世界已知食用菌大约有2000多种。目前已经进行人工栽培或实验栽培的食用菌种类有200多种，其中包括已经进行大规模栽培的香菇、滑菇、黄伞、平菇、红平菇、榆黄蘑、姬菇、秀珍菇、鲍鱼菇、元蘑、凤尾菇、杏鲍菇、白灵菇、黑木耳、毛木耳、金耳、银耳、榆耳、槐耳、蛹虫草、猪苓、茯苓、竹荪、猴头菇、灵芝、云芝、蜜环菌、假蜜环菌、金针菇、巴西蘑菇、真姬菇、大球盖菇、灰树花、杨树菇、茶薪菇、金福菇、毛头鬼伞、双孢蘑菇、四孢蘑菇、大肥菇、草菇、银丝草菇、大球盖菇、草地蘑菇、长根菇、虎奶菇、牛舌菌、桑黄、裂褶菌、硫磺菌、绣球菌、竹黄等。还有正在进行半人工栽培试验研究的松口蘑、羊肚菌、冬虫夏草、美味牛肝菌、块菌、铆钉菇等珍稀食用菌。
