战斗使日伪当局感觉到这支赤色游击队及其他反日部队的存在对其在南满的统治实是心腹之患。1933年1月下旬，伪吉林省省长、大汉奸熙洽利用所谓“冬深木落，匪失凭藉”之机，发布“围剿”反日军通令：“令各县长自奉命后，迅即整饬警团，严重痛剿，务将零星小股，克日歼除，以靖地方。”[ 《盛京时报》1933年1月22日，转引自赵俊清：《杨靖宇传》，黑龙江人民出版社2004年版，第127页。]于是，从1月末起，日伪当局派出大批伪满军配合日本侵略军，前来磐石地区“围剿”南满红军游击队及其他抗日武装。
面对敌人的“围剿”，杨靖宇领导南满游击队同敌人展开了激烈的反“围剿”斗争。从1月末开始，这次“围剿”与反“围剿”斗争持续到5月份才结束。无疑，这次反“围剿”斗争对于刚整顿恢复不久的南满游击队是一次严峻的考验。在四个月的时间里，南满游击队在杨靖宇的指挥下，与敌人进行大小战斗60余次，其中最为激烈的有4次。英勇的南满游击队指战员以不畏牺牲、压倒敌人的英雄气概，终将凶恶的敌人全部击溃，获得了巨大胜利。此后，南满游击队声威远震，城乡各地，义勇军、山林队乃至伪满军中都议论着“红军”与敌人英勇作战之事。在该阶段反“围剿”斗争中，有“杨靖宇率领游击队冲破敌人四次围剿”之荣称：
第一次冲破敌人“围剿”。1933年1月29日，日军及投降日伪的土匪“东江好”(驻烟筒山)及毛团(即伪满军毛作彬团，驻吉昌子镇)共三四百人，于上午11时向南满游击队根据地玻璃河套进攻。敌军闯进玻璃河套后，大施淫威，枪杀了团省委巡视员刘过风，肆意拷打群众，奸淫妇女，抢掠财物，使玻璃河套惨遭蹂躏。因当时南满游击队在海龙三十一户地方活动，敌人未寻到游击队。1月30日，敌兵大增。当时南满游击队行抵一个叫大坑的地方驻下。在此，游击队受到敌军千余人的“围攻”。上午10时，“东江好”六七百人，由北面向南满游击队驻地攻来。杨靖宇指挥游击队当即与其展开战斗。游击队员一面反击，一面发动政治攻势，高呼“士兵不打士兵”，“红军是穷人的队伍”，“哗变过来，杀死你们投降日本的走狗长官，投向红军”，“劳苦兄弟联合起来，去打共同的敌人——日本帝国主义！”在游击队英勇猛烈的反击下，敌人败退。同时，“毛团”本部及其所辖的“四季好”共约300人又由南面用机关枪向我军阵地猛射，敌人虽屡次向游击队阵地冲锋，但都遭到了迎头痛击，他们占领游击队阵地的图谋终未得逞。
当游击队大部分在大坑与敌人激战时，杨靖宇调动游击队一小部转到三棚砬子，包围了退到那里的敌人——“东江好”。敌军毫无防备，被打得措手不及，死伤多人。最后“东江好”力不能支，落荒而逃。游击队占领了三棚砬子。不多时，又有从西面、西南分别由二道岗和三栋顶来的“会兵”向游击队发起进攻。游击队员毫不畏惧，越战越勇。他们依据有利地势，沉着应战。战至傍晚，敌人见势不利，损失巨大，便逐渐收兵。此时，游击队在杨靖宇指挥下，也乘机经拐子坑转向红石砬子撤出战斗。天亮时，游击队各部会合于玻璃河套大生菜地方。
此次战斗，由日寇指挥的敌军共计千余人，南满游击队与敌人激战了一整天。敌军死伤二十余人，损耗弹药无数，机关枪也被游击队打坏。南满游击队牺牲队员一名，伤一名。这次战斗旗开得胜，粉碎了敌人的第一次“围剿”，显示了南满红军游击队应有的战斗力。
