1、学生的管理机构不同。自考是各级自考办公室，专升本是院校。
2、证书的颁发机构不同。自考是高等教育自学考试委员会，专升本是院校。
3、学制不同。专升本有学制，自考没有学制。
4、学习方式不同。专升本是在校全日制学习，自考是自己安排时间，其中全天学习的那种叫做自考助学班。自考专升本是自考性质的本科，即独立本科段。自考专升本一般称为专套本，因为其学习形式自由，报考时间和专业不受限制，学习形式主要是业余时间自学。
5、入学方式不同。专升本有专升本考试，自考没有入学考试。
6、毕业方式不同。专升本通过入学考试后，一般毕业都没有问题，自考则是必须一门一门考，所有科目合格才可以毕业。