第二次冲破敌人“围剿”。2月27日，南满游击队驻在砖庙子。翌日，有敌军——日寇率领指挥的“东江好”、“毛团”六七百人，为围剿游击队先向砖庙子扑来，并把南满游击队一部包围。为避敌锋芒，占据有利地势，杨靖宇指挥游击队战士有计划地退至浅草沟山顶。之后，游击队突然向敌人展开猛烈射击。由于游击队占据有利地势，居高临下，敌人虽屡次冲锋，但皆被击退。作战时，游击队战士精神振奋，高唱革命歌曲，向“毛团”士兵喊话，高呼“弟兄不打弟兄！”“共同去打倒我们的敌人——日本帝国主义！”“拖枪哗变过来！”等口号。此次激战历经三小时，敌军死12人，伤10人。游击队牺牲1名队员，伤1名队员。此战敌军败北，红军大胜。不久，日伪当局将战败的“东江好”缴械，“毛团”也不被信任。“毛团”首领毛作彬基于形势所迫，举旗哗变，倒戈抗日。“毛团”曾多次为日伪当局驱使，与南满游击队交战。这次“毛团”首领率队哗变反日，其本身就是对日伪当局的一个打击。同时，磐石地区广大群众莫不感到振奋，极大地扩展了南满红军游击队的政治影响。
第三次冲破敌人“围剿”。1933年3月底，日伪当局在其“讨伐队”连续遭到两次失败后，又调动日军守备队700余名向南满游击队展开进攻。日军守备队携带机关枪、大炮等轻重武器，自磐石、小城子等地出发至玻璃河套，向驻在杨宝顶子的南满红军游击队包围过来。在杨靖宇指挥下，游击队布开狭长阵线准备迎战。敌人用两门大炮、四五挺机关枪集中火力向游击队猛烈射击，并在炮火掩护下，多次向游击队阵地冲击。游击队从容迎战，向冲上前来的敌人瞄准射击。敌人在明处、游击队在暗处，敌人集中、游击队战线狭长，敌人在游击队的准确射击下应声而倒。此战由下午1时战至夜幕降临。日军守备队长以下十几人被击毙，伤数人。傍晚，敌人见大势已去，全部溃退。游击队无一伤亡。
这次反“围剿”斗争的胜利，游击队员们更加兴奋。当地群众也兴高采烈，他们说，只有共产党领导的红军游击队才是真正彻底的反日武装;只有红军游击队才有这样的战斗力，才能够给敌人以沉重的打击。
第四次冲破敌人“围剿”。上次大规模进攻一个月后，敌军于4月底又向南满游击队展开第四次大规模“围剿”。这一次敌人派出大股部队，从小城子出发，动用三门迫击炮、七八挺机关枪，向游击队驻地萝卜地包围过来。杨靖宇得知敌人袭击的消息后，迅即指挥游击队转移到萝卜地附近的大泉眼地方。中午时分，正向萝卜地贸然开进的敌军行至大泉眼地方，突遭埋伏于此的游击队的打击。敌人惊魂未定，仓促架起迫击炮、机关枪向游击队阵地开火。此时，杨靖宇指挥游击队于正面和敌人交战，伺机又派出部分马队抄袭敌人背后，并设下埋伏，准备敌人逃窜时予以堵击。战斗中，敌人见正面冲击无法得逞，又受到背面围攻，便急速集合夺路而逃。敌人溃逃时遭到了事先埋伏好的游击队小股部队的迎头痛击。这次战斗毙敌10余人，其中有日军6人，伤敌20余人。游击队方面毫发无损。
这四次反对敌人“围剿”的斗争，共消灭日伪军100余人。在反对敌人“围剿”斗争中，南满红军游击队发展至230人，武器齐备。队员人数较“五洋”队时期增加三倍。这四次反“围剿”斗争影响很大，中共苏区中央局机关刊物《斗争》曾以《南满赤色游击队的新胜利——冲破日本帝国主义的四次进攻》为题，进行了详细报道。反“围剿”斗争的胜利，让游击队声威大震，游击队员扬眉吐气、精神振奋。磐石、伊通、海龙等地的广大群众倍受鼓舞，深感抗日有望。一些义勇军、山林队看到共产党领导的游击队确实有力量，便开始主动靠近南满游击队。同时，南满红军游击队的活动也对伪满军产生了一定的影响。在磐石、伊通一带的一些伪满军中，有人提议：“我们与红军没有仇恨，再让打红军的时候，我们不瞄准打了。”南满游击队在磐石一带开始稳固地扎下了根，并成为各抗日武装部队的模范和核心力量，推动着旧奉天省东边道地带及安(东，今丹东)沈(阳)铁路沿线抗日游击运动的新高涨。与此同时，在海龙县委领导下的工农反日义勇军，自杨靖宇于1932年12月间赴海龙巡视将该队改编为“中国工农红军第三十七军海龙游击队”后，在海龙、柳河、清原一带也积极开展活动。
红军游击队的存在和发展，使日伪当局惊恐异常，深感共产党领导的游击队继续发展，将对其在南满统治构成威胁。日本侵略者的喉舌《盛京时报》，尽其污蔑之词，1933年5月4日，该报以《海龙县境一带红军跳梁》为题载文报道说，“以磐石西方、海龙县境一带为势力范围，狂奔扩大其党势之共产党，由首领南方人，参谋磐石人统率之，最近自称为红军第三十二军开始积极运动。普遍袭击附近富豪，强夺财物，分与附近贫民，并向附近各地派遣宣传员，努力宣传，故附近农民之加入红军者日益增多，其数已达二三千名，若再不讨伐，恐陷于不可收拾之状态。故海龙、磐石两县警察队，对此近将开始彻底的讨伐，以一扫祸根云。”从敌人的这篇报道中，可以看出敌人不仅视南满游击队为“祸根”，且恐其继续发展，“陷于不可收拾之状态”。当然，文中所载红军已达“二三千名”不算属实，说得偏大，但游击队确实比“五洋”时期大有发展。
在当时，南满各地不仅广大民众、义勇军在谈论红军游击队的事情，而且在其影响下，一些伪满军也发生了动摇。驻吉林市的伪吉林警备第五旅步兵第十四团士气十分低落。该团迫击炮连在红军游击队胜利斗争的影响下，在党组织派入该连队内部的共产党员曹国安、宋铁岩及张瑞麟(起义前两日入党)的策动下，反日情绪高涨，积极准备起义。1933年4月下旬，伪满军第十四团迫击炮连随团部开进吉林南山“讨伐”反日军。士兵们对“讨伐”十分反感，故意放空枪，打空炮。“讨伐”结束后，部队移驻磐石县烟筒山临时驻防。迫击炮连驻在“成德源”烧锅院内。此时，曹国安等认为起义条件已成熟，要不失时机展开行动。5月28日(端午节)夜，伪满军十四团迫击炮连100余名士兵，在曹国安、宋铁岩、张瑞麟领导下举行起义，在击毙反动连长后，携带迫击炮1门，炮弹80发，步枪100余支，子弹2万发，奔赴石虎沟。翌日，起义连队与前来迎接的南满红军游击队取得联系，奔赴游击队根据地玻璃河套，在那里参加了南满红军游击队，被编为游击队迫击炮大队，曹国安任队长，宋铁岩任政委。
伪满军十四团迫击炮连起义，是在敌人对南满游击队连续发动四次“围剿”后发生的。这支伪满军加入南满红军游击队，极大地扩展了红军游击队的政治影响，震惊了日伪当局，一些伪满军更加动摇。迫击炮连哗变后，受其影响，7月13日，同步兵十四团机枪连第一班6名士兵携轻机枪1挺、步枪6支加入南满游击队;7月22日，同团士兵30名，携带步枪33支、弹药300发，参加了南满游击队。上述部队的加入，增加了游击队的有生力量，改善了部队装备，特别是携来一门完好的迫击炮，使南满红军游击队有了重武器，更加积极有效地打击日寇驻军，破坏日伪军事设施，增强了人民抗日武装实力。
